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- PDB-5v1w: Crystal structure of BhGH81 in complex with laminaro-biose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v1w
タイトルCrystal structure of BhGH81 in complex with laminaro-biose
要素Glycoside Hydrolase
キーワードHYDROLASE / (alpha/beta)6 barrel / glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan endo-1,4-beta-glucanase activity, C-3 substituted reducing group / glucan endo-1,3-beta-glucanase activity, C-3 substituted reducing group / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase activity / polysaccharide catabolic process / cell wall organization / carbohydrate binding / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 81, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 81 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 81 (GH81) domain profile. / Endo-1,3(4)-beta-glucanase / Glycosyl hydrolase family 81, C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 81 C-terminal domain / : / CBM56 (carbohydrate binding type-56) domain profile. / Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV ...Glycosyl hydrolase family 81, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 81 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 81 (GH81) domain profile. / Endo-1,3(4)-beta-glucanase / Glycosyl hydrolase family 81, C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 81 C-terminal domain / : / CBM56 (carbohydrate binding type-56) domain profile. / Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Carbohydrate binding module (family 6) / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-laminaribiose / PHOSPHATE ION / Glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Pluvinage, B. / Boraston, A.B.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: The quaternary structure of beta-1,3-glucan contributes to its recognition and hydrolysis by a multimodular family 81 glycoside hydrolase
著者: Pluvinage, B. / Fillo, A. / Massel, P. / Boraston, A.B.
履歴
登録2017年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,16720
ポリマ－85,1641
非ポリマー2,00319
水10,719595
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area24890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.547, 93.854, 159.204
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glycoside Hydrolase / BH0236 protein


分子量: 85163.539 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 28-778 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (strain ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125) (バクテリア)
株: ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125
遺伝子: BH0236 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KG76
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose / beta-laminaribiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗菌剤 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-laminaribiose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5]/1-1/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 595 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 1.2 M NaH2PO4, 0.2 M K2HPO4, 0.1 M citric acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→80.85 Å / Num. obs: 54002 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC1/2: 0.708 / Rpim(I) all: 0.326 / % possible all: 97.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T4A

5t4a


解像度: 2.15→80.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 4.841 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.185 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2307 2690 5 %RANDOM
Rwork0.1868 ---
obs0.189 50866 98.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 70.88 Å2 / Biso mean: 27.208 Å2 / Biso min: 8.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→80.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6013 0 122 595 6730
Biso mean--36.01 35.19 -
残基数----752
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196336
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2791.9278631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4775757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.0624.239335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.74815908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2291529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2883
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215001
LS精密化 シェル解像度: 2.148→2.204 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 203 -
Rwork0.227 3561 -
all-3764 -
obs--94.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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