PDB-5uyy: Crystal structure of prephenate dehydrogenase tyrA from Bacillus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uyy

タイトル

Crystal structure of prephenate dehydrogenase tyrA from Bacillus anthracis in complex with L-tyrosine

要素

Prephenate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / prephenate dehydrogenase / tyrA / Bacillus anthracis / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

prephenate dehydrogenase / prephenate dehydrogenase (NADP+) activity / prephenate dehydrogenase (NAD+) activity / tyrosine biosynthetic process / NAD+ binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Shabalin, I.G. / Hou, J. / Cymborowski, M.T. / Kwon, K. / Christendat, D. / Gritsunov, A.O. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Structural and biochemical analysis of Bacillus anthracis prephenate dehydrogenase reveals an unusual mode of inhibition by tyrosine via the ACT domain.
著者: Shabalin, I.G. / Gritsunov, A. / Hou, J. / Slawek, J. / Miks, C.D. / Cooper, D.R. / Minor, W. / Christendat, D.

履歴

登録	2017年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uyy.cif.gz	590.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uyy.ent.gz	492.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uyy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uyy_validation.pdf.gz	472.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uyy_full_validation.pdf.gz	482.3 KB	表示
XML形式データ	5uyy_validation.xml.gz	55.9 KB	表示
CIF形式データ	5uyy_validation.cif.gz	79.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/5uyy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/5uyy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5v0sC 6cxdC 6u60C 3gggS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5icg-1 4u6s-1 6v89-1 2zub-d 4gjt-d 5mha-d 2hu2-1 4zp4-2 2r6i-d 6z7t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP05722

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (2) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (2) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (2)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (2)
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光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
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酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
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クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Prephenate dehydrogenase

B: Prephenate dehydrogenase

C: Prephenate dehydrogenase

D: Prephenate dehydrogenase

ヘテロ分子

172 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Prephenate dehydrogenase

B: Prephenate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, dimer, homology, dimer
85.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Prephenate dehydrogenase

D: Prephenate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.682, 105.588, 179.625
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	THR	THR	A	A	14 - 377	17 - 380
2	1	ARG	ARG	THR	THR	B	B	14 - 377	17 - 380
1	2	GLU	GLU	ILE	ILE	A	A	6 - 378	9 - 381
2	2	GLU	GLU	ILE	ILE	C	C	6 - 378	9 - 381
1	3	ARG	ARG	THR	THR	A	A	14 - 377	17 - 380
2	3	ARG	ARG	THR	THR	D	D	14 - 377	17 - 380
1	4	ARG	ARG	THR	THR	B	B	14 - 377	17 - 380
2	4	ARG	ARG	THR	THR	C	C	14 - 377	17 - 380
1	5	ARG	ARG	ILE	ILE	B	B	14 - 378	17 - 381
2	5	ARG	ARG	ILE	ILE	D	D	14 - 378	17 - 381
1	6	ARG	ARG	THR	THR	C	C	14 - 377	17 - 380
2	6	ARG	ARG	THR	THR	D	D	14 - 377	17 - 380

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Prephenate dehydrogenase 分子量: 42707.773 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: tyrA, GBAA_2954, BASH2_02940 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-codonplus-RIL / 参照: UniProt: Q81P63, prephenate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.67 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 ul of 19 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% Glycerol, and 10 mM BME were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 1 condition #11 (0.1 M MES pH=6.5, 0.2 M Magnesium chloride, ...詳細: 0.2 ul of 19 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% Glycerol, and 10 mM BME were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 1 condition #11 (0.1 M MES pH=6.5, 0.2 M Magnesium chloride, 10% w/v PEG 4000) and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci). His-tag was removed prior to crystallization.

