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- PDB-5v4f: Crystal Structure of the Protein of Unknown Function of the Conse... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v4f
タイトルCrystal Structure of the Protein of Unknown Function of the Conserved Rid Protein Family YyfB from Yersinia pestis
要素Putative translational inhibitor protein
キーワードStructural genomics / unknown function / alpha-beta fold / enamine/imine demainase (Rid) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily / Translational inhibitor protein / Translational inhibitor protein
機能・相同性情報
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.001 Å
データ登録者Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Krishnan, A. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Protein of Unknown Function of the Conserved Rid Protein Family YyfB from Yersinia pestis
著者: Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Krishnan, A. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2017年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Putative translational inhibitor protein
B: Putative translational inhibitor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,31414
ポリマ－29,2082
非ポリマー1,10512
水77543
1
A: Putative translational inhibitor protein
ヘテロ分子

A: Putative translational inhibitor protein
ヘテロ分子

A: Putative translational inhibitor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,47021
ポリマ－43,8133
非ポリマー1,65818
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_665-z+3/2,-x+1,y+1/21
crystal symmetry operation10_646-y+1,z-1/2,-x+3/21
Buried area12190 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PISA
2
B: Putative translational inhibitor protein
ヘテロ分子

B: Putative translational inhibitor protein
ヘテロ分子

B: Putative translational inhibitor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,47021
ポリマ－43,8133
非ポリマー1,65818
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_645-z+1,x-1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_556y+1/2,-z+1/2,-x+11
Buried area12000 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area13870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.205, 129.205, 129.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 Putative translational inhibitor protein


分子量: 14604.212 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: tdcF4, y3550, YP_2945, YPO0628 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold / 参照: UniProt: Q7CGF8, UniProt: A0A380PLV4*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶溶媒含有率: 80.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1 M CHES pH 9.5, 30 5(w/v) PEG3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 14594 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.8 % / Rsym value: 0.128 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 3→3.03 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 740 / CC1/2: 0.669 / Rsym value: 0.725 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2411)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.001→40.858 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.93
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1996 715 4.97 %random
Rwork0.1555 ---
obs0.1576 14380 97.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 56.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.001→40.858 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1994 0 72 43 2109
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012128
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0942888
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5851260
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06330
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008378
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0007-3.23230.2751360.21252616X-RAY DIFFRACTION94
3.2323-3.55740.22041340.18062723X-RAY DIFFRACTION99
3.5574-4.07180.21691750.13972725X-RAY DIFFRACTION100
4.0718-5.12840.14551170.12462796X-RAY DIFFRACTION100
5.1284-40.8620.19671530.16392805X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.73133.0775-2.89056.7229-3.66539.33330.06570.34160.84550.06120.23780.6429-0.5638-0.6484-0.26420.46820.0581-0.06760.45820.01090.5664103.070933.949277.6229
21.848-0.29730.28612.12260.00032.1082-0.02140.16-0.007-0.0880.0230.08490.1009-0.01210.01730.37870.0005-0.02760.3693-0.0080.4177100.925615.516174.5585
39.9525-3.3362-2.31196.83873.09995.5635-0.2246-0.4-0.96710.55410.0371-0.05560.79110.39410.14740.54350.0059-0.07610.40320.02710.467784.456-2.170257.8521
41.8503-0.0160.47942.633-0.08461.6091-0.0662-0.04780.1497-0.04520.0375-0.13580.0330.09230.03540.43480.0164-0.02240.3844-0.00440.38886.7216.637360.6921
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 29 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 133 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 28 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 29 through 133 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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