PDB-5uzq: Crystal structure of citrate synthase from homo sapiens

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uzq

タイトル

Crystal structure of citrate synthase from homo sapiens

要素

Citrate synthase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

citrate (Si)-synthase / citrate (Si)-synthase activity / Citric acid cycle (TCA cycle) / citrate metabolic process / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / Mitochondrial protein import / tricarboxylic acid cycle / Mitochondrial protein degradation / carbohydrate metabolic process / mitochondrial matrix ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Schlachter, C. / Chruszcz, M.

引用

ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Comparative studies of Aspergillus fumigatus 2-methylcitrate synthase and human citrate synthase.
著者: Schlachter, C.R. / Klapper, V. / Radford, T. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2017年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uzq.cif.gz	184.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uzq.ent.gz	152.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uzq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uzq_validation.pdf.gz	429 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uzq_full_validation.pdf.gz	431.3 KB	表示
XML形式データ	5uzq_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	5uzq_validation.cif.gz	26.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/5uzq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/5uzq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uqoC 5uqqC 5uqrC 5uqsC 5uquC 5uzpC 5uzrC 6bolC 6bomC 6bonC 6booC 6bopC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bop-2 6bom-2 5uqo-d 5uqq-1 6bom-1 6laa-d 1dm0-1 6bom-3 3ssa-d 4f5k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (9) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Citrate synthase

51.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Citrate synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.760, 76.760, 198.764
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-599- HOH
2	1	A-610- HOH

#1: タンパク質	Citrate synthase 分子量: 51889.086 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 15-453 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4DJV2, UniProt: O75390*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.4 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M Succinic Acid pH 7.0, 12% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50.01 Å / Num. obs: 29021 / % possible obs: 93.01 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.094 / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 25.87
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 3.29 / Num. unique obs: 1500 / CC_1/2: 0.968 / R_pim(I) all: 0.148 / R_rim(I) all: 0.483 / R_sym value: 0.323 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.16→50.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.184 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23232	1551	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19596	-	-	-
obs	0.19789	29021	93.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.369 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.48 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	2.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.16→50.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3426	0	0	159	3585

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	3511
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	3245
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.474	1.962	4764
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.726	3	7533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.809	5	433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.894	23.961	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.64	15	590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.994	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	523
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3884
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	711
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.984	2.754	1735
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.982	2.752	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.666	4.126	2167
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.666	4.128	2168
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.087	2.887	1775
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.087	2.887	1775
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.835	4.269	2598
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.317	51.344	14448
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.261	51.137	14368
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.16→2.216 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	101	-
R_work	0.274	1907	-
obs	-	-	84.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0801	-0.0082	0.3313	3.5619	-0.2833	5.1528	0.0313	-0.0747	0.0296	0.1366	0.061	0.4436	0.7096	-2.0139	-0.0922	0.1276	-0.3358	0.0095	0.9364	0.0259	0.0762	-39.351	-19.479	3.145
2	0.4457	-0.0297	0.3523	0.779	0.2237	3.598	-0.0097	0.0214	0.1047	-0.0603	0.0264	-0.0027	-0.4473	-0.8226	-0.0168	0.1218	0.0468	0.0246	0.2853	0.0076	0.14	-25.246	-3.896	-5.981
3	3.406	0.8384	5.1204	1.1908	1.9662	11.7151	0.0083	0.343	-0.0133	0.231	0.0396	-0.0444	0.3652	0.414	-0.0479	0.07	-0.0437	0.0069	0.2269	-0.0049	0.1427	-19.24	-16.141	-36.971
4	0.9485	0.8916	0.1198	3.2027	0.1759	4.1296	0.0522	0.128	-0.0062	-0.0039	-0.045	-0.0425	0.3022	-0.7104	-0.0072	0.0955	-0.1452	-0.0468	0.4058	0.0142	0.0671	-29.61	-17.333	-31.084
5	0.4025	0.1988	0.0793	0.2869	0.2665	3.5216	0.0164	0.0563	-0.0294	-0.0088	0.0269	-0.0066	0.3513	-0.8885	-0.0432	0.1231	-0.1567	0.0015	0.308	0.0107	0.142	-24.833	-17.392	-7.804

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	30 - 73
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	74 - 305
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	306 - 329
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	330 - 397
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	398 - 463

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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