PDB-5v6i: Glycan binding protein Y3 from mushroom Coprinus comatus possesse...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v6i

タイトル

Glycan binding protein Y3 from mushroom Coprinus comatus possesses anti-leukemic activity - Pt derivative

要素

TMV resistance protein Y3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Glycan binding protein /

Lectin (レクチン)

機能・相同性

: / TMV resistance protein Y3

機能・相同性情報

生物種

Coprinus comatus (ササクレヒトヨタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Li, K. / Zhang, P. / Gang, Y. / Xia, C. / Polston, J.E. / Li, G. / Li, S. / Lin, Z. / Yang, L.-J. / Bruner, S.D. / Ding, Y.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Cytotoxic protein from the mushroom Coprinus comatus possesses a unique mode for glycan binding and specificity.
著者: Zhang, P. / Li, K. / Yang, G. / Xia, C. / Polston, J.E. / Li, G. / Li, S. / Lin, Z. / Yang, L.J. / Bruner, S.D. / Ding, Y.

履歴

登録	2017年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月23日	Group: Author supporting evidence / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_audit_support Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v6i.cif.gz	59 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v6i.ent.gz	45.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v6i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/5v6i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/5v6i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5v6jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5v6j-2 5zjk-8 4die-5 5tkd-2 5zjk-18 5d2k-2 1g24-4 1x9q-d 1wj9-d 3enb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TMV resistance protein Y3

B: TMV resistance protein Y3

ヘテロ分子

26.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.102, 55.237, 41.879
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Dimer as determined by gel filtration

#1: タンパク質	TMV resistance protein Y3 / Y3 protein 分子量: 12225.509 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Coprinus comatus (ササクレヒトヨタケ) 遺伝子: y3 / プラスミド: PPICZAA / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: G3BK00
#2: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸 / CHES (buffer) 分子量: 207.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.85 % / 解説: PLATE-SHAPED CRYSTAL
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 16% PEG4000, 10% V/V GLYCEROL, 0.1 M CHES, PH 9.5 / PH範囲: 9.5-10.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97875 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月20日
放射	モノクロメーター: DIAMOND(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97875 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.699→41.3 Å / Num. obs: 20217 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.0928 / Net I/σ(I): 14.57
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.4428 / % possible all: 87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXDE		位相決定
PHENIX	1.10.1_2155	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→41.3 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.194	994	4.92 %
R_work	0.16	-	-
obs	0.161	20211	98.7 %

溶媒の処理

VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1710	0	42	156	1908

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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