PDB-5vbb: Human RNA Pseudouridylate Synthase Domain Containing 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vbb

タイトル

Human RNA Pseudouridylate Synthase Domain Containing 1

要素

RNA pseudouridylate synthase domain-containing protein 1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RPUSD1 / RNA Pseudouridylate Synthase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

Pseudouridine synthase, RsuA/RluA-like / RNA pseudouridylate synthase / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / RNA binding / RNA pseudouridylate synthase domain-containing protein 1

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

DONG, A. / ZENG, H. / WALKER, J.R. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. / WU, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Human RNA Pseudouridylate Synthase Domain Containing 1
著者: ZENG, H. / DONG, A. / WALKER, J.R. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. / WU, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)

履歴

登録	2017年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vbb.cif.gz	193.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vbb.ent.gz	162.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vbb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vbb_validation.pdf.gz	439.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vbb_full_validation.pdf.gz	439.8 KB	表示
XML形式データ	5vbb_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	5vbb_validation.cif.gz	16 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/5vbb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/5vbb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6gi1-1 6gi2-1 5mmy-1 2hv6-1 5f2z-2 2hv6-2 6b00-d 6z9k-1 2p0y-d 5moz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA pseudouridylate synthase domain-containing protein 1

ヘテロ分子

29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.200, 92.440, 88.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	RNA pseudouridylate synthase domain-containing protein 1 / Ribosomal large subunit pseudouridine synthase C-like protein 分子量: 29334.541 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-261 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPUSD1, C16orf40, RLUCL / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) codon plus RIL / 参照: UniProt: Q9UJJ7
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.77 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 21% PEG 3350, 0.2 M LiSO4, 0.1 M BisTris pH6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97914 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97914 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 17148 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.7 % / B_iso Wilson estimate: 37.57 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.087 / Χ²: 0.75 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 166822

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.94-1.97	8.3	0.809	821	0.873	0.277	0.858	0.466	96.7
1.97-2.01	8.7	0.735	812	0.898	0.249	0.778	0.446	97.8
2.01-2.05	8.7	0.613	841	0.923	0.209	0.649	0.458	99.3
2.05-2.09	9	0.557	849	0.942	0.188	0.589	0.497	99.8
2.09-2.14	9.2	0.48	844	0.964	0.162	0.507	0.486	98.9
2.14-2.18	8.7	0.412	843	0.965	0.144	0.438	0.493	99.6
2.18-2.24	10	0.404	849	0.974	0.132	0.426	0.487	99.8
2.24-2.3	10.5	0.358	840	0.984	0.114	0.377	0.507	100
2.3-2.37	10.5	0.302	876	0.985	0.097	0.318	0.498	100
2.37-2.44	10.5	0.268	852	0.987	0.085	0.281	0.521	100
2.44-2.53	10.4	0.206	853	0.994	0.066	0.216	0.533	99.8
2.53-2.63	10.3	0.175	845	0.994	0.057	0.184	0.575	100
2.63-2.75	9.8	0.146	861	0.995	0.048	0.154	0.59	99.8
2.75-2.9	9.5	0.117	857	0.995	0.039	0.124	0.673	99.1
2.9-3.08	10.8	0.097	869	0.997	0.031	0.102	0.779	99.9
3.08-3.32	10.6	0.078	862	0.998	0.025	0.082	0.934	99.9
3.32-3.65	10.3	0.069	866	0.998	0.023	0.073	1.203	99.8
3.65-4.18	9.3	0.058	881	0.998	0.02	0.062	1.379	99
4.18-5.26	10.4	0.053	885	0.999	0.017	0.055	1.387	99.9
5.26-50	9.3	0.056	942	0.999	0.019	0.059	1.781	98.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
BALBES		位相決定
HKL-3000		位相決定
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.94→18.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / R_factor R_free error: 0.035 / SU R Cruickshank DPI: 0.408 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.17 / SU R_free Blow DPI: 0.151 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.149

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.224	804	4.71 %	RANDOM
R_work	0.179	-	-	-
obs	0.181	17070	99.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 133.52 Å² / B_iso mean: 49.07 Å² / B_iso min: 9.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.3119 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.6484 Å²	0 Å²
3-	-	-	-14.9604 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.94→18.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1889	0	31	97	2017
B_iso mean	-	-	60.45	52.74	-
残基数	-	-	-	-	245

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	819	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	35	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	591	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	3843	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	1	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	252	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	4284	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	3843	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	6930	HARMONIC	2	1.08
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.88
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				14.84

LS精密化シェル

解像度: 1.94→2.06 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.216	111	4.16 %
R_work	0.182	2560	-
all	0.183	2671	-
obs	-	-	98.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 13.2359 Å / Origin y: 32.0532 Å / Origin z: 32.6128 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1072 Å²	0.0263 Å²	-0.0121 Å²	-	-0.0883 Å²	0.0045 Å²	-	-	-0.0095 Å²
L	1.7542 °²	0.2983 °²	0.0183 °²	-	1.1383 °²	0.4022 °²	-	-	0.9746 °²
S	-0.0282 Å °	0.0577 Å °	-0.0136 Å °	-0.0299 Å °	-0.0366 Å °	0.1636 Å °	-0.1235 Å °	-0.0845 Å °	0.0648 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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