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- PDB-5usn: Crystal Structure of Schizosaccharomyces pombe Pot1pC bound to ss... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5usn
タイトルCrystal Structure of Schizosaccharomyces pombe Pot1pC bound to ssRNA/ssDNA chimera (rGrGrUTACGGT)
要素
  • 1-3R_9mer DNA/RNA (5'-R(*GP*GP*U)-D(P*TP*AP*CP*GP*GP*T)-3')
  • Protection of telomeres protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / Telomeres / OB-fold / DNA binding / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / telomere cap complex / chromosome, telomeric repeat region / telomerase inhibitor activity / shelterin complex / regulation of telomere maintenance via telomerase / nuclear telomere cap complex / single-stranded telomeric DNA binding / G-rich strand telomeric DNA binding / telomere capping ...Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / telomere cap complex / chromosome, telomeric repeat region / telomerase inhibitor activity / shelterin complex / regulation of telomere maintenance via telomerase / nuclear telomere cap complex / single-stranded telomeric DNA binding / G-rich strand telomeric DNA binding / telomere capping / telomere maintenance / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protection of telomeres protein 1, ssDNA-binding domain / ssDNA-binding domain of telomere protection protein / Protection of telomeres protein 1 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA/RNA hybrid / Protection of telomeres protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lloyd, N.R. / Wuttke, D.S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Discrimination against RNA Backbones by a ssDNA Binding Protein.
著者: Lloyd, N.R. / Wuttke, D.S.
履歴
登録2017年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protection of telomeres protein 1
B: 1-3R_9mer DNA/RNA (5'-R(*GP*GP*U)-D(P*TP*AP*CP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8083
ポリマ－19,7852
非ポリマー231
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.640, 59.800, 66.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protection of telomeres protein 1


分子量: 16964.139 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 199-339 / 変異: V3D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: pot1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O13988
#2: DNA/RNAハイブリッド 1-3R_9mer DNA/RNA (5'-R(*GP*GP*U)-D(P*TP*AP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量: 2820.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 / 詳細: 100 mM Tris, 0.2 mM sodium formate, 15% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→59.83 Å / Num. obs: 13518 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 61629 / Scaling rejects: 27
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.9-1.944.70.27312840.9530.1350.306100
9.11-59.833.60.0650.9940.0370.07591.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.7 Å44.35 Å
Translation2.7 Å44.35 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
SCALA0.5.25データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HIK

4hik


解像度: 1.9→44.339 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2237 1334 9.96 %
Rwork0.1833 --
obs0.1872 13388 98.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.339 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1194 187 1 175 1557
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081436
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1041980
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.397549
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047207
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004220
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.96790.27641290.22181155X-RAY DIFFRACTION97
1.9679-2.04670.23721300.19051162X-RAY DIFFRACTION98
2.0467-2.13990.25831320.18571189X-RAY DIFFRACTION99
2.1399-2.25270.24721280.17991165X-RAY DIFFRACTION99
2.2527-2.39380.2481310.18831205X-RAY DIFFRACTION98
2.3938-2.57860.24471320.18361189X-RAY DIFFRACTION99
2.5786-2.83810.21881340.19221205X-RAY DIFFRACTION99
2.8381-3.24860.19451330.17891225X-RAY DIFFRACTION100
3.2486-4.09250.20771400.15651250X-RAY DIFFRACTION100
4.0925-44.35140.2091450.19521309X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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