PDB-5v44: Crystal structure of the SR1 domain of human sacsin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v44

タイトル

Crystal structure of the SR1 domain of human sacsin

要素

Sacsin

キーワード

CHAPERONE / alpha-beta sandwich / Bergerat fold

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of inclusion body assembly / cell body fiber / proteasome binding / Hsp70 protein binding / protein folding / protein-folding chaperone binding / axon / dendrite / mitochondrion / identical protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Menade, M. / Kozlov, G. / Gehring, K.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structures of ubiquitin-like (Ubl) and Hsp90-like domains of sacsin provide insight into pathological mutations.
著者: Menade, M. / Kozlov, G. / Trempe, J.F. / Pande, H. / Shenker, S. / Wickremasinghe, S. / Li, X. / Hojjat, H. / Dicaire, M.J. / Brais, B. / McPherson, P.S. / Wong, M.J.H. / Young, J.C. / Gehring, K.

履歴

登録	2017年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年8月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v44.cif.gz	295.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v44.ent.gz	240.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v44.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5v44_validation.pdf.gz	461.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5v44_full_validation.pdf.gz	471.1 KB	表示
XML形式データ	5v44_validation.xml.gz	30.3 KB	表示
CIF形式データ	5v44_validation.cif.gz	43.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/5v44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/5v44	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5v45SC 5v46C 5v47C 5vsxC 5vszC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5j64-d 2h92-1 5lr7-d 1j08-3 4fcr-d 6u9b-d 5vyy-d 5j20-d 4ox3-d 2qf6-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (3) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Sacsin

B: Sacsin

C: Sacsin

ヘテロ分子

86.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sacsin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sacsin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Sacsin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.068, 41.721, 105.892
Angle α, β, γ (deg.)	97.86, 95.76, 107.20
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Sacsin / DnaJ homolog subfamily C member 29 / DNAJC29 分子量: 28636.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SACS, KIAA0730 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9NZJ4
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 28% PEG 3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M MES pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 86247 / % possible obs: 96.25 % / 冗長度: 4.3 % / R_sym value: 0.049 / Net I/σ(I): 34.6
反射シェル	解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 5846 / R_sym value: 0.449 / % possible all: 87.96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0069	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5V45

5v45

解像度: 1.56→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 3.229 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.091

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21445	4459	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18204	-	-	-
obs	0.18362	86247	96.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.172 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.51 Å²	0.18 Å²	0.1 Å²
2-	-	0.44 Å²	0.08 Å²
3-	-	-	-1.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.56→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5585	0	36	389	6010

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.02	5807
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.16	1.961	7882
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	850
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4503
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.067	2.198	2801
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.695	3.288	3493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.67	2.444	3006
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.182	23.253	7677
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.557→1.597 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.24	304	-
R_work	0.222	5846	-
obs	-	-	87.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7019	0.1781	-0.0191	0.4942	1.2158	3.4064	0.0323	-0.109	-0.0664	0.1099	-0.0493	-0.0051	0.1718	-0.0609	0.017	0.1581	0.0003	-0.0124	0.0187	0.0117	0.0746	7.8234	10.0305	111.6698
2	1.3167	0.2261	0.2448	2.2135	0.7163	1.3531	0.0721	-0.1359	0.0349	0.211	-0.0837	0.1603	0.0049	-0.1037	0.0116	0.033	-0.01	0.009	0.0267	-0.0137	0.0399	5.1147	24.3287	104.8885
3	1.0392	-0.1423	0.4845	0.493	-0.3331	1.3029	0.0424	-0.1604	0.0216	0.0808	0.0101	0.0575	-0.0272	-0.162	-0.0525	0.0204	-0.0055	0.0056	0.0417	-0.0167	0.0398	1.8972	25.2028	107.1256
4	0.5959	0.0132	0.0845	0.8054	-0.091	1.0431	-0.0242	-0.0604	-0.1514	-0.0596	0.0415	-0.058	0.0238	0.1647	-0.0174	0.0097	0.0087	-0.0034	0.048	-0.0081	0.0897	17.887	13.9015	97.8634
5	7.8844	1.8769	-4.5951	1.2657	-1.184	2.6906	-0.041	-0.5241	-0.3731	0.0563	-0.1699	-0.187	0.0033	0.3059	0.2109	0.0862	-0.0312	0.0209	0.0891	0.0538	0.075	-7.569	-3.6743	54.0388
6	0.9648	0.0619	0.004	1.0665	0.1996	1.2597	0.0672	-0.1031	0.0108	0.1489	-0.037	0.0048	0.0333	-0.0485	-0.0302	0.032	-0.0061	0.0024	0.0186	-0.0051	0.0268	0.1215	5.4865	34.8215
7	1.5356	-0.0195	0.1942	1.393	-0.3491	1.3699	0.0415	-0.1075	0.1025	0.0915	-0.0149	0.0908	-0.0697	-0.1424	-0.0266	0.0324	0.0086	0.0096	0.0296	-0.0209	0.0503	-4.0267	11.5096	36.8331
8	1.5293	-0.3615	0.3924	2.5693	0.8124	1.7863	0.0202	-0.0134	-0.0696	-0.0438	0.1534	-0.2684	-0.0039	0.2479	-0.1737	0.0091	0.0094	0.014	0.053	-0.0099	0.0809	13.8005	-0.1649	31.2238
9	0.0947	0.6052	-0.3204	4.6924	-3.1596	2.6233	0.0264	-0.0375	-0.0232	-0.1046	-0.2392	-0.2794	0.2873	0.076	0.2128	0.0982	-0.0299	0.0223	0.0948	0.0627	0.0761	16.6326	33.6146	51.2368
10	1.7143	0.0492	0.2069	0.6439	-0.2782	1.787	-0.0234	0.143	0.0548	-0.0908	0.0495	-0.0087	-0.0773	-0.0173	-0.0261	0.0341	-0.0028	-0.0011	0.0193	-0.0049	0.0269	8.594	23.7681	72.0266
11	1.3241	-0.0314	-0.9502	0.8041	0.1311	1.9138	0.0274	0.2057	0.1197	-0.1309	0.089	-0.0211	-0.179	-0.1401	-0.1164	0.0527	-0.0022	-0.0038	0.0518	0.0144	0.0281	3.4945	26.9129	69.5654
12	2.6547	1.0668	1.1437	1.8479	0.1519	1.9804	0.0801	0.1267	-0.3526	-0.0902	0.0599	-0.0758	0.2605	0.1285	-0.14	0.0427	0.0151	-0.01	0.0258	-0.0329	0.0825	18.21	12.8027	76.1433

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 128
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	129 - 173
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	191 - 286
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	287 - 335
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	88 - 109
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	110 - 194
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	195 - 288
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	289 - 335
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	84 - 110
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	111 - 174
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	175 - 286
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	287 - 336

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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