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- PDB-5v7m: PCNA mutant L126A/I128A Protein Defective in Gene Silencing -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v7m
タイトルPCNA mutant L126A/I128A Protein Defective in Gene Silencing
要素Proliferating cell nuclear antigen
キーワードDNA BINDING PROTEIN / CAF-1
機能・相同性
機能・相同性情報


Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Polymerase switching / positive regulation of DNA metabolic process / SUMOylation of DNA replication proteins / maintenance of DNA trinucleotide repeats / Translesion Synthesis by POLH ...Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Polymerase switching / positive regulation of DNA metabolic process / SUMOylation of DNA replication proteins / maintenance of DNA trinucleotide repeats / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / PCNA complex / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / Termination of translesion DNA synthesis / lagging strand elongation / postreplication repair / silent mating-type cassette heterochromatin formation / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / leading strand elongation / DNA polymerase processivity factor activity / Dual incision in TC-NER / subtelomeric heterochromatin formation / mismatch repair / translesion synthesis / positive regulation of DNA repair / positive regulation of DNA replication / replication fork / nucleotide-excision repair / mitotic cell cycle / chromosome, telomeric region / DNA binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain ...Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proliferating cell nuclear antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Kondratick, C.M. / Litman, J.M. / Washington, M.T. / Dieckman, L.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM081433 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20-GM103427 米国
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of PCNA mutant proteins defective in gene silencing suggest a novel interaction site on the front face of the PCNA ring.
著者: Kondratick, C.M. / Litman, J.M. / Shaffer, K.V. / Washington, M.T. / Dieckman, L.M.
履歴
登録2017年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proliferating cell nuclear antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8442
ポリマ－29,8201
非ポリマー241
水2,072115
1
A: Proliferating cell nuclear antigen
ヘテロ分子

A: Proliferating cell nuclear antigen
ヘテロ分子

A: Proliferating cell nuclear antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5336
ポリマ－89,4603
非ポリマー733
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-y+2/3,x-y+1/3,z+1/31
crystal symmetry operation9_555-x+y+1/3,-x+2/3,z+2/31
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.720, 81.720, 88.991
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-479-

HOH

21A-514-

HOH

31A-515-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Proliferating cell nuclear antigen / PCNA


分子量: 29819.967 Da / 分子数: 1 / 変異: L126A, I128A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: POL30, YBR088C, YBR0811 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15873
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, 0.2M magnesium chloride, 20% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→55.39 Å / Num. obs: 16678 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.5 % / Net I/σ(I): 13.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(1.10_2155)精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→55.39 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.27 / 位相誤差: 26.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2402 1616 4.85 %
Rwork0.1843 --
obs0.187 16672 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→55.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2000 0 1 115 2116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132031
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.142740
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2841248
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065322
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007352
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9303-1.98710.37521380.29742670X-RAY DIFFRACTION100
1.9871-2.05120.30861380.2742650X-RAY DIFFRACTION100
2.0512-2.12450.32281360.24912612X-RAY DIFFRACTION100
2.1245-2.20960.2691420.23092637X-RAY DIFFRACTION100
2.2096-2.31010.33621560.22622635X-RAY DIFFRACTION100
2.3101-2.43190.28281080.2072662X-RAY DIFFRACTION100
2.4319-2.58430.23531240.19782624X-RAY DIFFRACTION100
2.5843-2.78380.23581260.18382693X-RAY DIFFRACTION100
2.7838-3.0640.23591660.17282584X-RAY DIFFRACTION100
3.064-3.50730.191120.15752662X-RAY DIFFRACTION100
3.5073-4.41850.20931560.14342646X-RAY DIFFRACTION100
4.4185-55.41380.1951140.15982650X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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