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万見
- PDB-5vc5: Crystal structure of human WEE1 kinase domain in complex with PD-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vc5
タイトルCrystal structure of human WEE1 kinase domain in complex with PD-166285
要素Wee1-like protein kinase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / KINASE DOMAIN / CELL CYCLE / WEE1 / TRANSFERASE / INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / establishment of cell polarity / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry ...negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / establishment of cell polarity / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / neuron projection morphogenesis / positive regulation of DNA replication / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / microtubule cytoskeleton organization / G2/M transition of mitotic cell cycle / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / protein tyrosine kinase activity / phosphorylation / cell division / nucleolus / magnesium ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Wee1-like protein kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Wee1-like protein kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-96M / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Wee1-like protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Zhu, J.-Y. / Schonbrunn, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)UO1 HD076542 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of Wee Kinases Functionality and Inactivation by Diverse Small Molecule Inhibitors.
著者: Zhu, J.Y. / Cuellar, R.A. / Berndt, N. / Lee, H.E. / Olesen, S.H. / Martin, M.P. / Jensen, J.T. / Georg, G.I. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2017年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Wee1-like protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1926
ポリマ－32,4411
非ポリマー7525
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.530, 44.400, 61.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Wee1-like protein kinase / WEE1hu / Wee1A kinase


分子量: 32440.900 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 291-575 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WEE1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIPL
参照: UniProt: P30291, non-specific protein-tyrosine kinase

-
非ポリマー , 5種, 89分子

#2: 化合物 ChemComp-96M / 6-(2,6-dichlorophenyl)-2-({4-[2-(diethylamino)ethoxy]phenyl}amino)-8-methylpyrido[2,3-d]pyrimidin-7(8H)-one / PD-166285


分子量: 512.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H27Cl2N5O2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 9.0 MG/ML WEE1, 25 mM Na/K phosphate, 1 mM DTT, 0.05 M ammonium sulfate, 0.05 M Bis-tris (pH 5.5), 7.5 % PEG 3350, 1 mM PD-166285

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月15日
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→35.907 Å / Num. obs: 20256 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.736 % / Biso Wilson estimate: 28.08 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Rrim(I) all: 0.034 / Χ2: 0.961 / Net I/σ(I): 25.07
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.93-1.982.720.313.6514750.9060.3899.2
1.98-2.032.7270.2215.0414600.9410.27199.2
2.03-2.092.7240.1836.0914220.9660.22599.2
2.09-2.162.7490.1377.8213630.9780.16898.9
2.16-2.232.7290.1189.213580.9830.14599
2.23-2.312.730.09410.9412960.9880.11598.9
2.31-2.392.7540.07713.4812410.9930.09498.6
2.39-2.492.7390.06615.6112060.9940.0899.2
2.49-2.62.730.05817.5911500.9950.0798.6
2.6-2.732.7530.04521.910780.9970.05598.7
2.73-2.882.7610.03626.7510530.9980.04498
2.88-3.052.7370.02933.769930.9990.03698.1
3.05-3.262.7210.02141.759180.9990.02696.9
3.26-3.522.7460.01751.58700.9990.02198.2
3.52-3.862.7540.01459.278060.9990.01898.1
3.86-4.322.7280.01365.3271710.01697.4
4.32-4.982.7270.01370.746520.9990.01698.8
4.98-6.12.7560.01366.4455010.01696.2
6.1-8.632.7360.01270.2141710.01595.9
8.63-35.9072.6190.01179.7623110.01490.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
SERGUIデータ収集
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5V5Y

5v5y


解像度: 1.93→35.907 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.71
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2169 1013 5 %
Rwork0.1763 --
obs-20255 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 148.71 Å2 / Biso mean: 47.1873 Å2 / Biso min: 16.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.93→35.907 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2077 0 91 84 2252
Biso mean--42.82 38.64 -
残基数----261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122182
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3682943
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057315
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007376
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.78814
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9299-2.03170.29611430.20452731287499
2.0317-2.1590.25191440.18562732287699
2.159-2.32560.22921460.17342760290699
2.3256-2.55960.21891440.17292744288899
2.5596-2.92980.25651450.18252754289999
2.9298-3.69070.19831440.17692734287898
3.6907-35.91290.19291470.16272787293497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.76261.3922-1.06474.5523-1.42263.4233-0.41440.3956-0.4738-0.57730.1828-0.13410.4653-0.14620.02230.3277-0.0127-0.00160.22840.04090.2736-12.7477-2.75989.1243
25.4996-2.3235-2.21172.70381.90863.22980.03250.4269-0.6041-0.7208-0.07790.02110.15840.00360.09810.46170.03460.07120.2201-0.0280.3068-2.9935-7.3036.2982
33.83271.05850.22542.2970.03091.44820.03190.0256-0.3713-0.2531-0.098-0.06260.26960.040.08560.34940.07190.04470.20590.0470.2317-1.0727-5.603714.8224
42.8106-0.8657-0.36314.2051-0.37412.67160.0996-0.18220.49580.2885-0.193-0.004-0.55650.09520.05020.3153-0.01450.00930.3013-0.00940.23983.683114.592820.5327
52.8242-0.71120.9164.4635-1.04343.52150.13060.173-0.13690.0161-0.539-0.17990.13050.21170.17230.27740.03940.00090.30220.04970.21178.17753.1516.3672
62.4789-1.3373-0.57343.0405-0.44350.95610.2326-0.24920.68130.0794-0.5648-1.0391-0.30290.7154-0.03660.3298-0.1059-0.06550.61050.17670.481618.115413.883919.3719
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 293 through 323 )A293 - 323
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 324 through 337 )A324 - 337
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 338 through 383 )A338 - 383
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 384 through 420 )A384 - 420
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 421 through 484 )A421 - 484
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 485 through 571 )A485 - 571

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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