結晶

マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.67 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 ul of 19 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% Glycerol, and 10 mM BME were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 1 condition #11 (0.1 M MES pH=6.5, 0.2 M Magnesium chloride, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月24日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 50884 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 71.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.071 / R_sym value: 0.069 / Χ²: 0.978 / Net I/av σ(I): 31.3 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_rim(I) all
2.6-2.64	7.5	0.963	2.1	2499	0.803	0.374	0.776	100
2.64-2.69	7.6	0.797			0.886	0.309	0.785	100	0.855
2.69-2.74	7.6	0.681			0.905	0.265	0.779	100	0.731
2.74-2.8	7.6	0.561			0.934	0.218	0.79	100	0.602
2.8-2.86	7.5	0.474			0.944	0.185	0.822	100	0.509
2.86-2.93	7.6	0.37			0.966	0.144	0.807	100	0.397
2.93-3	7.5	0.295			0.981	0.115	0.852	100	0.317
3-3.08	7.5	0.24			0.985	0.093	0.902	100	0.257
3.08-3.17	7.5	0.184			0.991	0.072	0.905	100	0.197
3.17-3.28	7.5	0.148			0.994	0.058	0.927	100	0.159
3.28-3.39	7.5	0.11			0.996	0.043	0.952	100	0.119
3.39-3.53	7.5	0.093			0.997	0.037	1.011	100	0.1
3.53-3.69	7.5	0.075			0.998	0.029	0.999	100	0.08
3.69-3.88	7.5	0.064			0.998	0.025	1.072	100	0.069
3.88-4.13	7.5	0.06			0.998	0.024	1.194	100	0.065
4.13-4.45	7.4	0.051			0.999	0.02	1.222	100	0.054
4.45-4.89	7.4	0.044			0.999	0.017	1.303	100	0.048
4.89-5.6	7.3	0.042			0.999	0.016	1.157	100	0.045
5.6-7.05	7.2	0.038			0.999	0.015	1.162	100	0.041
7.05-50	6.5	0.028			0.999	0.012	1.151	99.1	0.031

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.8.0107	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GGG

3ggg

解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 24.093 / SU ML: 0.266 / SU R Cruickshank DPI: 3.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 3.285 / ESU R Free: 0.325 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.3245
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2461	2466	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1886	-	-	-
obs	0.1913	47834	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 177.83 Å² / B_iso mean: 76.618 Å² / B_iso min: 32.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.39 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11332	0	52	506	11890
B_iso mean	-	-	48.36	61.48	-
残基数	-	-	-	-	1476

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	11609
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	11047
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.732	1.951	15726
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.581	3	25380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.149	5	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.506	24.363	502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.361	15	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.182	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1811
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	13098
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	2577

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	38344	0.12
1	2	B	38344	0.12
2	1	A	41848	0.08
2	2	C	41848	0.08
3	1	A	37358	0.12
3	2	D	37358	0.12
4	1	B	38246	0.11
4	2	C	38246	0.11
5	1	B	40058	0.08
5	2	D	40058	0.08
6	1	C	37362	0.12
6	2	D	37362	0.12

