PDB-5vfh: Crystal structure of BnSP-7 from Bothrops pauloensis complexed to...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vfh

タイトル

Crystal structure of BnSP-7 from Bothrops pauloensis complexed to sulfates

要素

Basic phospholipase A2 homolog BnSP-7

キーワード

HYDROLASE / Lys49-PLA2 / Bothrops pauloensis

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / toxin activity / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bothrops pauloensis (ヘビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.592 Å

データ登録者

De Lima, L.F. / Fontes, M.R.M.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2017
タイトル: Structural studies with BnSP-7 reveal an atypical oligomeric conformation compared to phospholipases A2-like toxins.
著者: de Lima, L.F.G. / Borges, R.J. / Viviescas, M.A. / Fernandes, C.A.H. / Fontes, M.R.M.

履歴

登録	2017年4月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年3月15日	Group: Advisory / Database references / Structure summary カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vfh.cif.gz	118.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vfh.ent.gz	91.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vfh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vfh_validation.pdf.gz	446.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vfh_full_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示
XML形式データ	5vfh_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	5vfh_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/5vfh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/5vfh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vfjC 5vfmC 5vfnC 1pa0S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5vfm-d 5vfj-d 5vfn-d 1nlk-d 3k1z-d 1wkl-d 3wgn-1 6tzz-1 2wdt-1 5gt4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Basic phospholipase A2 homolog BnSP-7

B: Basic phospholipase A2 homolog BnSP-7

ヘテロ分子

28.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.425, 59.566, 58.633
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.72, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Basic phospholipase A2 homolog BnSP-7 / svPLA2 homolog / Phospholipase A2 II 分子量: 13752.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops pauloensis (ヘビ) / 参照: UniProt: Q9IAT9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.14 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% polyethylene glycol 4000, 100 mM TrisHCl pH 8.5 and 150 mM lithium sulfate PH範囲: 8.3-8.7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459, 1.500

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.459	1
2	1.5	1

反射

解像度: 1.592→23.601 Å / Num. obs: 40956 / % possible obs: 98.05 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 7.9

反射シェル

解像度: 1.592→1.65 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.328 / Num. unique obs: 3811 / % possible all: 92.16

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-2000	v714	データ削減
HKL-2000	v714	データスケーリング
PHASER	2.1	位相決定
Coot	0.8.2	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1pa0

1pa0

解像度: 1.592→23.601 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1909	2000	4.88 %
R_work	0.1628	-	-
obs	0.1642	40953	98.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.592→23.601 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1882	0	30	429	2341

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	1959
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.703	2620
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.042	732
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	267
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	333

