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万見
- PDB-5v68: Crystal structure of cell division protein FtsZ from Mycobacteriu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v68
タイトルCrystal structure of cell division protein FtsZ from Mycobacterium tuberculosis bounded via the T9 loop
要素Cell division protein FtsZ
キーワードCELL CYCLE / T9 loop / MtbFtsZ / phosphate / GDP / Z-ring
機能・相同性
機能・相同性情報


division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / protein polymerization / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; ...Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Cell division protein FtsZ
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Lazo, E.O. / Ojima, I. / Chowdhury, S.R. / Awasthi, D. / Jakoncic, J.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AIO78251 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AIO82164 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-0080 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-98CH10886 米国
Office of Basic Energy SciencesDE-AC02-98CH10886 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)P41RR012408 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103473 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Novel T9 loop conformation of filamenting temperature-sensitive mutant Z from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Lazo, E.O. / Jakoncic, J. / RoyChowdhury, S. / Awasthi, D. / Ojima, I.
履歴
登録2017年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein FtsZ
B: Cell division protein FtsZ
C: Cell division protein FtsZ
D: Cell division protein FtsZ
E: Cell division protein FtsZ
F: Cell division protein FtsZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,82110
ポリマ－232,7446
非ポリマー1,0764
水00
1
A: Cell division protein FtsZ
B: Cell division protein FtsZ
C: Cell division protein FtsZ
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: For the assembly between A and B please refer to Li et al., FtsZ Protofilaments Use a Hinge-Opening Mechanism for Constrictive Force Generation. Science.2013;341(6144):392-395
  • 117 kDa, 3 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,9105
ポリマ－116,3723
非ポリマー5382
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area36700 Å2
手法PISA
2
D: Cell division protein FtsZ
E: Cell division protein FtsZ
F: Cell division protein FtsZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,9105
ポリマ－116,3723
非ポリマー5382
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area34510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.110, 180.850, 220.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Cell division protein FtsZ


分子量: 38790.730 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25177 / H37Ra) (結核菌)
株: ATCC 25177 / H37Ra / 遺伝子: ftsZ, MRA_2165 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5U4H7
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M sodium citrate pH 5.6, 0.3M ammonium acetate, 15% PEG 4000. Protein concentration 3mg/ml. Incubated with 5mM SB-P17-A20
Temp details: room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.0781 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.46→55.05 Å / Num. obs: 37287 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 3.46→3.55 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.614 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2754 / CC1/2: 0.735 / Rpim(I) all: 0.366 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX精密化
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q1Y

2q1y


解像度: 3.46→55.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 36.59 / SU ML: 0.558 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.641 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3086 1881 5 %RANDOM
Rwork0.24295 ---
obs0.24636 35388 95.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 119.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.08 Å20 Å2-0 Å2
2--3.73 Å20 Å2
3----1.66 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.46→55.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11874 0 66 0 11940
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01912018
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0211824
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.471.98616241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.031327105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.13551650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.13725.375467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.634151982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2931580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21958
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213935
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022419
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.42411.946663
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.42411.9396662
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.0617.8648292
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other12.05917.8648293
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.4312.3095355
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.4212.315343
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.91118.2967931
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined16.86213098
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other16.8613097
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.46→3.55 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 143 -
Rwork0.348 2597 -
obs--96.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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