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Yorodumi- PDB-4uqv: methanococcus jannaschii serine hydroxymethyl-transferase in comp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4uqv | |||||||||
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Title | methanococcus jannaschii serine hydroxymethyl-transferase in complex with PLP | |||||||||
Components | SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / SERINE HYDROXYMETHYL-TRANSFERASE | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Transferases; Transferring one-carbon groups; Hydroxymethyl-, formyl- and related transferases / L-allo-threonine aldolase / L-allo-threonine aldolase activity / serine binding / L-serine catabolic process / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / folic acid metabolic process ...Transferases; Transferring one-carbon groups; Hydroxymethyl-, formyl- and related transferases / L-allo-threonine aldolase / L-allo-threonine aldolase activity / serine binding / L-serine catabolic process / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / folic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / one-carbon metabolic process / zinc ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII (archaea) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3 Å | |||||||||
Authors | Saccoccia, F. / Angelucci, F. / Ilari, A. | |||||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2014 Title: The Crystal Structure of Archaeal Serine Hydroxymethyltransferase Reveals Idiosyncratic Features Likely Required to Withstand High Temperatures. Authors: Angelucci, F. / Morea, V. / Angelaccio, S. / Saccoccia, F. / Contestabile, R. / Ilari, A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4uqv.cif.gz | 1.9 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4uqv.ent.gz | 1.6 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4uqv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/4uqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/4uqv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4bhdSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 48149.758 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII (archaea) Production host: ESCHERICHIA COLI K-12 (bacteria) / Variant (production host): HMS174 (DE3) References: UniProt: Q58992, Transferases; Transferring one-carbon groups; Hydroxymethyl-, formyl- and related transferases, L-allo-threonine aldolase #2: Chemical | ChemComp-PLP / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.8 Å3/Da / Density % sol: 30.2 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: (NH)2SO4 1.8M, NH4F 0.1M, 2MM PLP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.918 |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.5 |
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 80852 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Net I/σ(I): 6 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.18 Å / Redundancy: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 1.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 97.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4BHD Resolution: 3→49.154 Å / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.81 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→49.154 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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