PDB-5v7o: Crystal Structure of NosK from Streptomyces actuosus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v7o

タイトル

Crystal Structure of NosK from Streptomyces actuosus

要素

NosK

キーワード

TRANSFERASE / alpha/beta hydrolase fold / nosiheptide / acyltransferase

機能・相同性

Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / NosK

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces actuosus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Booker, S.J. / Boal, A.K. / Grove, T.L. / Badding, E.D.

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Rerouting the Pathway for the Biosynthesis of the Side Ring System of Nosiheptide: The Roles of NosI, NosJ, and NosK.
著者: Badding, E.D. / Grove, T.L. / Gadsby, L.K. / LaMattina, J.W. / Boal, A.K. / Booker, S.J.

履歴

登録	2017年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月19日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年5月3日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v7o.cif.gz	106.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v7o.ent.gz	80.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v7o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5v7o_validation.pdf.gz	444 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5v7o_full_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示
XML形式データ	5v7o_validation.xml.gz	11.4 KB	表示
CIF形式データ	5v7o_validation.cif.gz	15.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/5v7o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/5v7o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4d7g-d 3om8-5 4typ-2 4bow-1 4bq1-1 3dl0-1 5zhr-2 2pbl-1 5fl4-3 6est-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NosK

ヘテロ分子

34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.290, 75.290, 110.121
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	NosK 分子量: 34030.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces actuosus (バクテリア) 遺伝子: nosK / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C6FX50
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.54 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6 M (NH4)2SO4, 0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES, pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→28.053 Å / Num. obs: 16566 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.8 % / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 12.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.38	11.1	1.155	0.921	1	100
8.91-28.05	9	0.044	0.972	1	97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.27	データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.3→28.053 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.35

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2627	1649	10.02 %
R_work	0.2188	-	-
obs	0.2232	16451	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.66 Å² / B_iso mean: 41.8926 Å² / B_iso min: 18.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→28.053 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1762	0	5	91	1858
B_iso mean	-	-	35.19	43.34	-
残基数	-	-	-	-	230

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1810
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.863	2464
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	268
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	327
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.082	1051

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3004-2.3681	0.3295	160	0.255	1180	1340	100
2.3681-2.4445	0.3286	129	0.2591	1213	1342	100
2.4445-2.5318	0.3563	122	0.2607	1226	1348	100
2.5318-2.6331	0.2874	128	0.2548	1221	1349	100
2.6331-2.7529	0.3886	124	0.3484	1199	1323	97
2.7529-2.8979	0.281	138	0.2297	1233	1371	100
2.8979-3.0792	0.2517	140	0.2283	1214	1354	100
3.0792-3.3166	0.2927	138	0.2317	1225	1363	100
3.3166-3.6497	0.2946	134	0.2442	1238	1372	99
3.6497-4.1764	0.2646	147	0.2185	1256	1403	100
4.1764-5.2561	0.183	143	0.1538	1253	1396	100
5.2561-28.0549	0.1973	146	0.1698	1344	1490	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5861	0.5123	-0.3814	0.3266	0.2213	2.7793	-0.1772	0.1935	0.0298	0.0479	0.0651	-0.0164	-0.4093	0.6453	0.2569	0.2886	0.0172	-0.0394	0.2866	0.0095	0.2725	9.946	44.2079	35.1932
2	3.5789	-0.8475	-0.6071	2.5268	-0.8682	6.0499	0.0966	-0.1347	0.7061	-0.537	0.1784	-0.2136	-0.311	0.2671	-0.3999	0.3992	-0.0256	0.0385	0.3329	-0.0043	0.3522	13.902	47.5879	28.8059
3	1.8992	-0.2308	0.6927	0.8321	1.6745	3.7433	-0.1055	-0.0972	0.0695	-0.0891	-0.0897	0.1393	-0.2983	-0.7648	0.1672	0.283	0.0631	-0.0008	0.3452	-0.0203	0.2201	-0.8398	43.5983	40.9537
4	1.7702	0.5418	-0.8616	1.2272	0.7628	1.2952	-0.052	0.0258	-0.0813	0.218	-0.0135	0.0674	0.093	-0.2876	0.0911	0.2157	0.0236	0.0108	0.3102	0.0076	0.2554	5.1341	34.0932	34.0231
5	2.2452	0.873	0.8191	4.3205	2.5583	1.954	0.0282	0.4275	0.6646	0.8021	0.2534	0.362	0.7509	0.1439	-0.2403	0.4347	-0.0059	-0.0057	0.3796	0.0122	0.5325	11.2635	28.0107	50.525
6	1.3263	0.7686	0.3523	2.0437	0.7531	2.0219	-0.2179	-0.0916	-0.1156	-0.0195	0.2265	-0.1912	-0.2227	-0.0317	-0.0223	0.3147	0.0782	0.033	0.3358	0.0295	0.2539	9.0875	44.2811	55.0283
7	0.315	-0.0436	0.9228	0.7357	0.699	3.5065	0.2719	-0.0169	-0.2944	0.2056	-0.0544	0.2366	0.3875	-1.0507	-0.3104	0.4448	0.0468	0.0003	0.3193	0.0341	0.3255	3.2982	25.0129	39.9945
8	2.5755	0.0012	0.9778	1.8783	-0.1305	3.1348	-0.1419	0.1356	-0.4	-0.034	0.1891	-0.2047	0.0018	0.7889	0.0259	0.3897	0.0913	-0.0198	0.4331	-0.0585	0.342	19.1763	28.6527	35.7697
9	3.5007	0.3534	1.7131	4.0405	0.6568	4.3332	-0.0631	0.4496	0.2187	-0.6746	-0.1289	-0.6044	-0.3647	0.4841	0.1391	0.3315	0.031	0.0448	0.5198	-0.0029	0.3357	18.7005	36.5159	25.503

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 46 )	A	28 - 46
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 47 through 62 )	A	47 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 95 )	A	63 - 95
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 96 through 126 )	A	96 - 126
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 127 through 144 )	A	127 - 144
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 145 through 179 )	A	145 - 179
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 180 through 197 )	A	180 - 197
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 198 through 240 )	A	198 - 240
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 241 through 257 )	A	241 - 257

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