PDB-5v6b: Crystal structure of GIPC1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v6b

タイトル

Crystal structure of GIPC1

要素

PDZ domain-containing protein GIPC1

キーワード

PROTEIN BINDING / binding partener

機能・相同性

機能・相同性情報

TGFBR3 regulates FGF2 signaling / FGFR1b ligand binding and activation / FGFR1c ligand binding and activation / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / positive regulation of melanin biosynthetic process / cellular response to interleukin-7 / glutamate secretion / vesicle membrane / myosin binding / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Shang, G. / Zhang, X.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structure analyses reveal a regulated oligomerization mechanism of the PlexinD1/GIPC/myosin VI complex.
著者: Shang, G. / Brautigam, C.A. / Chen, R. / Lu, D. / Torres-Vazquez, J. / Zhang, X.

履歴

登録	2017年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月7日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v6b.cif.gz	231.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v6b.ent.gz	185 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v6b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/5v6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/5v6b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5v6eC 5v6hC 5v6rC 5v6tSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2hds-d 1rdf-2 1zw0-d 4oga-d 3gr2-d 1ga9-d 1i6u-d 1l0f-d 1gkx-1 1zbd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PDZ domain-containing protein GIPC1

B: PDZ domain-containing protein GIPC1

61.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.396, 77.625, 80.346
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.95, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PDZ domain-containing protein GIPC1 / GAIP C-terminus-interacting protein / RGS-GAIP-interacting protein / RGS19-interacting protein 1 / ...GAIP C-terminus-interacting protein / RGS-GAIP-interacting protein / RGS19-interacting protein 1 / SemaF cytoplasmic domain-associated protein 1 / SEMCAP-1 / Synectin 分子量: 30864.213 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 52-327 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gipc1, Gipc, Rgs19ip1, Semcap1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z0G0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

PDZ domain-containing protein GIPC1 / GAIP C-terminus-interacting protein / RGS-GAIP-interacting protein / RGS19-interacting protein 1 / ...

分子量: 30864.213 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 52-327 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gipc1, Gipc, Rgs19ip1, Semcap1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z0G0

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.37 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Li2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 44113 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.1 % / R_pim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	R_pim(I) all: 0.319

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5V6T

5v6t

解像度: 1.9→40.173 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 22.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1751	2019	4.97 %
R_work	0.1364	-	-
obs	0.1403	40623	92.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.173 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4083	0	0	645	4728

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4197
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.927	5656
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.382	1594
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	626
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	744

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.899-1.9465	0.2479	63	0.1936	1402	X-RAY DIFFRACTION	45
1.9465-1.9991	0.2404	99	0.1873	1998	X-RAY DIFFRACTION	64
1.9991-2.058	0.2063	121	0.1733	2441	X-RAY DIFFRACTION	78
2.058-2.1244	0.2132	139	0.1731	2816	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1244-2.2003	0.2012	172	0.1644	2959	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2003-2.2884	0.2058	144	0.1573	2998	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2884-2.3925	0.1945	156	0.1551	2953	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3925-2.5186	0.1781	151	0.1518	3013	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5186-2.6764	0.1664	153	0.1503	3006	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6764-2.883	0.1718	154	0.1453	2983	X-RAY DIFFRACTION	95
2.883-3.173	0.1772	166	0.1364	2978	X-RAY DIFFRACTION	95
3.173-3.6319	0.1431	154	0.1185	2994	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6319-4.5747	0.1491	159	0.1061	3021	X-RAY DIFFRACTION	95
4.5747-39.5476	0.1735	146	0.1199	3080	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1476	0.0633	0.1702	0.6948	0.7579	1.3506	0.0489	-0.0803	0.0295	0.0528	-0.1218	0.1299	-0.0417	-0.3292	0.0429	0.0653	0.0008	0.0089	0.142	-0.0159	0.1387	-27.5878	13.0257	-13.3092
2	2.7548	0.0625	-1.0277	1.2033	0.0938	2.2714	-0.0678	0.2213	-0.149	-0.1949	-0.0133	-0.1419	0.0263	0.1285	0.0442	0.1178	0.0447	-0.0029	0.1269	0.0082	0.1371	-12.9118	-3.5265	-51.5523
3	3.3487	-0.3238	0.2288	1.4857	1.1558	2.907	0.027	-0.0003	-0.0568	-0.0694	0.0223	-0.1748	0.0157	0.1507	-0.0281	0.0837	0.0318	-0.0105	0.0855	0.0168	0.1122	-12.8204	-3.765	-49.0504
4	0.5215	0.0246	0.0028	0.3772	0.2884	2.3576	0.0396	0.1176	-0.0447	-0.1632	0.047	-0.1252	-0.2023	0.2327	-0.0377	0.0711	0.0253	-0.0008	0.1225	-0.0016	0.1892	-14.7004	0.0055	-50.4754
5	1.9615	0.2173	1.5705	0.542	0.7539	3.4337	0.0347	0.0354	-0.034	-0.0739	-0.0248	-0.3526	-0.1639	0.2348	0.0026	0.0739	-0.025	-0.0072	0.1128	0.0178	0.2185	-11.4059	22.6096	-10.9571
6	3.4386	0.4662	-2.893	2.2439	-1.1115	4.3439	0.2939	-0.4219	0.2013	0.2463	-0.2128	-0.2093	-0.4494	0.2929	-0.0302	0.1979	-0.1103	0.0422	0.2615	-0.069	0.3272	-4.647	33.5203	-10.587
7	0.3402	0.1112	-0.1726	0.8128	1.0549	2.6042	0.0572	-0.0135	-0.0061	0.0051	-0.1063	0.0661	0.1447	-0.2654	0.0315	0.0781	-0.0041	-0.015	0.0818	-0.0018	0.1126	-27.2245	5.1521	-27.6076
8	1.4209	-0.1553	0.3383	1.0454	0.0849	1.8487	-0.0552	-0.3618	0.1904	0.4868	0.0719	-0.1886	0.1369	0.0083	0.0048	0.2491	0.0026	-0.054	0.1862	-0.0207	0.1413	-14.9163	17.7548	10.97
9	2.2167	-1.2506	-1.9898	1.1373	1.0595	2.619	-0.0992	-0.1497	0.0017	0.2382	0.054	-0.1549	0.3639	0.3194	0.0382	0.147	0.0352	-0.0289	0.1307	0.0385	0.1912	-12.401	-6.5833	-27.6395
10	5.8484	0.6805	0.4808	4.2518	-0.6368	6.6254	-0.0111	-0.3419	-0.6418	-0.0888	-0.1943	0.1281	0.5651	0.1425	0.1427	0.3034	0.0748	-0.0959	0.1625	-0.009	0.365	-6.691	-18.4202	-27.9944

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 48 through 130 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 131 through 154 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 155 through 199 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 200 through 240 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 241 through 291 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 292 through 327 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 50 through 130 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 131 through 240 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 241 through 291 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 292 through 327 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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