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5921-1.6319	0.2091	131	0.175	2556	X-RAY DIFFRACTION	90
1.6319-1.676	0.1971	143	0.1641	2769	X-RAY DIFFRACTION	98
1.676-1.7253	0.2224	141	0.1614	2753	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7253-1.781	0.2174	142	0.1686	2776	X-RAY DIFFRACTION	98
1.781-1.8446	0.1898	143	0.1624	2775	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8446-1.9185	0.2053	142	0.1643	2779	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9185-2.0057	0.1835	144	0.1763	2791	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0057-2.1114	0.1867	143	0.1594	2784	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1114-2.2436	0.1831	144	0.1665	2816	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2436-2.4167	0.2031	146	0.1609	2835	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4167-2.6596	0.228	145	0.1771	2819	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6596-3.0437	0.207	145	0.1727	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0437-3.8321	0.1816	146	0.1573	2830	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8321-23.6038	0.1606	145	0.1498	2833	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0384	0.0287	0.0415	0.0492	0.0601	0.0795	-0.0855	-0.0576	0.0181	-0.13	0.0553	0.1129	-0.0898	-0.1153	-0	0.1866	0.0027	-0.0084	0.1803	0.0084	0.1662	3.6462	16.4499	66.7927
2	0.0641	-0.0196	-0.0253	0.0836	0.0511	0.0452	-0.144	0.0716	-0.0511	-0.0921	0.2488	0.3533	0.0355	-0.4073	-0.0005	0.1971	-0.0057	-0.0144	0.2252	0.021	0.2878	1.2595	5.4805	64.9508
3	0.0455	0.0559	-0.0119	0.0664	-0.0088	0.0048	0.1182	-0.173	-0.1238	-0.109	-0.004	0.7486	0.1095	-0.1641	-0.0024	0.1822	-0.022	0.0172	0.22	0.0119	0.3795	1.0943	3.4837	74.8325
4	0.1672	-0.0155	-0.1592	0.0112	0.0228	0.261	-0.1029	-0.0199	-0.4616	0.2501	-0.0717	-0.0446	0.4691	-0.264	-0.0142	0.2251	-0.0105	-0.0113	0.1853	0.0107	0.2755	7.4279	-2.6845	75.0007
5	0.0199	-0.0475	-0.0251	0.0782	0.1073	0.1123	-0.0052	-0.0697	-0.2073	0.1423	-0.0089	-0.1032	0.1051	-0.1417	0	0.187	0.0008	0.0061	0.2008	0.0425	0.1913	9.5821	6.0581	76.4685
6	0.3411	-0.0662	0.2865	0.471	0.1187	0.2593	0.0008	0.0123	0.1078	0.0662	0.0135	0.0086	-0.2058	-0.0904	0.0003	0.232	0.0118	0.0015	0.2164	-0.0081	0.1687	5.9724	20.8328	73.0266
7	0.0785	-0.083	0.0023	0.1115	0.1129	0.5551	0.0174	-0.1026	0.1112	-0.0463	0.0868	-0.1657	-0.3415	0.3352	-0.0059	0.2834	-0.0225	-0.0113	0.1853	-0.0108	0.1796	10.5891	24.9738	74.3207
8	0.1884	-0.1141	0.0054	0.1883	-0.1928	0.2065	-0.0146	-0.0832	-0.0561	-0.0029	0.0413	-0.067	-0.0428	0.0707	-0.0001	0.1738	-0.0066	-0.0042	0.1768	0.0109	0.1657	11.253	13.475	71.0164
9	0.2255	0.0822	-0.1301	0.2224	0.06	0.1227	-0.0809	0.2475	-0.276	-0.1031	0.0091	0.0792	0.2607	-0.3393	-0.0033	0.2019	-0.0309	0.0027	0.2337	-0.0097	0.3117	0.1856	-3.4072	67.1693
10	0.0177	-0.0254	-0.0324	0.0525	0.0486	0.0275	-0.0142	-0.0521	-0.0739	0.4234	-0.142	-0.2006	-0.0315	0.0165	0.0005	0.3322	-0.0397	-0.0668	0.2592	0.0962	0.3694	8.2388	-3.036	82.3511
11	0.4431	0.2512	0.061	0.6502	-0.1616	0.3842	-0.0127	-0.0601	0.1178	0.0216	0.0182	-0.1112	0.0088	0.0749	-0	0.1529	-0.0021	-0.0058	0.1808	-0.0081	0.1885	-16.7264	0.2121	71.2431
12	0.549	-0.0678	-0.3789	-0.0261	0.0292	0.2778	0.1031	-0.0076	-0.2253	0.1059	0.0109	0.0051	0.4683	0.1163	0.0001	0.2593	0.0176	-0.0058	0.1925	0.0166	0.1907	-18.3074	-14.0993	74.2079
13	0.3691	-0.2337	0.1309	0.3422	-0.0087	0.2316	0.0403	-0.0114	0.0796	0.0443	0.0034	0.065	0.0226	0.1189	0.0001	0.1748	-0.0195	0.013	0.1786	-0.0104	0.1716	-18.6847	2.056	71.4889

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 13 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 15 through 27 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 28 through 32 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 33 through 39 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 40 through 57 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 58 through 81 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 82 through 88 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 90 through 112 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 113 through 125 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 126 through 133 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1 through 57 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 58 through 88 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 90 through 133 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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