PDB-5v0i: Crystal Structure of Tryptophanyl-tRNA Synthetase from Escherichi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v0i

タイトル

Crystal Structure of Tryptophanyl-tRNA Synthetase from Escherichia coli Complexed with AMP and Tryptophan

要素

Tryptophan--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / CSGID / tryptophanyl-tRNA synthetase / a/b sandwich / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophan-tRNA ligase / tryptophan-tRNA ligase activity / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli O157:H7 str. EDL933 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Maltseva, N. / Kim, Y. / Mulligan, R. / Grimshaw, S.G. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Tryptophanyl-tRNA Synthetase from Escherichia coli Complexed with AMP and Tryptophan
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Mulligan, R. / Grimshaw, S.G. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2017年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v0i.cif.gz	280.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v0i.ent.gz	226.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v0i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5v0i_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5v0i_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5v0i_validation.xml.gz	25.7 KB	表示
CIF形式データ	5v0i_validation.cif.gz	35.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/5v0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/5v0i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3n9iS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1d2r-3 1maw-1 3fi0-5 3fhj-1 3fi0-8 1yi8-2 1mb2-2 2el7-d 3fi0-9 1maw-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP07325

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (3) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (3)
#228 - 2018年12月
酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tryptophan--tRNA ligase

B: Tryptophan--tRNA ligase

ヘテロ分子

76.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.745, 110.807, 128.599
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tryptophan--tRNA ligase / Tryptophanyl-tRNA synthetase / TrpRS 分子量: 37743.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 str. EDL933 (大腸菌) 遺伝子: trpS, Z4737, ECs4226 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: P67589, tryptophan-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: CH₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.84 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 15% PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97904 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月15日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97904 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 52495 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 38.19 Å² / R_sym value: 0.11 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.146 / Num. unique obs: 1883 / CC_1/2: 0.828 / R_sym value: 0.611 / % possible all: 70.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3N9I

3n9i

解像度: 1.9→43.933 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.43

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.217	2594	4.95 %
R_work	0.1856	-	-
obs	0.1872	52397	97.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.933 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5087	0	88	132	5307

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5448
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.931	7392
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.691	2054
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	809
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	966

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8979-1.9324	0.3321	104	0.3049	1907	X-RAY DIFFRACTION	72
1.9324-1.9695	0.2802	121	0.275	2351	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9695-2.0097	0.2788	152	0.2417	2515	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0097-2.0534	0.2926	142	0.2461	2617	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0534-2.1012	0.2761	151	0.2239	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1012-2.1537	0.2659	135	0.2105	2639	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1537-2.212	0.2567	134	0.2048	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.212-2.2771	0.2628	147	0.1988	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2771-2.3505	0.23	136	0.1938	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3505-2.4346	0.2504	151	0.1844	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4346-2.532	0.2568	141	0.1908	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.532-2.6472	0.2784	141	0.1891	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6472-2.7868	0.2686	99	0.2018	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7868-2.9614	0.2445	133	0.1976	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9614-3.1899	0.2247	136	0.2046	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1899-3.5108	0.2185	133	0.2002	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5108-4.0186	0.2143	140	0.1731	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0186-5.0618	0.1635	156	0.1505	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0618-43.9444	0.1842	142	0.1702	2891	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3067	0.101	-0.8161	1.4332	0.4804	1.3838	-0.0692	0.1048	-0.3292	-0.118	-0.0229	0.02	0.1657	-0.038	0.0988	0.2648	0.0162	-0.0026	0.243	-0.0232	0.3539	14.2807	13.7579	13.7664
2	7.9866	-3.9779	-1.6253	3.2057	1.7218	1.2263	0.2449	1.3764	-1.3211	-0.526	-0.7087	0.5489	0.0966	-0.4476	0.4562	0.4667	-0.0349	0.023	0.4784	-0.081	0.6225	9.9759	4.3588	6.5728
3	1.7734	-1.5963	-0.3569	7.1372	2.1796	0.5923	0.122	0.0266	-0.0777	-0.1455	0.1123	-0.4632	0.0075	0.1794	-0.221	0.5047	0.0051	0.048	0.439	-0.0091	0.4789	34.5318	-3.2434	0.0567
4	7.8316	-2.5264	-5.6859	1.5033	1.5202	4.4874	0.1796	0.5879	0.1572	-0.3312	-0.1155	0.0992	-0.1907	-0.4844	-0.1229	0.3025	0.038	-0.0542	0.2961	0.0113	0.2767	8.6417	28.1991	11.1477
5	5.748	-4.5703	3.2714	7.8427	1.4941	5.85	0.9176	-0.1305	-0.0593	-0.3868	1.3121	0.8724	-1.0219	-2.1902	-2.1508	1.3226	-0.2538	-0.0046	1.341	0.6093	1.1345	16.0927	10.8081	14.7159
6	2.1834	-2.75	-2.2245	3.5835	2.0685	7.8339	0.0285	-0.3775	0.0633	0.3726	-0.088	0.2483	0.6228	-0.2947	0.1198	0.2479	0.0041	-0.0063	0.3134	-0.0175	0.2678	2.066	37.4585	41.9797
7	2.219	-0.6691	-0.2176	1.2862	0.2657	1.2674	-0.0286	-0.279	-0.0273	0.2265	0.0269	0.0527	-0.0199	-0.0189	-0.0002	0.2985	0.0064	-0.0009	0.3798	-0.0077	0.2741	7.699	28.6392	35.5156
8	4.3948	-0.5785	-5.8364	0.6431	0.7921	7.4601	-0.0231	-1.2004	0.9236	0.0273	0.4315	-0.0406	0.054	1.2328	-0.4897	0.3811	0.0615	-0.0294	0.3952	-0.0143	0.4346	7.4586	32.2536	48.5348
9	6.4901	0.2947	-1.8842	6.6195	-1.0828	8.231	-0.0129	-0.0204	0.0696	0.3937	0.0107	-0.2788	0.0225	-0.1435	0.0352	0.3244	0.0386	-0.0198	0.3198	-0.0157	0.3474	-12.1437	37.091	60.5562
10	3.0204	0.7286	-3.7962	0.1416	-0.8258	5.0317	0.4671	0.335	0.7981	0.1652	-0.1247	-0.0884	-2.0565	-1.1575	-0.3817	0.614	0.2202	0.0627	0.4842	-0.0103	0.5172	-13.6776	44.809	45.7785
11	9.7633	-5.0092	-4.3811	4.6721	2.2918	2.7472	0.3887	0.248	0.5081	-0.2944	-0.0836	-0.3378	-0.4435	0.0437	-0.3045	0.296	-0.0248	0.0301	0.2454	0.0412	0.2539	12.1352	37.4052	22.878
12	2.8137	1.3703	-0.084	6.0533	-5.7228	5.9987	-1.208	0.4772	-0.7613	-0.1144	-0.5523	-2.2884	-1.2632	1.0705	1.7015	0.5947	-0.1674	-0.0624	0.6278	0.2037	0.8142	5.5854	29.0155	38.5107

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 168 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 169 through 188 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 189 through 298 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 299 through 334 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 402 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 2 through 24 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 25 through 168 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 169 through 193 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 194 through 269 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 270 through 298 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 299 through 334 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 402 through 402 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)