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- PDB-5v1u: TbiB1 in Complex with the TbiA(beta) Leader Peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v1u
タイトルTbiB1 in Complex with the TbiA(beta) Leader Peptide
要素
  • TbiA(beta) Thr(-5)Glu Leader
  • TbiB1
キーワードPROTEIN BINDING / Lasso Peptide / RiPP / Peptide Binding
機能・相同性Coenzyme PQQ synthesis protein D / Coenzyme PQQ synthesis protein D superfamily / Coenzyme PQQ synthesis protein D (PqqD) / metal ion binding / Lasso RiPP family leader peptide-containing protein / Coenzyme PQQ synthesis D
機能・相同性情報
生物種Thermobaculum terrenum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.052 Å
データ登録者Chekan, J.R. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Steric complementarity directs sequence promiscuous leader binding in RiPP biosynthesis.
著者: Chekan, J.R. / Ongpipattanakul, C. / Nair, S.K.
履歴
登録2017年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TbiB1
B: TbiB1
C: TbiB1
D: TbiB1
E: TbiA(beta) Thr(-5)Glu Leader
F: TbiA(beta) Thr(-5)Glu Leader
G: TbiA(beta) Thr(-5)Glu Leader
H: TbiA(beta) Thr(-5)Glu Leader
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,23519
ポリマ－49,5168
非ポリマー71911
水3,837213
1
A: TbiB1
E: TbiA(beta) Thr(-5)Glu Leader
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5104
ポリマ－12,3792
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area5830 Å2
手法PISA
2
B: TbiB1
F: TbiA(beta) Thr(-5)Glu Leader
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7067
ポリマ－12,3792
非ポリマー3275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6050 Å2
手法PISA
3
C: TbiB1
G: TbiA(beta) Thr(-5)Glu Leader
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5755
ポリマ－12,3792
非ポリマー1963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area6000 Å2
手法PISA
4
D: TbiB1
H: TbiA(beta) Thr(-5)Glu Leader
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4443
ポリマ－12,3792
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area6250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.155, 48.630, 55.287
Angle α, β, γ (deg.)78.30, 66.88, 88.12
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
TbiB1


分子量: 10132.303 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobaculum terrenum (strain ATCC BAA-798 / YNP1) (バクテリア)
株: ATCC BAA-798 / YNP1 / 遺伝子: Tter_2832 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1CIZ5
#2: タンパク質・ペプチド
TbiA(beta) Thr(-5)Glu Leader


分子量: 2246.579 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 1-20 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermobaculum terrenum (バクテリア) / 参照: UniProt: D1CIY7
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.63 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 4% isopropanol, 0.05 M zinc acetate, 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5), 6 mg/mL Protein, 1 mM TbiA(beta) T(-5)E

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 23055 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1003 / Rsym value: 0.242 / % possible all: 82.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.052→31.257 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2399 1055 4.8 %
Rwork0.2005 --
obs0.2025 21979 86.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.052→31.257 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3179 0 11 213 3403
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043244
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8534402
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7681201
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005563
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0519-2.14530.2631930.21782069X-RAY DIFFRACTION69
2.1453-2.25840.33571060.26362103X-RAY DIFFRACTION70
2.2584-2.39980.30061410.23782504X-RAY DIFFRACTION84
2.3998-2.5850.2771330.22782939X-RAY DIFFRACTION98
2.585-2.8450.27741520.21942986X-RAY DIFFRACTION98
2.845-3.25630.2611460.21062960X-RAY DIFFRACTION98
3.2563-4.10110.23051110.18132433X-RAY DIFFRACTION81
4.1011-31.26030.18091730.16822930X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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