PDB-5vfm: Crystal structure of BnSP-7 from Bothrops pauloensis complexed wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vfm

タイトル

Crystal structure of BnSP-7 from Bothrops pauloensis complexed with p-coumaric acid

要素

Basic phospholipase A2 homolog BnSP-7

キーワード

HYDROLASE / Lys49-PLA2 / Bothrops pauloensis / p-coumaric acid

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bothrops pauloensis (ヘビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.058 Å

データ登録者

De Lima, L.F.G. / Fontes, M.R.M.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2017
タイトル: Structural studies with BnSP-7 reveal an atypical oligomeric conformation compared to phospholipases A2-like toxins.
著者: de Lima, L.F.G. / Borges, R.J. / Viviescas, M.A. / Fernandes, C.A.H. / Fontes, M.R.M.

履歴

登録	2017年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月3日	Group: Database references カテゴリ: struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ..._struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq_dif.db_mon_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num
改定 1.2	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vfm.cif.gz	118.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vfm.ent.gz	91 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vfm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vfm_validation.pdf.gz	454.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vfm_full_validation.pdf.gz	456 KB	表示
XML形式データ	5vfm_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	5vfm_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/5vfm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/5vfm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vfhC 5vfjC 5vfnC 1pa0S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5vfh-d 5vfj-d 3k1z-d 1nlk-d 5vfn-d 6tzz-1 3m13-4 3u65-1 2yqz-2 4fwi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (9) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Basic phospholipase A2 homolog BnSP-7

A: Basic phospholipase A2 homolog BnSP-7

ヘテロ分子

28.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.790, 58.039, 58.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.04, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Basic phospholipase A2 homolog BnSP-7 / svPLA2 homolog / Phospholipase A2 II 分子量: 13752.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops pauloensis (ヘビ) / 参照: UniProt: Q9IAT9
#2: 化合物	ChemComp-ME2 / 1-ETHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE / 1-エトキシ-2-(2-メトキシエトキシ)エタン分子量: 148.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / 4-ヒドロキシけい皮酸分子量: 164.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.05 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% polyethylene glycol 4000, 100 mM TrisHCl pH 8.5 and 150 mM lithium sulfate PH範囲: 8.3-8.7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459, 1.500

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.459	1
2	1.5	1

反射

解像度: 2.058→45.54 Å / Num. obs: 18099 / % possible obs: 95.86 % / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 9.95

反射シェル

解像度: 2.058→2.132 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.55 / Num. unique obs: 1467 / % possible all: 79.95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000	v714	データ削減
HKL-2000	v714	データスケーリング
PHASER	2.1	位相決定
Coot	0.8.2	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1pa0

1pa0

解像度: 2.058→45.536 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2135	1807	10 %
R_work	0.1713	-	-
obs	0.1756	18073	95.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.058→45.536 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1890	0	75	238	2203

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2008
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.044	2673
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.405	756
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	266
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	335

