PDB-5v3w: Crystal Structure of the Apo form of Thioesterase domain of Mtb Pks13

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v3w

タイトル

Crystal Structure of the Apo form of Thioesterase domain of Mtb Pks13

要素

Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)

キーワード

TRANSFERASE / thioesterase domain / Pks13 / Mycobacterium / polyketide synthase / mycolic acid condensation / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / alpha/beta hydrolase / thioesterase

機能・相同性

機能・相同性情報

DIM/DIP cell wall layer assembly / hydrolase activity, acting on ester bonds / biosynthetic process / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.723 Å

データ登録者

Aggarwal, A. / Sacchettini, J.C.

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Development of a Novel Lead that Targets M. tuberculosis Polyketide Synthase 13.
著者: Aggarwal, A. / Parai, M.K. / Shetty, N. / Wallis, D. / Woolhiser, L. / Hastings, C. / Dutta, N.K. / Galaviz, S. / Dhakal, R.C. / Shrestha, R. / Wakabayashi, S. / Walpole, C. / Matthews, D. / ...

履歴

登録	2017年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v3w.cif.gz	234.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v3w.ent.gz	185.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v3w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5v3w_validation.pdf.gz	892.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5v3w_full_validation.pdf.gz	895.2 KB	表示
XML形式データ	5v3w_validation.xml.gz	26.1 KB	表示
CIF形式データ	5v3w_validation.cif.gz	38.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/5v3w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/5v3w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5v3xC 5v3yC 5v3zC 5v40C 5v41C 5v42C 3tejS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5v3z-1 5eb3-d 1ixh-d 2w3h-d 3ulf-1 2qvl-d 3ue6-1 3m3o-1 1quk-d 3ulf-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (13) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)

B: Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)

ヘテロ分子

64.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.666, 106.913, 57.815
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN

Dom-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	THR	THR	chain A	A	A	1451 - 1727	4 - 280
2	ARG	ARG	chain B	B	B	1451 - 1726	4 - 279

#1: タンパク質	Polyketide synthase Pks13 (Termination polyketide synthase) 分子量: 31777.742 Da / 分子数: 2 / 断片: thioesterase domain (UNP residues 113-395) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: pks, ERS027654_02263 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0T9CRX1, UniProt: I6X8D2*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-2Q5 / (2R)-2-{[(2R)-2-{[(2S)-2-{[(2R)-2-hydroxypropyl]oxy}propyl]oxy}propyl]oxy}propan-1-ol 分子量: 250.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.95 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 2.0-1.8 M ammonium sulfate, 2%-5% v/v PPG P400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.72→50 Å / Num. obs: 58556 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 18.04 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.096 / Χ²: 2.262 / Net I/av σ(I): 36.685 / Net I/σ(I): 10.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.72-1.75	6.4	0.548	0.849	0.228	0.596	1.156	99.6
1.75-1.78	7	0.484	0.896	0.194	0.522	1.197	99.7
1.78-1.82	7.7	0.411	0.935	0.156	0.44	1.303	99.7
1.82-1.85	8	0.37	0.948	0.138	0.395	1.371	99.8
1.85-1.89	8	0.356	0.956	0.133	0.38	1.668	99.8
1.89-1.94	7.6	0.351	0.943	0.136	0.377	2.41	99.8
1.94-1.99	8	0.248	0.977	0.093	0.265	1.839	99.9
1.99-2.04	8	0.208	0.98	0.078	0.223	1.891	99.9
2.04-2.1	7.8	0.207	0.981	0.079	0.222	2.25	99.9
2.1-2.17	8	0.161	0.987	0.06	0.172	2.104	100
2.17-2.24	7.5	0.156	0.986	0.061	0.168	2.652	99.9
2.24-2.33	7.7	0.135	0.989	0.052	0.145	2.397	100
2.33-2.44	8	0.114	0.993	0.043	0.122	2.365	100
2.44-2.57	8	0.102	0.994	0.038	0.109	2.478	100
2.57-2.73	7.9	0.094	0.995	0.036	0.1	2.772	100
2.73-2.94	7.8	0.079	0.996	0.03	0.085	2.86	100
2.94-3.24	7.7	0.071	0.997	0.027	0.076	3.264	100
3.24-3.71	7.3	0.061	0.998	0.024	0.066	3.572	99.5
3.71-4.67	7.4	0.05	0.998	0.02	0.054	3.111	99.7
4.67-50	7.4	0.041	0.998	0.016	0.044	2.375	98.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	39.19 Å
Translation	2.5 Å	39.19 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
HKL-3000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		モデル構築
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3TEJ

