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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5va3 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human ether-a-go-go related K+ channel | |||||||||
![]() | Potassium voltage-gated channel subfamily H member 2 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Model details | truncation hERGTs | |||||||||
![]() | Wang, W.W. / MacKinnon, R. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM Structure of the Open Human Ether-à-go-go-Related K Channel hERG. 著者: Weiwei Wang / Roderick MacKinnon / ![]() 要旨: The human ether-à-go-go-related potassium channel (hERG, Kv11.1) is a voltage-dependent channel known for its role in repolarizing the cardiac action potential. hERG alteration by mutation or ...The human ether-à-go-go-related potassium channel (hERG, Kv11.1) is a voltage-dependent channel known for its role in repolarizing the cardiac action potential. hERG alteration by mutation or pharmacological inhibition produces Long QT syndrome and the lethal cardiac arrhythmia torsade de pointes. We have determined the molecular structure of hERG to 3.8 Å using cryo-electron microscopy. In this structure, the voltage sensors adopt a depolarized conformation, and the pore is open. The central cavity has an atypically small central volume surrounded by four deep hydrophobic pockets, which may explain hERG's unusual sensitivity to many drugs. A subtle structural feature of the hERG selectivity filter might correlate with its fast inactivation rate, which is key to hERG's role in cardiac action potential repolarization. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 128.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 94.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号![]() ![]() |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 88885.664 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-140,381-870,1006-1159 / 変異: S631A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: human ether-a-go-go related K+ channel hERG / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT 詳細: Truncated hERG construct hERGTs (amino acid residues 141-380 and 871-1005 deleted) with S631A mutation Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: pH 7.4, adjusted with NaOH | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() 詳細: A 1 mL peak fraction was collected and concentrated ~3x to obtain the final ~6 mg/mL sample. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 98 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: one blot: 3 second blot time, 0 blot force |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 15 sec. / 電子線照射量: 85 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1505 詳細: 50 0.3-second frames were collected for each movie at a dose rate of ~1.8 e-/A2/frame |
画像スキャン | 横: 7420 / 縦: 7676 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 333000 / 詳細: ~333k particles from autopick | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 206 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 4 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 180 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Fourier Shell Correlation |