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.359	174	-
R_work	0.283	3486	-
all	-	3660	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7331	1.4846	-1.5318	4.5865	2.9755	3.4629	-0.5646	-0.443	0.1972	0.4148	-0.1733	1.1275	0.709	0.1048	0.7379	0.8481	0.0846	0.1419	0.3141	0.0815	0.4407	67.646	-43.404	16.69
2	1.8161	0.7545	0.5895	3.8599	0.0009	2.2217	-0.0553	-0.3979	-0.1149	0.4527	0.1973	-0.1418	0.7598	0.3091	-0.142	0.7135	0.2692	0.0007	0.4687	0.0129	0.0267	81.24	-38.349	25.253
3	1.5154	0.6043	0.9874	3.3747	0.8983	2.9226	0.258	-0.1792	-0.1065	0.421	0.1566	-0.3847	0.3687	0.3384	-0.4147	0.4801	0.147	-0.1509	0.3784	-0.2072	0.17	80.86	-9.194	36.488
4	3.9564	-2.2201	-0.4894	4.9205	0.8389	3.7938	0.0407	-0.3351	0.4711	-0.3788	0.4253	-0.7999	-0.2072	0.9401	-0.4661	0.3792	-0.0846	0.1427	0.4616	-0.1926	0.185	87.602	-8.831	4.171
5	1.9023	-0.495	0.9963	6.1072	-0.5263	6.8217	-0.2615	0.277	0.4866	-0.8599	0.274	-0.5983	-0.9734	0.5403	-0.0124	0.6146	-0.1302	-0.0845	0.0992	-0.0315	0.4436	75.425	25.954	18.525
6	1.9238	0.0007	1.1698	3.6254	-0.2554	2.3301	-0.0849	-0.1397	0.339	0.2008	0.1101	0.0749	-0.3316	0.3099	-0.0253	0.469	-0.0113	-0.0404	0.3784	-0.2351	0.2096	75.82	7.963	32.926
7	3.909	1.5683	0.9504	9.215	-3.576	6.6714	0.3251	-0.4927	-0.3369	0.4061	0.1262	0.1087	0.5799	-0.0103	-0.4513	0.472	0.0414	-0.0317	0.4057	-0.1674	0.1889	67.511	-11.189	36.596
8	2.231	-1.5801	-0.3652	5.1139	0.0804	4.5113	0.0013	-0.2319	0.1189	-0.1064	0.0834	0.3311	-0.1794	-0.0824	-0.0847	0.4016	0.0013	-0.0155	0.3432	-0.0865	0.1344	70.124	-11.463	11.557
9	2.9103	1.285	-1.2408	6.1859	2.2292	3.7126	-0.0827	-0.0399	0.207	0.0987	-0.2429	1.6338	0.3819	-0.2102	0.3257	0.4438	-0.0586	-0.0343	0.2186	-0.0221	0.5073	26.379	-31.015	16.586
10	1.2449	0.3671	0.5372	4.0992	-0.3343	2.3072	0.0952	-0.0576	-0.1157	0.3044	-0.0102	0.1821	0.2999	-0.0156	-0.0849	0.5189	0.0076	0.006	0.2754	-0.0085	0.0999	39.602	-26.025	24.962
11	1.1345	0.0844	0.7092	4.433	0.751	2.0065	-0.0442	-0.246	-0.0042	0.197	0.0095	0.3775	0.0392	-0.0385	0.0346	0.5648	0.0041	0.0808	0.2084	-0.0233	0.1069	38.451	3.159	37.147
12	4.1379	-2.1715	-0.7272	6.6235	0.2797	4.1076	-0.0952	-0.2259	0.5587	-0.2819	0.1619	-0.9609	-0.1885	0.5879	-0.0667	0.4859	-0.1023	-0.0562	0.2835	-0.0174	0.2016	44.036	4.486	4.516
13	3.0025	0.9939	1.6221	4.2565	1.2888	7.0772	0.1683	0.3534	0.4311	-0.9181	-0.2842	0.5315	-1.058	0.5679	0.116	1.0018	0.1624	-0.1372	0.1476	0.011	0.2422	31.216	38.485	23.318
14	4.9923	-2.6578	-1.7533	7.3214	2.9002	3.1834	0.1764	0.0697	0.0611	-0.2843	-0.2681	0.5997	-0.5491	-0.3995	0.0917	0.6282	0.1704	-0.2409	0.0781	-0.0861	0.43	23.072	29.499	27.433
15	1.5958	-0.2295	0.4981	4.3247	0.7351	1.4651	-0.0765	-0.1428	-0.051	0.2035	-0.0813	0.4684	0.0313	-0.0447	0.1577	0.5194	-0.0066	0.0436	0.2211	-0.0107	0.1043	35.866	7.504	36.97
16	1.8298	-1.5712	0.4157	5.5998	-1.0038	5.8034	-0.1195	-0.0728	0.0492	-0.1521	0.0957	0.7889	-0.3568	-0.4896	0.0237	0.4049	0.0243	-0.2043	0.2448	-0.0215	0.2997	27.287	0.88	11.975

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 67
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	68 - 194
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	195 - 298
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	299 - 378
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	14 - 96
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	97 - 275
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	276 - 305
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	306 - 378
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	6 - 66
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	67 - 190
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	191 - 295
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	296 - 378
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	14 - 124
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	125 - 183
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	184 - 305
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	306 - 378

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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