PDB-5v38: Crystal Structure of The Receptor-binding Domain of Botulinum Neu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v38

タイトル

Crystal Structure of The Receptor-binding Domain of Botulinum Neurotoxin Type HA

要素

HcHA

キーワード

TOXIN / botulinum neurotoxin (BoNT) / BoNT/HA / BoNT/H / BoNT/FA / receptor-binding domain / host receptor / neutralizing antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of neurotransmitter secretion
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Yao, G. / Lam, K.-H. / Jin, R.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI091823	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI125704	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R21AI123920	米国

引用

ジャーナル: Toxins (Basel) / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of the Receptor-Binding Domain of Botulinum Neurotoxin Type HA, Also Known as Type FA or H.
著者: Yao, G. / Lam, K.H. / Perry, K. / Weisemann, J. / Rummel, A. / Jin, R.

履歴

登録	2017年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.classification
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v38.cif.gz	367.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v38.ent.gz	297.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v38.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5v38_validation.pdf.gz	449.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5v38_full_validation.pdf.gz	455.3 KB	表示
XML形式データ	5v38_validation.xml.gz	40.3 KB	表示
CIF形式データ	5v38_validation.cif.gz	61.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/5v38 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/5v38	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jlvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ek8-d 3ne8-1 6two-d 1af9-d 6f0o-d 7by4-d 2ji5-d 2ek9-d 5mk8-1 3w40-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HcHA

B: HcHA

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HcHA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
50.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: HcHA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.940, 80.121, 78.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.94, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	HcHA 分子量: 50480.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9R540*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 926 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.12 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM sodium acetate, pH 4.2; 20% Polyethylene glyco (PEG) 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→49.23 Å / Num. obs: 83495 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5JLV

5jlv

解像度: 1.8→49.23 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.79

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.217	1986	2.38 %
R_work	0.179	-	-
obs	0.18	83495	97.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6837	0	28	926	7791

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7003
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.001	9453
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.419	2595
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1006
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1221

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.845	0.2856	138	0.2687	5800	X-RAY DIFFRACTION	97
1.845-1.8949	0.2658	140	0.2544	5757	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8949-1.9507	0.2829	145	0.2392	5746	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9507-2.0136	0.2344	136	0.2146	5738	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0136-2.0856	0.281	140	0.199	5769	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0856-2.1691	0.2307	143	0.1873	5770	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1691-2.2678	0.2537	145	0.1829	5718	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2678-2.3874	0.1869	135	0.1815	5812	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3874-2.537	0.247	141	0.1779	5800	X-RAY DIFFRACTION	97
2.537-2.7328	0.2289	145	0.1764	5852	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7328-3.0078	0.2157	146	0.17	5907	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0078-3.443	0.1535	139	0.1549	5906	X-RAY DIFFRACTION	98
3.443-4.3374	0.1605	144	0.1383	5957	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3374-49.2469	0.2146	149	0.161	5977	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1911	-0.3238	1.8465	2.0221	-0.0641	3.473	-0.1662	-0.1899	0.3339	0.1304	0.0682	-0.0314	-0.3451	-0.0586	0.0457	0.1325	0.0152	-0.0114	0.0423	0.0021	0.126	172.4606	43.233	19.0378
2	4.234	0.2883	1.2992	0.719	0.0632	1.2591	0.0044	0.2715	-0.0762	-0.0744	0.0328	-0.1267	0.0033	0.2	-0.0526	0.0794	0.0122	0.0114	0.0553	0.0038	0.0769	178.7061	28.7793	13.9517
3	2.3053	0.3345	0.723	0.6108	0.245	0.8706	0.0161	0.1367	-0.168	-0.0453	0.0039	-0.1165	0.0412	0.1448	-0.022	0.0843	0.016	0.0043	0.0749	-0.0083	0.0783	177.3979	23.8906	15.5656
4	1.8106	-0.0635	-0.0617	0.3961	0.052	0.3495	-0.0012	-0.0969	-0.0319	0.0181	-0.0427	0.0552	0.0265	-0.1139	0.0337	0.0955	0.0003	0.0182	0.0811	0.0007	0.0664	153.0946	24.9124	18.8457
5	4.2898	0.2431	-0.2419	1.4218	-0.3451	2.327	0.0212	-0.1221	0.1199	-0.0023	-0.0326	0.1084	-0.012	-0.3046	0.0229	0.0908	0.0052	0.0127	0.1194	0.005	0.0745	135.7728	30.2544	23.8875
6	2.8048	-0.1813	-1.3829	0.6088	0.0241	3.0758	-0.1076	-0.296	-0.2802	0.0607	0.0162	0.0554	0.321	0.0225	0.0452	0.1202	-0.0013	0.0053	0.1147	0.0224	0.1136	142.2338	22.1076	25.5777
7	2.9291	-0.0453	0.7621	2.2065	0.2004	3.9403	-0.0509	-0.1205	0.5428	0.0485	0.0878	-0.0514	-0.4184	0.0926	0.0046	0.1788	-0.0191	0.0069	0.0673	-0.0099	0.2612	175.7048	2.8871	19.1677
8	6.1709	0.7262	1.9697	0.8168	0.1738	2.0995	0.0193	0.2247	-0.0357	-0.0755	0.1185	-0.1622	-0.0058	0.3215	-0.1392	0.1014	0.0132	0.0129	0.0732	-0.012	0.1422	181.857	-11.614	13.979
9	2.3499	0.4563	0.4464	0.7936	0.4099	1.3706	-0.0131	-0.0024	0.0115	0.0008	0.0881	-0.1862	0.0654	0.2597	-0.062	0.0854	0.0249	-0.003	0.1077	-0.0075	0.114	180.5104	-16.3995	15.5215
10	1.4181	-0.1692	-0.193	0.5163	0.1979	0.676	-0.0221	-0.101	0.043	0.0447	-0.0387	0.0771	0.0179	-0.101	0.0462	0.102	0.0002	0.0071	0.0989	0.0242	0.0741	156.1761	-15.2805	18.7192
11	3.8934	-0.1839	-0.5457	1.6321	-0.1278	3.7794	-0.0757	0.0171	0.1698	0.0018	0.0822	0.1185	-0.0861	-0.427	0.0057	0.1132	0.0395	0.0067	0.1531	0.0014	0.0757	138.8727	-10.0437	23.7063
12	2.8013	-0.1499	-1.5661	0.5944	-0.0192	3.0767	-0.2297	-0.1755	-0.1926	0.0758	0.0539	0.0322	0.3925	-0.1317	0.1115	0.1592	0.0088	0.0118	0.1148	0.0023	0.1205	145.5906	-17.6835	25.1693

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 863 THROUGH 922 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 923 THROUGH 959 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 960 THROUGH 1057 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 1058 THROUGH 1158 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 1159 THROUGH 1205 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 1206 THROUGH 1288 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 863 THROUGH 922 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 923 THROUGH 959 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 960 THROUGH 1057 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 1058 THROUGH 1158 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 1159 THROUGH 1205 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 1206 THROUGH 1288 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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