3tej

解像度: 1.723→39.25 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.22

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2011	2959	5.06 %	Random selection
R_work	0.1692	-	-	-
obs	0.1709	58467	99.4 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.56 Å² / B_iso mean: 22.7052 Å² / B_iso min: 7.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.723→39.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4227	0	23	471	4721
B_iso mean	-	-	29.12	30.75	-
残基数	-	-	-	-	547

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4347
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.249	5901
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	636
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	787
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.599	1596

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2479	X-RAY DIFFRACTION	7.576	TORSIONAL
1	2	B	2479	X-RAY DIFFRACTION	7.576	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7233-1.7515	0.224	107	0.197	2469	2576	92
1.7515-1.7817	0.2437	131	0.1876	2612	2743	100
1.7817-1.8141	0.2343	155	0.172	2610	2765	100
1.8141-1.849	0.2103	129	0.1661	2621	2750	100
1.849-1.8867	0.2015	141	0.1708	2619	2760	100
1.8867-1.9278	0.2645	129	0.2214	2654	2783	99
1.9278-1.9726	0.2403	129	0.1819	2592	2721	100
1.9726-2.0219	0.2011	154	0.1587	2608	2762	100
2.0219-2.0766	0.2068	150	0.1575	2632	2782	100
2.0766-2.1377	0.1901	141	0.1655	2642	2783	100
2.1377-2.2067	0.1847	143	0.1589	2634	2777	100
2.2067-2.2856	0.2439	140	0.1924	2616	2756	99
2.2856-2.3771	0.2318	142	0.1588	2635	2777	100
2.3771-2.4852	0.2038	142	0.1645	2664	2806	100
2.4852-2.6162	0.2042	151	0.1709	2639	2790	100
2.6162-2.7801	0.2194	141	0.1766	2680	2821	100
2.7801-2.9947	0.2077	142	0.1793	2658	2800	100
2.9947-3.2959	0.2206	167	0.1773	2664	2831	100
3.2959-3.7725	0.1783	141	0.1601	2692	2833	99
3.7725-4.7517	0.1621	145	0.142	2727	2872	100
4.7517-39.2601	0.1767	139	0.1787	2840	2979	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5049	0.1667	0.4491	0.8278	-0.0034	0.6491	0.046	-0.1135	-0.0144	0.1185	-0.0502	0.0119	0.0003	-0.0222	0.0005	0.114	-0.0068	0.0073	0.1133	-0.0021	0.0802	12.5967	28.4162	20.7124
2	1.5023	-0.277	0.051	6.4438	3.1264	1.4101	0.119	0.1091	-0.1317	0.4254	-0.311	0.2525	0.1855	-0.3224	0.159	0.2183	-0.0324	-0.0005	0.2461	0.0002	0.1819	-5.1087	17.4835	10.5855
3	2.6903	0.1902	0.8152	2.0692	-0.3523	1.6894	-0.0405	-0.0114	0.1896	0.0726	-0.0181	0.0517	-0.1463	-0.0484	0.0624	0.1134	-0.0083	0.01	0.0959	0.0098	0.1177	15.7725	37.8281	13.4785
4	1.1552	0.0169	-0.0285	1.8233	0.0266	1.6709	0.014	-0.0273	0.0041	-0.0577	-0.001	-0.0858	-0.0569	0.1278	-0.0225	0.073	0.0007	-0.0008	0.0974	-0.0041	0.0942	27.8387	63.959	4.7137
5	1.2552	-0.0849	1.0244	1.3895	-1.2619	1.9631	0.1309	0.1752	-0.0828	-0.468	0.0685	0.394	0.2689	-0.1693	-0.0807	0.229	-0.0173	-0.0847	0.2264	0.0067	0.2594	8.7286	67.1741	-15.4144
6	1.1891	0.0114	0.5832	1.9301	-0.0802	2.163	-0.0041	0.0413	-0.0843	0.0969	0.0092	0.1289	0.102	0.0041	-0.0531	0.0963	-0.0137	0.0152	0.0971	0.0082	0.1405	18.1846	54.3374	7.4179

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1451 through 1590 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1591 through 1645 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1646 through 1727 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1451 through 1571 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1572 through 1645 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1646 through 1726 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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