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- PDB-5v3d: Crystal structure of fosfomycin resistance protein from Klebsiell... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v3d
タイトルCrystal structure of fosfomycin resistance protein from Klebsiella pneumoniae with bound fosfomycin
要素Fosfomycin resistance protein
キーワードTRANSFERASE / FosA / FosAKP / fosfomycin / glutathione transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FOSFOMYCIN / : / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Fosfomycin resistance protein / Fosfomycin resistance protein
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.539 Å
データ登録者Klontz, E. / Guenther, S. / Silverstein, Z. / Sundberg, E.
引用ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2017
タイトル: Structure and Dynamics of FosA-Mediated Fosfomycin Resistance in Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli.
著者: Klontz, E.H. / Tomich, A.D. / Gunther, S. / Lemkul, J.A. / Deredge, D. / Silverstein, Z. / Shaw, J.F. / McElheny, C. / Doi, Y. / Wintrode, P.L. / MacKerell, A.D. / Sluis-Cremer, N. / Sundberg, E.J.
履歴
登録2017年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fosfomycin resistance protein
B: Fosfomycin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,25110
ポリマ－32,6192
非ポリマー6328
水4,990277
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, FosAKP shares high sequence similarity with previously reported FosA proteins.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7320 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area12160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.071, 47.155, 149.517
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Fosfomycin resistance protein


分子量: 16309.347 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8UNW6, UniProt: A0A0E1CQ35*PLUS

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非ポリマー , 6種, 285分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-FCN / FOSFOMYCIN / 1,2-EPOXYPROPYLPHOSPHONIC ACID / ホスホマイシン


分子量: 138.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O4P / コメント: 抗生剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1uL of FosAKP solution: 9mg/mL FosAKP in storage solution (75mM NaCl, 10mM Tris, pH 7.5), 6mM MnCl2, 6mM Fosfomycin. 1uL of mother liquor: 0.22 M KBr, 20% PEG2000 MME Crystals appear in 2-3 days

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53869→29.2925 Å / Num. obs: 41623 / % possible obs: 93.61 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 4.2 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.54-1.580.7210.9170.3780.81997.5
6.88-29.290.0280.9980.0150.03290.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1lqp

1lqp


解像度: 1.539→29.292 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2059 2065 5 %
Rwork0.1682 --
obs0.1701 41577 93.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.03 Å2 / Biso mean: 30.7136 Å2 / Biso min: 15.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.539→29.292 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2149 0 31 277 2457
Biso mean--33.26 39.68 -
残基数----275
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062261
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8853073
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005394
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5061318
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5387-1.55820.28331550.2862590274591
1.5582-1.57870.33811430.26452790293397
1.5787-1.60030.32691540.25912787294197
1.6003-1.62310.26311450.24842718286396
1.6231-1.64740.25911430.24842679282295
1.6474-1.67310.28851410.22372842298397
1.6731-1.70050.33131490.22242695284496
1.7005-1.72990.2731370.21282801293897
1.7299-1.76130.25471390.20592763290296
1.7613-1.79520.25361460.19172739288596
1.7952-1.83180.23851380.19452741287996
1.8318-1.87160.25381460.17382700284695
1.8716-1.91520.1851390.172671281094
1.9152-1.96310.22871470.16412649279692
1.9631-2.01610.18711410.16582726286795
2.0161-2.07540.22281470.17672671281894
2.0754-2.14240.21351470.16582649279693
2.1424-2.2190.19921350.16142708284394
2.219-2.30780.16451360.16492623275993
2.3078-2.41270.21041420.17162619276191
2.4127-2.53990.2231350.17172619275492
2.5399-2.69890.22651330.16632660279392
2.6989-2.90710.19991320.16562579271191
2.9071-3.19940.16991300.15232578270890
3.1994-3.66160.18751350.15022553268889
3.6616-4.61030.16221350.13222515265089
4.6103-29.29780.18311250.15452500262587

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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