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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vei
タイトルCrystal structure of the SH3 domain of human sorbin and SH3 domain-containing protein 2
要素Sorbin and SH3 domain-containing protein 2
キーワードPROTEIN BINDING / Structural Genomics Consortium / SGC / SH3 / Src Homology 3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


cell growth involved in cardiac muscle cell development / cytoskeletal anchor activity / structural constituent of muscle / Notch signaling pathway / structural constituent of cytoskeleton / Z disc / actin cytoskeleton / lamellipodium / apical plasma membrane / focal adhesion ...cell growth involved in cardiac muscle cell development / cytoskeletal anchor activity / structural constituent of muscle / Notch signaling pathway / structural constituent of cytoskeleton / Z disc / actin cytoskeleton / lamellipodium / apical plasma membrane / focal adhesion / neuronal cell body / synapse / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
SoHo domain / Sorbin homologous domain / SoHo domain profile. / Sorbin homologous domain / : / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 domain / Zinc finger C2H2-type / Src homology 3 domains ...SoHo domain / Sorbin homologous domain / SoHo domain profile. / Sorbin homologous domain / : / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 domain / Zinc finger C2H2-type / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sorbin and SH3 domain-containing protein 2 / Sorbin and SH3 domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Liu, Y. / Tempel, W. / Huang, H. / Gu, J. / Liu, K. / Sidhu, S.S. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the SH3 domain of human sorbin and SH3 domain-containing protein 2
著者: Liu, Y. / Tempel, W. / Huang, H. / Gu, J. / Liu, K. / Sidhu, S.S. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J.
履歴
登録2017年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年8月2日ID: 4IGZ
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorbin and SH3 domain-containing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,30628
ポリマ－12,3061
非ポリマー027
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.202, 27.494, 58.831
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.010, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Sorbin and SH3 domain-containing protein 2 / SORBS2


分子量: 12305.836 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 215-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SORBS2 / プラスミド: modified pHH0239/6His/TEV vector / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: H7C1R7, UniProt: O94875*PLUS
#2: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 27 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 17.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 28% PEG2000, 0.1 M Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→39.52 Å / Num. obs: 16870 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 16.15 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 60287 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.33-1.353.61.20830428460.4940.7441.4231.199.8
7.28-39.5230.0163111050.9990.0110.01946.792.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
Aimless0.5.31データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3C0C

3c0c


解像度: 1.33→12.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.054 / SU Rfree Blow DPI: 0.055 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.056
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 818 4.85 %
Rwork0.185 --
obs0.186 16850 99.7 %
原子変位パラメータBiso max: 59.2 Å2 / Biso mean: 20.7 Å2 / Biso min: 10.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.8751 Å20 Å2-3.6899 Å2
2--3.9683 Å20 Å2
3----7.8433 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.33→12.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数608 0 27 22 657
Biso mean--28.24 29.14 -
残基数----80
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d224SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes12HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes105HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it669HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion87SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact787SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d669HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg914HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.74
LS精密化 シェル解像度: 1.33→1.42 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 151 4.98 %
Rwork0.223 2881 -
all-3032 -
obs--99.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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