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- PDB-5vch: Crystal structure of full-length Kluyveromyces lactis Kap123 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vch
タイトルCrystal structure of full-length Kluyveromyces lactis Kap123
要素Kap123
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Bidding yeast karyopherin / 23 HEAT repeats with a right-handed superhelical solenoid structure / Histone NLS recognition / The extra-long helix of the repeat 23
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / small GTPase binding / protein import into nucleus / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Importin beta family / TOG domain / TOG / HEAT repeat / HEAT repeat / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain / HEAT repeat profile. ...Importin beta family / TOG domain / TOG / HEAT repeat / HEAT repeat / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者An, S. / Yoon, J. / Song, J.-J. / Cho, U.-S.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
American Diabetes Association1-16-JDF-017 米国
March of dimesN019154-00 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG050903 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK111465 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structure-based nuclear import mechanism of histones H3 and H4 mediated by Kap123.
著者: An, S. / Yoon, J. / Kim, H. / Song, J.J. / Cho, U.S.
履歴
登録2017年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32022年3月16日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kap123
B: Kap123


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,0632
ポリマ－247,0632
非ポリマー00
水7,386410
1
A: Kap123


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,5321
ポリマ－123,5321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Kap123


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,5321
ポリマ－123,5321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.050, 88.120, 102.010
Angle α, β, γ (deg.)79.19, 80.03, 70.98
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Kap123


分子量: 123531.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6CMF0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 % / 解説: brick-shaped crystals
結晶化温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M sodium cacodylate (pH 6.5), 0.2M sodium acetate, 30% PEG 4000 and 5% Jeffamin M-600

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→45.52 Å / Num. obs: 105309 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 7667 / Rpim(I) all: 0.358 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXDESHELXC/D/E位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→33.001 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 24.74 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2349 1999 1.93 %
Rwork0.2099 --
obs0.2104 103373 97.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→33.001 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15824 0 0 410 16234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00916076
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0121826
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5129851
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0552641
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072808
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.40880.29611330.29156754X-RAY DIFFRACTION91
2.4088-2.47390.30971350.2846836X-RAY DIFFRACTION92
2.4739-2.54660.31061390.2667020X-RAY DIFFRACTION95
2.5466-2.62880.28811410.25047212X-RAY DIFFRACTION97
2.6288-2.72270.25651430.24357206X-RAY DIFFRACTION98
2.7227-2.83170.2691440.23397333X-RAY DIFFRACTION99
2.8317-2.96050.29691450.2377325X-RAY DIFFRACTION99
2.9605-3.11640.2521450.23367356X-RAY DIFFRACTION100
3.1164-3.31150.2681460.23187385X-RAY DIFFRACTION100
3.3115-3.56690.24971460.2157412X-RAY DIFFRACTION100
3.5669-3.92540.23071460.18797397X-RAY DIFFRACTION100
3.9254-4.49220.16421450.16087388X-RAY DIFFRACTION100
4.4922-5.6550.19831460.16997406X-RAY DIFFRACTION100
5.655-33.00450.16731450.16677344X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8312-0.2314-1.31480.97890.11141.5183-0.11780.3252-0.24920.0187-0.00530.29850.0982-0.51870.07760.0962-0.0176-0.01380.3836-0.0640.323289.099-31.574652.8657
20.3293-0.70250.20794.2014-0.59850.7443-0.0686-0.00710.0350.01280.17360.16080.0808-0.0687-0.08040.3267-0.12220.06410.13770.04150.22897.407-25.8261102.2673
30.65610.12430.29150.90370.41810.91520.0631-0.01740.11390.5095-0.0781-0.1035-0.0014-0.06980.00670.5864-0.0317-0.00480.0942-0.0190.174691.9637-68.9543111.2403
41.3329-1.41110.46543.0562-0.85551.551-0.14540.0349-0.1581-0.00850.0264-0.05810.1377-0.2684-0.02970.30870.0795-0.03780.3570.18830.3549131.9804-65.800777.2524
50.952-0.0627-0.20921.05130.30271.5023-0.1726-0.1755-0.1081-0.09990.2545-0.2513-0.12390.34810.0391-0.04530.08920.00820.21620.00190.1561121.5956-25.116754.3796
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 702 through 1113 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 429 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 430 through 1113 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 41 through 311 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 312 through 701 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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