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Yorodumi- PDB-2p0y: Crystal structure of Q88YI3_LACPL from Lactobacillus plantarum. N... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2p0y | ||||||
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Title | Crystal structure of Q88YI3_LACPL from Lactobacillus plantarum. Northeast Structural Genomics Consortium target LpR6 | ||||||
Components | Hypothetical protein lp_0780 | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / LpR6 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Lactobacillus plantarum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 3 Å | ||||||
Authors | Benach, J. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Chi, K.H. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. ...Benach, J. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Chi, K.H. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of Q88YI3_LACPL from Lactobacillus plantarum. Authors: Benach, J. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Chi, K.H. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2p0y.cif.gz | 58.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2p0y.ent.gz | 44.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2p0y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2p0y_validation.pdf.gz | 428.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2p0y_full_validation.pdf.gz | 444.9 KB | Display | |
Data in XML | 2p0y_validation.xml.gz | 13.1 KB | Display | |
Data in CIF | 2p0y_validation.cif.gz | 16.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/2p0y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/2p0y | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38137.621 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lactobacillus plantarum (bacteria) / Strain: NCIMB 8826, WCFS1 / Gene: lp_0780 / Plasmid: pET21 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)+Magic / References: UniProt: Q88YI3, UniProt: F9UM03*PLUS |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.6 % Description: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS |
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Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: microbatch under oil Details: 2.0 M Sodium chloride, 10 % PEG 6000, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 278K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X4A / Wavelength: 0.97921, 0.97950, 0.96791 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Sep 8, 2006 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | D res high: 3 Å / D res low: 50 Å / Redundancy: 3.8 %
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Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 15950 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Χ2: 1.66 / Net I/σ(I): 9.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 3→3.11 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Num. unique all: 1603 / Χ2: 1.085 / % possible all: 96.6 |
-Phasing
Phasing dm | FOM : 0.67 / FOM acentric: 0.68 / FOM centric: 0.63 / Reflection: 7613 / Reflection acentric: 6637 / Reflection centric: 976 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 3→20 Å / FOM work R set: 0.736 / σ(F): 2 / Stereochemistry target values: Engh & Huber / Details: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING
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Solvent computation | Bsol: 10 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.126 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25
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Xplor file |
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