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万見
- PDB-5veu: Human Cytochrome P450 3A5 (CYP3A5) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5veu
タイトルHuman Cytochrome P450 3A5 (CYP3A5)
要素Cytochrome P450 3A5
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE inhibitor / Inhibitor / Complex / Cytochrome P450 / ritonavir / CYP3A5 / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


testosterone 6-beta-hydroxylase activity / retinoic acid 4-hydroxylase activity / aflatoxin metabolic process / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / lipid hydroxylation / alkaloid catabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / oxidative demethylation / Xenobiotics / estrogen metabolic process ...testosterone 6-beta-hydroxylase activity / retinoic acid 4-hydroxylase activity / aflatoxin metabolic process / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / lipid hydroxylation / alkaloid catabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / oxidative demethylation / Xenobiotics / estrogen metabolic process / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / unspecific monooxygenase / aromatase activity / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / monooxygenase activity / xenobiotic metabolic process / oxygen binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group II / Cytochrome P450, E-class, CYP3A / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RITONAVIR / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / RITONAVIR / Cytochrome P450 3A5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Hsu, M.-H. / Johnson, E.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM031001 米国
引用ジャーナル: Mol. Pharmacol. / 年: 2018
タイトル: The X-Ray Crystal Structure of the Human Mono-Oxygenase Cytochrome P450 3A5-Ritonavir Complex Reveals Active Site Differences between P450s 3A4 and 3A5.
著者: Hsu, M.H. / Savas, U. / Johnson, E.F.
履歴
登録2017年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年1月10日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule_features
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 3A5
B: Cytochrome P450 3A5
C: Cytochrome P450 3A5
D: Cytochrome P450 3A5
E: Cytochrome P450 3A5
F: Cytochrome P450 3A5
G: Cytochrome P450 3A5
H: Cytochrome P450 3A5
I: Cytochrome P450 3A5
J: Cytochrome P450 3A5
K: Cytochrome P450 3A5
L: Cytochrome P450 3A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)667,91227
ポリマ－658,35112
非ポリマー9,56115
水00
1
A: Cytochrome P450 3A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2003
ポリマ－54,8631
非ポリマー1,3372
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 3A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2003
ポリマ－54,8631
非ポリマー1,3372
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P450 3A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4792
ポリマ－54,8631
非ポリマー6161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome P450 3A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4792
ポリマ－54,8631
非ポリマー6161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Cytochrome P450 3A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4792
ポリマ－54,8631
非ポリマー6161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Cytochrome P450 3A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4792
ポリマ－54,8631
非ポリマー6161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Cytochrome P450 3A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4792
ポリマ－54,8631
非ポリマー6161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Cytochrome P450 3A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2003
ポリマ－54,8631
非ポリマー1,3372
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Cytochrome P450 3A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4792
ポリマ－54,8631
非ポリマー6161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Cytochrome P450 3A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4792
ポリマ－54,8631
非ポリマー6161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Cytochrome P450 3A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4792
ポリマ－54,8631
非ポリマー6161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Cytochrome P450 3A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4792
ポリマ－54,8631
非ポリマー6161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)148.988, 198.384, 234.881
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450 3A5 / CYPIIIA5 / Cytochrome P450 HLp2 / Cytochrome P450-PCN3


分子量: 54862.586 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 24-497 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP3A5 / プラスミド: pCWori / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH-5a / 参照: UniProt: P20815, unspecific monooxygenase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-RIT / RITONAVIR / A-84538 / リトナビル


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 720.944 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H48N6O5S2 / 参照: RITONAVIR / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.34 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, PEG 300, ADA, zinc sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.106965 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.106965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.91→39.16 Å / Num. obs: 152197 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 70 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/av σ(I): 2.8 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.91→2.96 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 7276 / CC1/2: 0.848 / Rpim(I) all: 0.277 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NXU

3nxu


解像度: 2.91→39.155 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.27 / 位相誤差: 26.98
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2576 7549 4.96 %Random Selection
Rwork0.2137 ---
obs0.2159 152082 99.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→39.155 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数44074 0 666 0 44740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00545903
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06662309
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7317549
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0676945
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057917
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9097-2.94280.37812320.31034548X-RAY DIFFRACTION95
2.9428-2.97740.33252680.28854794X-RAY DIFFRACTION100
2.9774-3.01370.3482510.28414813X-RAY DIFFRACTION100
3.0137-3.05180.34332710.26864760X-RAY DIFFRACTION100
3.0518-3.09190.30622520.26634745X-RAY DIFFRACTION100
3.0919-3.13430.33322570.26984802X-RAY DIFFRACTION100
3.1343-3.1790.33442550.26424783X-RAY DIFFRACTION100
3.179-3.22650.33322600.26314765X-RAY DIFFRACTION100
3.2265-3.27690.31732500.26644765X-RAY DIFFRACTION100
3.2769-3.33060.30122680.26534771X-RAY DIFFRACTION100
3.3306-3.3880.3112540.25974814X-RAY DIFFRACTION100
3.388-3.44950.30912880.25164754X-RAY DIFFRACTION100
3.4495-3.51580.30822450.24554786X-RAY DIFFRACTION100
3.5158-3.58750.28972480.24414802X-RAY DIFFRACTION100
3.5875-3.66550.26832440.23614823X-RAY DIFFRACTION100
3.6655-3.75070.27152650.22944800X-RAY DIFFRACTION100
3.7507-3.84440.26722430.22234803X-RAY DIFFRACTION100
3.8444-3.94830.28012650.22154772X-RAY DIFFRACTION100
3.9483-4.06430.25572490.21814833X-RAY DIFFRACTION100
4.0643-4.19540.2312280.2054839X-RAY DIFFRACTION100
4.1954-4.34510.25492400.20224840X-RAY DIFFRACTION100
4.3451-4.51890.23482510.1934869X-RAY DIFFRACTION100
4.5189-4.72420.23962250.19894841X-RAY DIFFRACTION100
4.7242-4.97280.24392510.18934882X-RAY DIFFRACTION100
4.9728-5.28370.24272530.19354822X-RAY DIFFRACTION100
5.2837-5.69050.21222760.19814857X-RAY DIFFRACTION100
5.6905-6.26110.2452410.20724873X-RAY DIFFRACTION100
6.2611-7.16230.23462210.19884952X-RAY DIFFRACTION100
7.1623-9.00560.18442430.16424944X-RAY DIFFRACTION99
9.0056-39.15880.21132550.17345081X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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