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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vd1 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYT1 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH PHA-848125 | ||||||
![]() | Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / KINASE DOMAIN / CELL CYCLE / TYROSINE- AND THREONINE-SPECIFIC KINASE / MEMBRANE-ASSOCIATED PROTEIN KINASE / TRANSFERASE / INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / regulation of mitotic nuclear division / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / meiotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / kinase activity ...negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / regulation of mitotic nuclear division / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / meiotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / kinase activity / mitotic cell cycle / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / Golgi membrane / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhu, J.-Y. / Schonbrunn, E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of Wee Kinases Functionality and Inactivation by Diverse Small Molecule Inhibitors. 著者: Zhu, J.Y. / Cuellar, R.A. / Berndt, N. / Lee, H.E. / Olesen, S.H. / Martin, M.P. / Jensen, J.T. / Georg, G.I. / Schonbrunn, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 187.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 148 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5v5yC ![]() 5vc3C ![]() 5vc4C ![]() 5vc5C ![]() 5vc6C ![]() 5vcvSC ![]() 5vcwC ![]() 5vcxC ![]() 5vcyC ![]() 5vczC ![]() 5vd0C ![]() 5vd2C ![]() 5vd3C ![]() 5vdkC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34498.133 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 75-362 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q99640, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-P48 / |
#3: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.16 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 14 MG/ML MYT1, 50 mM HEPES PH 7.5, 0.5 mM DTT, 0.05 M POTASSIUM CHLORIDE, 17.5 (V/V) % pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 1.5 mM PHA-848125 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月19日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→34.008 Å / Num. obs: 32890 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.48 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 0.973 / Net I/σ(I): 14.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5VCV 解像度: 1.7→34.008 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.76
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 169.59 Å2 / Biso mean: 28.1278 Å2 / Biso min: 8.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→34.008 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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