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- PDB-5v2u: Ethylene forming enzyme apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v2u
タイトルEthylene forming enzyme apo form
要素2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha-Ketoglutaric acid / 2-Ketoglutaric acid / 2-Oxoglutaric acid / Oxoglutaric acid / ethylene biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxoglutarate dioxygenase (ethene-forming) / 2-oxoglutarate/L-arginine monooxygenase/decarboxylase (succinate-forming) / 2-oxoglutarate oxygenase/decarboxylase (ethylene-forming) activity / ethylene biosynthetic process / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.058 Å
データ登録者Fellner, M. / Martinez, S. / Hu, J. / Hausinger, R.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM063584 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Structures and Mechanisms of the Non-Heme Fe(II)- and 2-Oxoglutarate-Dependent Ethylene-Forming Enzyme: Substrate Binding Creates a Twist.
著者: Martinez, S. / Fellner, M. / Herr, C.Q. / Ritchie, A. / Hu, J. / Hausinger, R.P.
履歴
登録2017年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1391
ポリマ－40,1391
非ポリマー00
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.968, 86.833, 91.823
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme / Ethylene-forming enzyme / 2-oxoglutarate dioxygenase (ethylene-forming) / 2-oxoglutarate/L-arginine ...Ethylene-forming enzyme / 2-oxoglutarate dioxygenase (ethylene-forming) / 2-oxoglutarate/L-arginine monooxygenase/decarboxylase (succinate-forming)


分子量: 40138.809 Da / 分子数: 1 / 変異: N-terminal fusion to SH / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola (バクテリア)
遺伝子: efe / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3)
参照: UniProt: P32021, 2-oxoglutarate dioxygenase (ethene-forming), EC: 1.14.11.34
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.96 % / Mosaicity: 0.2 °
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.5 ul 72 mg/ml EFE (25 mM HEPES pH 8.0, 1 mM TCEP) was mixed with 0.5 ul reservoir solution. The sitting drop reservoir of 200 ul contained 0.2 M lithium chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 20% ...詳細: 0.5 ul 72 mg/ml EFE (25 mM HEPES pH 8.0, 1 mM TCEP) was mixed with 0.5 ul reservoir solution. The sitting drop reservoir of 200 ul contained 0.2 M lithium chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 20% w/v Polyethylene glycol 6,000. The crystal was direcly frozen.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.058→45.91 Å / Num. obs: 21539 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 14.85 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.164 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.058-2.113.60.49616520.7780.2880.57798.2
8.97-45.9130.0520.9820.0360.06394.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.9 Å43.42 Å
Translation5.9 Å43.42 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.29データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX1.11.1-2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5V2T

5v2t


解像度: 2.058→43.416 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 23.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2451 1025 4.81 %
Rwork0.1856 --
obs0.1883 19464 94.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 80.67 Å2 / Biso mean: 18.8089 Å2 / Biso min: 5.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.058→43.416 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2725 0 0 278 3003
Biso mean---22.15 -
残基数----344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032818
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6163830
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042407
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004502
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.3892322
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0577-2.11340.30641490.24672852300195
2.1134-2.17550.29381080.24412913302196
2.1755-2.24580.31511810.22422889307096
2.2458-2.3260.28551470.20782831297896
2.326-2.41910.28541390.21392953309295
2.4191-2.52920.29281500.21152819296994
2.5292-2.66260.27511530.20762866301995
2.6626-2.82940.27451630.19382847301095
2.8294-3.04780.27471630.19562843300694
3.0478-3.35440.23151390.17422797293694
3.3544-3.83950.18741110.14792857296894
3.8395-4.83630.13811330.13712818295193
4.8363-43.42610.23091370.16222771290892
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6486-0.0343-0.31651.1439-2.04224.83170.0571-0.33230.04020.1609-0.1603-0.0441-0.00110.44180.10660.1514-0.0037-0.00780.1867-0.00480.127126.1098-20.0853-18.6994
22.1279-0.3269-1.4160.6461.63224.3069-0.2149-0.269-0.2068-0.118-0.083-0.0715-0.00840.25180.28390.1660.0282-0.00990.08220.02020.105521.734-20.9136-21.3522
35.5171-5.4108-5.39042.00628.9157.9942-0.1758-0.0777-0.11210.1580.105-0.3880.07160.47630.04540.2355-0.06620.04720.21480.03650.195232.1395-0.4685-11.6908
40.79950.01230.28591.0906-0.47143.0515-0.1084-0.09280.02390.22570.06760.0132-0.16840.00950.0350.12330.01320.01780.0637-0.00450.091815.92399.0175-9.3293
53.06784.26993.40178.28425.87334.9743-0.09470.15520.2377-0.1840.02240.2356-0.17520.28120.07760.10420.02360.0070.11650.03290.11123.5878-4.0716-22.1652
60.62060.07810.6560.60240.30112.59960.0401-0.0938-0.03610.0064-0.00990.11680.0846-0.221-0.02980.07580.01070.01250.08880.00420.114114.1176-12.3211-10.2517
71.387-1.48440.54892.0599-0.45342.58530.1091-0.0847-0.1556-0.1503-0.0910.36870.227-0.4520.00060.1579-0.05630.00640.09990.02130.13666.915-4.6051-19.5555
85.71370.13762.87815.30831.07278.4162-0.18840.10620.41820.00930.08550.2669-0.6049-0.61010.10890.16050.05280.05980.2080.04970.17361.05479.8534-16.4145
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 16 )A-1 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 41 )A17 - 41
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 42 through 59 )A42 - 59
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 60 through 123 )A60 - 123
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 124 through 152 )A124 - 152
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 153 through 276 )A153 - 276
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 277 through 317 )A277 - 317
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 318 through 342 )A318 - 342

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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