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0585-2.1142	0.3026	109	0.2399	991	X-RAY DIFFRACTION	77
2.1142-2.1764	0.2633	133	0.2338	1197	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1764-2.2466	0.2654	139	0.2091	1240	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2466-2.3269	0.2749	139	0.1988	1265	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3269-2.4201	0.2371	141	0.1967	1266	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4201-2.5302	0.2347	141	0.1923	1256	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5302-2.6636	0.2474	140	0.194	1262	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6636-2.8304	0.2141	140	0.1844	1272	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8304-3.0489	0.2231	144	0.1851	1292	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0489-3.3557	0.2321	142	0.1727	1281	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3557-3.841	0.1906	144	0.1403	1292	X-RAY DIFFRACTION	98
3.841-4.8384	0.1588	146	0.1264	1313	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8384-45.5473	0.1887	149	0.1657	1339	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3965	-0.219	-0.1395	3.9901	-0.3404	2.6069	0.0275	0.0291	-0.3147	-0.0283	0.0118	0.3669	-0.0693	-0.1546	-0.0168	0.1684	0.0063	-0.0171	0.2388	-0.0141	0.3266	-3.0359	9.7316	125.3312
2	1.8992	-0.2106	-1.0316	0.7961	0.8866	3.5467	0.0913	-0.2751	0.0292	0.2478	-0.0931	0.0079	-0.2953	0.0465	-0.0041	0.1941	-0.0027	-0.0187	0.2315	-0.0081	0.2363	1.6932	17.9583	130.993
3	1.9536	-0.0881	-0.4571	2.4075	0.43	0.7332	0.0271	0.0019	-0.2988	0.1163	-0.098	-0.0352	0.0017	-0.0831	0.0314	0.1875	-0.0055	-0.0307	0.2343	0.049	0.2846	0.7723	7.3571	128.193
4	4.8216	-0.208	2.5772	1.8025	-0.2866	5.0272	-0.0837	-0.2296	-0.6224	0.0015	0.3317	-0.1691	0.0943	0.2685	-0.2778	0.232	0.05	0.0333	0.2036	-0.0002	0.2738	-21.7612	-7.1714	124.7439
5	9.4936	2.3143	1.6838	9.3406	5.2303	2.9871	-0.0576	0.0816	-0.0704	-0.642	0.296	-1.1651	0.0391	0.4643	-0.1599	0.2459	-0.0035	0.0606	0.3142	0.0234	0.3965	-18.8674	0.703	119.664
6	4.8424	-0.7346	0.6039	2.7573	0.3319	5.536	0.0953	-0.3786	0.2546	0.073	-0.2748	-0.0973	-0.0262	-0.0305	0.1301	0.2041	-0.0412	-0.0338	0.2299	0.0253	0.4676	-22.0456	9.7303	130.1344
7	2.7987	-1.0988	0.2565	5.8887	-5.2508	8.3427	0.0083	-0.1082	0.465	0.2504	-0.0608	0.0285	-0.0979	0.1192	0.0562	0.177	-0.011	-0.0148	0.2184	-0.0823	0.3234	-27.3923	3.8194	133.6493
8	7.2148	0.7512	0.7101	2.9026	0.9882	4.9429	0.2633	-0.3353	-0.6542	0.1844	0.0616	-0.1156	0.1492	0.5363	-0.2441	0.247	0.0087	-0.0372	0.2482	0.1125	0.286	-19.9115	-8.7326	137.8766
9	3.4156	0.2052	-0.3151	1.9905	-2.0582	2.7279	-0.1363	0.2457	-0.4307	0.3884	-0.0882	-0.1905	1.1373	-0.2404	0.0532	0.4144	-0.0497	0.0099	0.2264	-0.0259	0.3269	-29.4296	-14.7621	126.2797
10	2.3391	-1.4761	3.122	4.0654	-4.1825	8.1135	-0.0196	-0.2548	-0.1583	-0.0428	0.0479	0.1035	0.1486	-0.3221	-0.0709	0.1297	0.0232	0.016	0.1949	-0.0228	0.2506	-29.2703	-5.7033	130.8076
11	2.841	3.0628	0.0638	3.7388	-1.4879	5.4957	-0.0155	1.2131	0.6967	-0.6447	0.0316	-0.4407	-0.3711	0.13	-0.0316	0.2407	0.0233	0.0308	0.3155	0.1534	0.396	-24.7717	9.9669	118.7228
12	0.6267	0.2782	0.7419	3.5535	-0.215	0.956	-0.0695	0.2149	0.0415	0.4394	-0.0749	0.1199	-0.0889	0.0906	0.1123	0.2315	-0.0583	-0.0227	0.2442	-0.02	0.4982	-20.0932	13.4868	131.5497

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 39 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 40 through 88 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 90 through 133 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1 through 13 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 15 through 22 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 23 through 39 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 40 through 57 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 58 through 74 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 75 through 88 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 90 through 108 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 109 through 117 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 118 through 133 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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