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- PDB-5v00: Structure of HutD from Pseudomonas fluorescens SBW25 (Formate con... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v00
タイトルStructure of HutD from Pseudomonas fluorescens SBW25 (Formate condition)
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / bicupin / histidine degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


Uncharacterised protein family HutD/Ves / HutD / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Protein Ves
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Liu, Y. / Johnston, J.M. / Gerth, M.L. / Baker, E.N. / Lott, J.S. / Rainey, P.B.
資金援助 ニュージーランド, 2件
組織認可番号国
Foundation for Research Science and Technology ニュージーランド
Health Research Council (HRC) ニュージーランド
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of a bicupin protein HutD involved in histidine utilization in Pseudomonas.
著者: Gerth, M.L. / Liu, Y. / Jiao, W. / Zhang, X.X. / Baker, E.N. / Lott, J.S. / Rainey, P.B. / Johnston, J.M.
履歴
登録2017年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年3月15日ID: 3ESG
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Database references
改定 1.22017年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,14214
ポリマ－42,4982
非ポリマー64412
水7,242402
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,14214
ポリマ－42,4982
非ポリマー64412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x+1/2,y+1/2,-z+1/41
Buried area3910 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area16830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.863, 82.863, 174.419
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細Dimer by size exclusion

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 21248.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain SBW25) (バクテリア)
株: SBW25 / 遺伝子: PFLU_0360 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3K802
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→74.85 Å / Num. obs: 57596 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Χ2: 1.241 / Net I/σ(I): 35.11
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.79-1.856.90.290.975188.7
1.85-1.937.60.2051.0561100
1.93-2.027.60.1481.1661100
2.02-2.127.60.1131.2861100
2.12-2.267.70.0841.3941100
2.26-2.437.70.0691.4711100
2.43-2.677.70.0531.2411100
2.67-3.068.60.0431.3531100
3.06-3.8615.60.0331.3651100
3.86-50150.0291.077199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YLL

1yll


解像度: 1.8→74.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.705 / SU ML: 0.054 / SU R Cruickshank DPI: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.089
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1958 2911 5.1 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.1684 54479 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 95.3 Å2 / Biso mean: 27.762 Å2 / Biso min: 15.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→74.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2835 0 42 402 3279
Biso mean--39.57 38.56 -
残基数----369
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0192990
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022751
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0011.954040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08636337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7765385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.97622.867143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.52515483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8961531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2441
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02683
LS精密化 シェル解像度: 1.795→1.842 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 217 -
Rwork0.236 3817 -
all-4034 -
obs--96.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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