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- PDB-5veb: Crystal structure of a Fab binding to extracellular domain 5 of C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5veb
タイトルCrystal structure of a Fab binding to extracellular domain 5 of Cadherin-6
要素
  • (anti-CDH6 Fab heavy ...) x 2
  • Cadherin-6
  • anti-CDH6 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / cell adhesion / antibody-drug conjugate / cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / multicellular organism development / IgE immunoglobulin complex / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / CD22 mediated BCR regulation / catenin complex / Adherens junctions interactions ...IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / multicellular organism development / IgE immunoglobulin complex / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / CD22 mediated BCR regulation / catenin complex / Adherens junctions interactions / IgG immunoglobulin complex / cell-cell junction assembly / adherens junction organization / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / Notch signaling pathway / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / complement activation, classical pathway / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / antigen binding / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / adherens junction / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / cell morphogenesis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell junction / antibacterial humoral response / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / membrane => GO:0016020 / blood microparticle / cell adhesion / cadherin binding / immune response / calcium ion binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Catenin binding domain superfamily / Cadherin / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like ...Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Catenin binding domain superfamily / Cadherin / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like / Cadherin-like superfamily / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / Immunoglobulin kappa constant / Cadherin-6 / IgG H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Zhu, X. / Bialucha, C.U. / London, A. / Clark, K. / Hu, T.
引用ジャーナル: Cancer Discov / 年: 2017
タイトル: Discovery and Optimization of HKT288, a Cadherin-6-Targeting ADC for the Treatment of Ovarian and Renal Cancers.
著者: Bialucha, C.U. / Collins, S.D. / Li, X. / Saxena, P. / Zhang, X. / Durr, C. / Lafont, B. / Prieur, P. / Shim, Y. / Mosher, R. / Lee, D. / Ostrom, L. / Hu, T. / Bilic, S. / Rajlic, I.L. / ...著者: Bialucha, C.U. / Collins, S.D. / Li, X. / Saxena, P. / Zhang, X. / Durr, C. / Lafont, B. / Prieur, P. / Shim, Y. / Mosher, R. / Lee, D. / Ostrom, L. / Hu, T. / Bilic, S. / Rajlic, I.L. / Capka, V. / Jiang, W. / Wagner, J.P. / Elliott, G. / Veloso, A. / Piel, J.C. / Flaherty, M.M. / Mansfield, K.G. / Meseck, E.K. / Rubic-Schneider, T. / London, A.S. / Tschantz, W.R. / Kurz, M. / Nguyen, D. / Bourret, A. / Meyer, M.J. / Faris, J.E. / Janatpour, M.J. / Chan, V.W. / Yoder, N.C. / Catcott, K.C. / McShea, M.A. / Sun, X. / Gao, H. / Williams, J. / Hofmann, F. / Engelman, J.A. / Ettenberg, S.A. / Sellers, W.R. / Lees, E.
履歴
登録2017年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02024年4月24日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _entity_name_com.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _struct_ref_seq.ref_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: anti-CDH6 Fab heavy chain
B: anti-CDH6 Fab light chain
H: anti-CDH6 Fab heavy chain
L: anti-CDH6 Fab light chain
X: Cadherin-6
Y: Cadherin-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,00910
ポリマ－122,1256
非ポリマー8854
水4,342241
1
A: anti-CDH6 Fab heavy chain
B: anti-CDH6 Fab light chain
X: Cadherin-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5545
ポリマ－61,1123
非ポリマー4422
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6890 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area23320 Å2
手法PISA
2
H: anti-CDH6 Fab heavy chain
L: anti-CDH6 Fab light chain
Y: Cadherin-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4555
ポリマ－61,0133
非ポリマー4422
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area23590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.829, 88.855, 186.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
抗体 , 3種, 4分子 ABLH

#1: 抗体 anti-CDH6 Fab heavy chain


分子量: 23823.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: S6B291
#2: 抗体 anti-CDH6 Fab light chain


分子量: 23380.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01834
#3: 抗体 anti-CDH6 Fab heavy chain


分子量: 23724.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: S6B291, UniProt: P55285*PLUS

-
タンパク質 / 糖 / 非ポリマー , 3種, 247分子 XY

#4: タンパク質 Cadherin-6 / Kidney cadherin / K-cadherin


分子量: 13907.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDH6 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55285
#5: 糖
ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% (w/v) PEG3350, 0.2M di-ammonium hydrogen citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→80.23 Å / Num. obs: 55887 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 47.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.34→2.348 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.595 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 535 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.34→80.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9347 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU R Cruickshank DPI: 0.312 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.313 / SU Rfree Blow DPI: 0.229 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.231
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2523 2824 5.08 %RANDOM
Rwork0.2124 ---
obs0.2144 55641 99.09 %-
原子変位パラメータBiso max: 144.19 Å2 / Biso mean: 40.61 Å2 / Biso min: 8.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2752 Å20 Å20 Å2
2--4.7345 Å20 Å2
3----5.0097 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.34→80.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8193 0 63 241 8497
Biso mean--61.7 35.69 -
残基数----1084
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2775SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes192HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1265HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8451HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1136SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9186SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8451HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg11486HARMONIC21.24
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.27
LS精密化 シェル解像度: 2.34→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2903 205 5.03 %
Rwork0.2282 3868 -
all0.2312 4073 -
obs--99.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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