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- PDB-5vgb: Crystal structure of NmeCas9 HNH domain bound to anti-CRISPR AcrIIC1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vgb
タイトルCrystal structure of NmeCas9 HNH domain bound to anti-CRISPR AcrIIC1
要素
  • Anti-CRISPR protein (AcrIIC1)
  • CRISPR-associated endonuclease Cas9
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / Protein / RNA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RuvC endonuclease subdomain 3 / RuvC endonuclease subdomain 3 / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / HNH endonuclease / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Anti-CRISPR protein (AcrIIC1) / CRISPR-associated endonuclease Cas9
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.497 Å
データ登録者Harrington, L.B. / Doxzen, K.W. / Ma, E. / Knott, G.J. / Kranzusch, P.J. / Doudna, J.A.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: A Broad-Spectrum Inhibitor of CRISPR-Cas9.
著者: Harrington, L.B. / Doxzen, K.W. / Ma, E. / Liu, J.J. / Knott, G.J. / Edraki, A. / Garcia, B. / Amrani, N. / Chen, J.S. / Cofsky, J.C. / Kranzusch, P.J. / Sontheimer, E.J. / Davidson, A.R. / ...著者: Harrington, L.B. / Doxzen, K.W. / Ma, E. / Liu, J.J. / Knott, G.J. / Edraki, A. / Garcia, B. / Amrani, N. / Chen, J.S. / Cofsky, J.C. / Kranzusch, P.J. / Sontheimer, E.J. / Davidson, A.R. / Maxwell, K.L. / Doudna, J.A.
履歴
登録2017年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cas9
B: Anti-CRISPR protein (AcrIIC1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8166
ポリマ－26,4442
非ポリマー3724
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area12010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.164, 60.487, 77.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas9


分子量: 16805.801 Da / 分子数: 1 / 断片: HNH domain (UNP residues 518-655) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: cas9, NMA510612_0701 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: X5EPV9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 Anti-CRISPR protein (AcrIIC1)


分子量: 9637.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D0TCG3*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.94 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.25
詳細: 200 mM Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate, 22% PEG 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→47.64 Å / Num. obs: 35654 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 16.64 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 228832 / Scaling rejects: 42
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
1.49-1.52895.52.505837715260.4111.1412.7641
8.18-47.645.90.02816282770.9990.0120.03129.5

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.10.1_2155精密化
Aimless0.5.31データスケーリング
SOLVE位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.497→47.641 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2098 1765 5 %
Rwork0.1642 33544 -
obs0.1665 35309 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.02 Å2 / Biso mean: 30.6462 Å2 / Biso min: 12.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.497→47.641 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1842 0 23 145 2010
Biso mean--51.62 37.6 -
残基数----225
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061998
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8162693
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.104265
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004358
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.035789
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4974-1.53790.34581230.29772344246791
1.5379-1.58320.32021340.252525452679100
1.5832-1.63430.29551330.212725532686100
1.6343-1.69270.24861350.185925662701100
1.6927-1.76040.21241350.156225522687100
1.7604-1.84060.2011350.147925912726100
1.8406-1.93760.19531360.14625732709100
1.9376-2.0590.1891350.14125602695100
2.059-2.2180.20651370.136126042741100
2.218-2.44120.18781370.143426082745100
2.4412-2.79440.17881380.160926152753100
2.7944-3.52050.21141400.159626602800100
3.5205-47.66520.20581470.170627732920100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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