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万見
- PDB-5v54: Crystal structure of 5-HT1B receptor in complex with methiothepin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v54
タイトルCrystal structure of 5-HT1B receptor in complex with methiothepin
要素5-hydroxytryptamine receptor 1B,OB-1 fused 5-HT1b receptor,5-hydroxytryptamine receptor 1B
キーワードELECTRON TRANSPORT / 5-hydroxytryptamine / GPCR antagonist / OB1
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / serotonergic synapse / G protein-coupled serotonin receptor complex / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / regulation of behavior / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / response to mineralocorticoid / negative regulation of serotonin secretion / Serotonin receptors ...voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / serotonergic synapse / G protein-coupled serotonin receptor complex / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / regulation of behavior / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / response to mineralocorticoid / negative regulation of serotonin secretion / Serotonin receptors / drinking behavior / cellular response to temperature stimulus / serotonin binding / bone remodeling / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / vasoconstriction / G protein-coupled receptor internalization / G protein-coupled serotonin receptor activity / : / neurotransmitter receptor activity / regulation of synaptic vesicle exocytosis / cellular response to alkaloid / regulation of dopamine secretion / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / calyx of Held / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / response to cocaine / cellular response to xenobiotic stimulus / presynaptic membrane / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / response to ethanol / dendrite / endoplasmic reticulum / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 1B receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-89F / 5-hydroxytryptamine receptor 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Yin, W.C. / Zhou, X.E. / Yang, D. / de Waal, P. / Wang, M.T. / Dai, A. / Cai, X. / Huang, C.Y. / Liu, P. / Yin, Y. ...Yin, W.C. / Zhou, X.E. / Yang, D. / de Waal, P. / Wang, M.T. / Dai, A. / Cai, X. / Huang, C.Y. / Liu, P. / Yin, Y. / Liu, B. / Caffrey, M. / Melcher, K. / Xu, Y. / Wang, M.W. / Xu, H.E. / Jiang, Y.
資金援助 中国, 米国, 16件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation31300607 中国
Outstanding Young Scientist Foundation 中国
Jay and Betty Van Andel Foundation 米国
Ministry of Science and Technology of China2012ZX09301001 中国
Ministry of Science and Technology of China2012CB910403 中国
Ministry of Science and Technology of China2013CB9106010 中国
Ministry of Science and Technology of ChinaXDB08020303 中国
Ministry of Science and Technology of China2013ZX09507001 中国
National Institutes of HealthDK071662 米国
National Institutes of HealthGM102545 米国
National Institutes of HealthGM104212 米国
Shanghai Science and Technology Development Fund15DZ2291600 中国
Shanghai Science and Technology Development Fund14431901200 中国
National Natural Science Foundation81373463 中国
CAS-Novo Nordisk Research Fund 中国
Youth Innovation Promotion Association of CAS 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2018
タイトル: A common antagonistic mechanism for class A GPCRs revealed by the structure of the human 5-HT1B serotonin receptor bound to an antagonist
著者: Yin, W.C. / Zhou, X.E. / Yang, D. / De Waal, P. / Wang, M.T. / Dai, A. / Cai, X. / Huang, C.Y. / Liu, P. / Yin, Y. / Liu, B. / Caffrey, M. / Melcher, K. / Xu, Y. / Wang, M.W. / Xu, H.E. / Jiang, Y.
履歴
登録2017年3月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-hydroxytryptamine receptor 1B,OB-1 fused 5-HT1b receptor,5-hydroxytryptamine receptor 1B
B: 5-hydroxytryptamine receptor 1B,OB-1 fused 5-HT1b receptor,5-hydroxytryptamine receptor 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6434
ポリマ－89,9302
非ポリマー7132
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area40390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)235.200, 48.830, 139.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.07, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 5-hydroxytryptamine receptor 1B,OB-1 fused 5-HT1b receptor,5-hydroxytryptamine receptor 1B / 5-HT1B / S12 / Serotonin 1D beta receptor / 5-HT-1D-beta / Serotonin receptor 1B


分子量: 44965.156 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 37-239,UNP residues 304-390 / 変異: L138W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
遺伝子: HTR1B, HTR1DB / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P28222
#2: 化合物 ChemComp-89F / 1-methyl-4-[(5~{S})-3-methylsulfanyl-5,6-dihydrobenzo[b][1]benzothiepin-5-yl]piperazine / Methiothepin / Metitepine / (+)-メチテピン


分子量: 356.548 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N2S2 / コメント: 抗精神病薬, アンタゴニスト*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100mM Bis-Tris (pH7.0), 155mM Ammonium phosphate monobasic, 26% PEG300, 0.01M GSH (L-Glutathione reduced), GSSG (L-Glutathione oxidized)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→45.5 Å / Num. obs: 12888 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 7.2 % / Net I/σ(I): 4.37

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.9→45.506 Å / SU ML: 0.65 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2881 857 7.14 %
Rwork0.272 --
obs0.2728 11996 96.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9→45.506 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6132 0 48 0 6180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066332
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0978627
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3622283
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431009
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061056
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9001-4.03940.4278710.4211984X-RAY DIFFRACTION85
4.0394-4.20110.4082980.40491041X-RAY DIFFRACTION94
4.2011-4.39210.4284850.35441110X-RAY DIFFRACTION98
4.3921-4.62350.3516740.311140X-RAY DIFFRACTION99
4.6235-4.91280.2857910.27331104X-RAY DIFFRACTION97
4.9128-5.29160.2869820.29231101X-RAY DIFFRACTION97
5.2916-5.82320.2841860.27711129X-RAY DIFFRACTION99
5.8232-6.66350.29321010.28711145X-RAY DIFFRACTION99
6.6635-8.38680.2875910.24711164X-RAY DIFFRACTION100
8.3868-45.50940.2177780.22241221X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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