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万見
- PDB-5v5p: Structure of NLS2R of influenza A virus nucleoprotein bound to im... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v5p
タイトルStructure of NLS2R of influenza A virus nucleoprotein bound to importin alpha
要素
  • Importin subunit alpha-1
  • Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Nuclear Import / NLS
機能・相同性
機能・相同性情報


Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / helical viral capsid / NLS-bearing protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule ...Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / helical viral capsid / NLS-bearing protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / viral penetration into host nucleus / protein import into nucleus / host cell / viral nucleocapsid / DNA-binding transcription factor binding / postsynaptic density / glutamatergic synapse / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. ...Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-1 / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Sankhala, R.S. / Lokareddy, R.K. / Cingolani, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM100888 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Synergy of two low-affinity NLSs determines the high avidity of influenza A virus nucleoprotein NP for human importin alpha isoforms.
著者: Wu, W. / Sankhala, R.S. / Florio, T.J. / Zhou, L. / Nguyen, N.L.T. / Lokareddy, R.K. / Cingolani, G. / Pante, N.
履歴
登録2017年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Importin subunit alpha-1
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6483
ポリマ－62,6483
非ポリマー00
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Gel-filtration chromatography and isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area18710 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)78.646, 91.322, 97.771
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-1 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 57856.574 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 2-529 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド Nucleoprotein


分子量: 2395.668 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 10-28 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Peptide was synthesized commercially
由来: (合成) Influenza A virus (A/swine/Bakum/5/95(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: Q45VS8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.11 % / 解説: Rectangular blocks
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.6 M sodium citrate, 100 mM Hepes, and 10 mM beta-mercaptoethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→15 Å / Num. obs: 42795 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.6 % / Rpim(I) all: 0.039 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル解像度: 2.15→2.2 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rpim(I) all: 0.32 / Rsym value: 0.69 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HUY

5huy


解像度: 2.15→14.986 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2104 1804 4.68 %
Rwork0.1798 --
obs0.1812 38574 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→14.986 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3316 0 0 233 3549
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033372
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5364587
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6942053
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037550
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004589
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.2080.31011410.29842778X-RAY DIFFRACTION99
2.208-2.27270.32531190.27882813X-RAY DIFFRACTION99
2.2727-2.34580.29941550.24222778X-RAY DIFFRACTION99
2.3458-2.42930.26641270.22542807X-RAY DIFFRACTION100
2.4293-2.52610.25711420.20772804X-RAY DIFFRACTION100
2.5261-2.64050.25291400.19892802X-RAY DIFFRACTION99
2.6405-2.77890.21681300.18822811X-RAY DIFFRACTION100
2.7789-2.95180.19811460.18382827X-RAY DIFFRACTION99
2.9518-3.17770.21281360.1752826X-RAY DIFFRACTION99
3.1777-3.49380.22151480.17852828X-RAY DIFFRACTION100
3.4938-3.9910.18741340.15312858X-RAY DIFFRACTION99
3.991-4.99710.16621430.14442877X-RAY DIFFRACTION99
4.9971-14.98630.17421430.16172961X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5406-0.27880.79530.1837-0.69713.2318-0.2855-0.2418-0.718-0.2143-0.0445-0.49750.08110.2140.31170.84070.0438-0.16030.9297-0.27181.32761.33532.51238.1713
21.11060.3920.6684.0261.22430.9060.0913-0.0552-0.04720.30740.04160.06950.2145-0.0553-0.12480.2911-0.0116-0.02240.26150.00590.21566.2902-2.8615-15.1537
31.2762-0.6636-0.49722.07260.7911.91380.0608-0.0650.0712-0.1398-0.01010.0162-0.1146-0.0558-0.06370.1932-0.00290.00420.20230.01660.2376-1.206523.4373-12.0402
41.97640.0216-0.90442.71080.51712.21550.1232-0.71850.26790.43030.014-0.3169-0.06340.4582-0.06950.2724-0.0259-0.02860.4696-0.10770.3125-8.284738.839117.6183
51.85213.17132.95585.90285.53538.04640.44590.0444-0.10470.1807-0.27620.2621-0.27120.1984-0.02660.9195-0.10180.00540.7471-0.01540.5213-1.48624.7577-9.2161
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 212 through 216 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 75 through 202 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 203 through 322 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 323 through 497 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 212 through 216 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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