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- PDB-5vdb: Crystal structure of a GNAT superfamily acetyltransferase PA4794 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vdb
タイトルCrystal structure of a GNAT superfamily acetyltransferase PA4794 in complex with bisubstrate analog 3
要素acetyltransferase PA4794
キーワードtransferase/transferase inhibitor / GNAT / acetyltransferase / bisubstrate inhibitor / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / TRANSFERASE / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-93M / N-acetyltransferase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Majorek, K.A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54 GM094585 米国
引用
ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2017
タイトル: Generating enzyme and radical-mediated bisubstrates as tools for investigating Gcn5-related N-acetyltransferases.
著者: Reidl, C. / Majorek, K.A. / Dang, J. / Tran, D. / Jew, K. / Law, M. / Payne, Y. / Minor, W. / Becker, D.P. / Kuhn, M.L.
#1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural, functional, and inhibition studies of a Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) superfamily protein PA4794: a new C-terminal lysine protein acetyltransferase from pseudomonas aeruginosa.
著者: Majorek, K.A. / Kuhn, M.L. / Chruszcz, M. / Anderson, W.F. / Minor, W.
履歴
登録2017年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: acetyltransferase PA4794
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6098
ポリマ－17,9031
非ポリマー1,7057
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.335, 76.121, 39.149
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 acetyltransferase PA4794


分子量: 17903.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: PA4794 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HV14
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-93M / (3R,5S,9R,26S)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-10,14,20-trioxo-26-({[(phenylacetyl)amino]acetyl}amino)-2,4,6-trioxa-18-thia-11,15,21-triaza-3,5-diphosphaheptacosan-27-oic acid 3,5-dioxide (non-preferred name)


分子量: 1128.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H59N10O21P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.42 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M Bis Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月4日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 34368 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.188 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 237096
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.4-1.426.80.816690.7770.330.8670.656100
1.42-1.456.80.6917000.8420.2840.7470.714100
1.45-1.486.90.55716800.8940.2280.6030.738100
1.48-1.516.90.46217150.9310.1890.50.715100
1.51-1.5470.42316810.9340.1720.4570.88100
1.54-1.5870.34216910.950.140.370.782100
1.58-1.6270.28117000.9680.1140.3030.811100
1.62-1.6670.23516810.9720.0960.2540.864100
1.66-1.7170.19417160.9830.0790.210.899100
1.71-1.7670.15917060.9870.0650.1710.98100
1.76-1.8370.13116900.9910.0530.1420.983100
1.83-1.970.10917150.9940.0440.1181.123100
1.9-1.9970.10217330.9940.0410.111.78499.9
1.99-2.096.90.07716960.9960.0320.0841.646100
2.09-2.226.90.06217200.9970.0250.0681.61299.8
2.22-2.396.90.0717430.9960.0290.0762.62699.9
2.39-2.636.90.04517330.9980.0190.0491.47899.7
2.63-3.026.90.03617580.9990.0150.0391.33199.8
3.02-3.86.80.0317630.9990.0120.0331.44299.8
3.8-506.30.03318780.9970.0140.0361.62799.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4L8A

4l8a


解像度: 1.4→45.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / WRfactor Rfree: 0.1674 / WRfactor Rwork: 0.1434 / FOM work R set: 0.8717 / SU B: 2.039 / SU ML: 0.038 / SU R Cruickshank DPI: 0.0603 / SU Rfree: 0.0538 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1704 1734 5.1 %RANDOM
Rwork0.1451 ---
obs0.1464 32591 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.08 Å2 / Biso mean: 20.311 Å2 / Biso min: 12.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.61 Å20 Å20 Å2
2---0.62 Å20 Å2
3----0.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→45.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1233 0 131 188 1552
Biso mean--31.72 35.78 -
残基数----159
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191444
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2311.9441979
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.97232928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3795168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.722.564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.70915208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5691514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021733
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02313
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr9.22731326
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.3095104
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.89951364
LS精密化 シェル解像度: 1.401→1.438 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 132 -
Rwork0.24 2300 -
all-2432 -
obs--98.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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