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- PDB-5vay: Bcl-2 complex with Beclin 1 T108D BH3 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vay
タイトルBcl-2 complex with Beclin 1 T108D BH3 domain
要素
  • Apoptosis regulator Bcl-2 -- Bcl-2-like protein 1 Chimera
  • Beclin-1
キーワードAPOPTOSIS / Bcl-2 / autophagy / Beclin 1
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to aluminum ion / negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / channel inhibitor activity / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of skeletal muscle fiber development ...cellular response to aluminum ion / negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / channel inhibitor activity / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of skeletal muscle fiber development / melanin metabolic process / positive regulation of melanocyte differentiation / cellular response to oxygen-glucose deprivation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / positive regulation of stress granule assembly / myeloid cell apoptotic process / gland morphogenesis / cochlear nucleus development / osteoblast proliferation / response to mitochondrial depolarisation / mesenchymal cell development / retinal cell programmed cell death / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of neuron maturation / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / negative regulation of osteoblast proliferation / ear development / negative regulation of lysosome organization / renal system process / apoptotic process in bone marrow cell / engulfment of apoptotic cell / negative regulation of autophagosome assembly / regulation of cell-matrix adhesion / stem cell development / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / positive regulation of autophagosome assembly / receptor catabolic process / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / lymphoid progenitor cell differentiation / melanocyte differentiation / T cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / B cell apoptotic process / positive regulation of mononuclear cell proliferation / suppression by virus of host autophagy / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / protein targeting to lysosome / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / early endosome to late endosome transport / late endosome to vacuole transport / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / SMAD protein signal transduction / negative regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / glomerulus development / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of nitrogen utilization / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / oocyte development / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / neuron maturation / positive regulation of multicellular organism growth / metanephros development / regulation of viral genome replication / negative regulation of motor neuron apoptotic process / focal adhesion assembly / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / negative regulation of ossification / calcium ion transport into cytosol / phagophore assembly site / negative regulation of B cell apoptotic process / negative regulation of programmed cell death / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / response to UV-B / response to iron ion / response to iron(II) ion / cellular response to nitrogen starvation / motor neuron apoptotic process / negative regulation of mitochondrial depolarization / BH domain binding / organ growth / axon regeneration / epithelial cell apoptotic process / smooth muscle cell migration / hair follicle morphogenesis / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / B cell lineage commitment / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / mitotic metaphase chromosome alignment / branching involved in ureteric bud morphogenesis
類似検索 - 分子機能
Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-X ...Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis regulator Bcl-2 / Bcl-2-like protein 1 / Beclin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.804 Å
データ登録者Lee, E.F. / Smith, B.J. / Yao, S. / Fairlie, W.D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bcl-2 complex with Beclin 1 pT108 BH3 domain
著者: Lee, E.F. / Smith, B.J. / Yao, S. / Fairlie, W.D.
履歴
登録2017年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator Bcl-2 -- Bcl-2-like protein 1 Chimera
B: Apoptosis regulator Bcl-2 -- Bcl-2-like protein 1 Chimera
C: Apoptosis regulator Bcl-2 -- Bcl-2-like protein 1 Chimera
D: Apoptosis regulator Bcl-2 -- Bcl-2-like protein 1 Chimera
E: Beclin-1
G: Beclin-1
F: Beclin-1
H: Beclin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4438
ポリマ－89,4438
非ポリマー00
水4,612256
1
A: Apoptosis regulator Bcl-2 -- Bcl-2-like protein 1 Chimera
E: Beclin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3612
ポリマ－22,3612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area8510 Å2
手法PISA
2
B: Apoptosis regulator Bcl-2 -- Bcl-2-like protein 1 Chimera
F: Beclin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3612
ポリマ－22,3612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area8810 Å2
手法PISA
3
C: Apoptosis regulator Bcl-2 -- Bcl-2-like protein 1 Chimera
G: Beclin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3612
ポリマ－22,3612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area7900 Å2
手法PISA
4
D: Apoptosis regulator Bcl-2 -- Bcl-2-like protein 1 Chimera
H: Beclin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3612
ポリマ－22,3612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area7970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.205, 53.192, 91.413
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Apoptosis regulator Bcl-2 -- Bcl-2-like protein 1 Chimera / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 19501.686 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2, BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P10415, UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド
Beclin-1 / Coiled-coil myosin-like BCL2-interacting protein / Protein GT197


分子量: 2859.177 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14457
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Tris, pH 6.5, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 71186 / % possible obs: 98.95 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 14.41

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XA0

2xa0


解像度: 1.804→50 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 3559 5 %
Rwork0.1836 --
obs0.1857 71180 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.804→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5292 0 0 256 5548
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075659
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9797680
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3042030
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041792
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051008
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.804-1.82870.31651370.29482598X-RAY DIFFRACTION95
1.8287-1.85490.29991430.2592712X-RAY DIFFRACTION99
1.8549-1.88260.3131400.24332660X-RAY DIFFRACTION99
1.8826-1.9120.26031410.23642681X-RAY DIFFRACTION99
1.912-1.94330.28211410.22822684X-RAY DIFFRACTION99
1.9433-1.97680.27691440.21682724X-RAY DIFFRACTION99
1.9768-2.01280.26861390.21052653X-RAY DIFFRACTION99
2.0128-2.05150.22611420.21072704X-RAY DIFFRACTION99
2.0515-2.09340.28181420.20932685X-RAY DIFFRACTION99
2.0934-2.13890.24021420.20672704X-RAY DIFFRACTION99
2.1389-2.18860.24441420.19432705X-RAY DIFFRACTION99
2.1886-2.24340.23781420.19012685X-RAY DIFFRACTION99
2.2434-2.3040.27241420.18652706X-RAY DIFFRACTION99
2.304-2.37180.25121410.18822671X-RAY DIFFRACTION99
2.3718-2.44840.25611440.18782731X-RAY DIFFRACTION99
2.4484-2.53590.2121410.18412697X-RAY DIFFRACTION99
2.5359-2.63740.21521430.19092713X-RAY DIFFRACTION99
2.6374-2.75740.25581430.18192705X-RAY DIFFRACTION99
2.7574-2.90270.19581420.17922707X-RAY DIFFRACTION99
2.9027-3.08460.1951430.19052720X-RAY DIFFRACTION99
3.0846-3.32270.2591450.18152754X-RAY DIFFRACTION99
3.3227-3.65690.21121420.16152696X-RAY DIFFRACTION99
3.6569-4.18570.18921440.15842739X-RAY DIFFRACTION99
4.1857-5.27220.1871470.14632784X-RAY DIFFRACTION100
5.2722-44.4510.22721470.18362803X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 78.0455 Å / Origin y: 8.1132 Å / Origin z: 22.4968 Å
111213212223313233
T0.201 Å2-0.0042 Å20.0183 Å2-0.1578 Å20.0064 Å2--0.2179 Å2
L0.3118 °20.044 °20.1203 °2-0.0349 °20.0919 °2--0.2898 °2
S-0.0179 Å °0.0878 Å °0.0053 Å °-0.0121 Å °0.0007 Å °-0.0118 Å °-0.0065 Å °0.0215 Å °0.0154 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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