PDB-2r6i: Crystal structure of Atu1473 protein, a putative chaperone from A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r6i

タイトル

Crystal structure of Atu1473 protein, a putative chaperone from Agrobacterium tumefaciens

要素

Uncharacterized protein Atu1473

キーワード

CHAPERONE / structural genomics / APC6123 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

proton-transporting ATP synthase complex assembly
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Atu1473 protein, a putative chaperone from Agrobacterium tumefaciens.
著者: Osipiuk, J. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r6i.cif.gz	116.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r6i.ent.gz	91.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2r6i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2r6i_validation.pdf.gz	445.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2r6i_full_validation.pdf.gz	458.4 KB	表示
XML形式データ	2r6i_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	2r6i_validation.cif.gz	31.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/2r6i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/2r6i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3esl-d 6l6h-d 5yxy-2 1z85-2 4chm-d 5ok6-d 1x86-3 3wr4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC6123

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein Atu1473

B: Uncharacterized protein Atu1473

63.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein Atu1473

ソフトウェアが定義した集合体
63.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized protein Atu1473

ソフトウェアが定義した集合体
63.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.304, 108.107, 142.393
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

Authors state that the biological unit of this protein is unknown.

#1: タンパク質	Uncharacterized protein Atu1473 / AGR_C_2717p 分子量: 31924.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア) 生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / 遺伝子: Atu1473, AGR_C_2717 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8UFC5, UniProt: A9CJ14*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.71 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M NH4(OAC), 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月2日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→38.8 Å / Num. all: 21099 / Num. obs: 21099 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.5 % / B_iso Wilson estimate: 57.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 23.8
反射シェル	解像度: 2.59→2.69 Å / 冗長度: 13.9 % / R_merge(I) obs: 0.841 / Mean I/σ(I) obs: 3.51 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
HKL-3000		位相決定
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 2.59→38.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 27.68 / SU ML: 0.273 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.751 / ESU R Free: 0.352 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. CNS program has also been used in refinement.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28943	1082	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2398	-	-	-
obs	0.24226	21060	99.32 %	-
all	-	21060	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.261 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.81 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→38.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4202	0	0	30	4232

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	4298
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.678	1.973	5858
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.212	5	538
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.123	24.3	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.962	15	726
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.858	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	676
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3264
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	2020
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	2946
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.273	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.155	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.701	1.5	2750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.169	2	4326
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.892	3	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.958	4.5	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.59→2.65 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.41	75	-
R_work	0.332	1336	-
obs	-	-	91.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3707	-0.5067	-0.7916	12.2433	3.6163	11.1089	0.0041	-0.1103	0.4743	0.6352	0.319	-0.8148	0.0374	0.624	-0.3231	-0.0512	0.0339	-0.0418	-0.0169	0.0468	0.0841	2.8178	52.753	43.8136
2	3.5201	-1.7995	0.8541	9.6359	-0.6124	0.9537	0.0382	-0.143	-0.0663	-0.2034	-0.009	0.2367	0.2504	-0.1754	-0.0292	-0.0324	-0.0688	-0.0037	-0.0088	-0.0076	-0.0311	-13.0676	45.1095	37.4205
3	7.5917	-1.4485	-0.523	0.8899	1.5316	3.3777	-0.1167	-0.4157	-0.2049	0.1378	0.0957	0.4637	0.2466	-0.212	0.021	-0.0961	-0.0451	-0.0007	-0.0394	0.0904	0.0842	-14.4778	52.9201	53.1142
4	0.3619	0.2559	-0.0392	0.4669	0.1921	1.2939	0.1306	-0.1445	-0.1885	-0.0159	0.1001	-0.0309	0.0865	0.0069	-0.2307	-0.0827	0.0203	-0.0118	-0.0328	0.0023	0.0647	2.2354	59.1027	50.8996
5	2.7801	1.2226	-2.2976	4.2933	-4.1366	7.475	0.2899	-0.4781	0.731	0.2507	0.0152	-0.1661	-0.1763	0.4827	-0.3051	-0.0261	-0.0677	0.0705	0.0514	-0.2623	0.1021	15.8397	75.8828	59.2561
6	2.9018	1.4324	1.0719	0.8539	0.6341	0.471	-0.0127	0.4242	0.4266	-0.0758	0.2568	0.1395	-0.1416	0.2133	-0.244	-0.0058	-0.0059	0.0456	0.0935	-0.0004	0.1103	4.8533	71.2734	47.581
7	7.705	2.9731	4.3729	11.232	-2.0473	10.1907	0.261	-0.379	-0.2244	0.1475	0.1819	0.6491	-0.1105	-0.7128	-0.4429	-0.0073	0.0234	-0.0155	-0.0655	-0.033	0.0094	40.3214	71.2108	43.7788
8	3.7081	-2.4247	0.5509	9.453	1.2531	2.3606	-0.1908	0.0048	0.2012	-0.0512	-0.0324	-0.1372	-0.3278	0.3019	0.2231	-0.0402	-0.0735	0.0288	0.0133	0.039	-0.0839	56.2329	78.8089	37.3695
9	2.947	-1.2912	2.0953	0.8897	-1.9286	4.642	-0.0609	-0.3845	0.2264	0.1083	0.0639	-0.4968	-0.2115	0.273	-0.003	-0.0915	-0.0692	0.0135	-0.02	-0.0833	0.0285	57.6359	70.98	53.1272
10	0.5129	0.0539	0.1587	0.4029	-0.5609	1.3446	0.0642	-0.0462	0.2472	0	0.1561	0.0508	-0.0662	-0.091	-0.2203	-0.0461	-0.0046	0.015	-0.017	-0.001	-0.0439	40.9352	64.693	50.8288
11	2.7461	1.9426	2.2656	6.9092	6.6106	9.3618	-0.0933	-0.1465	-0.0825	-0.072	-0.0865	0.8136	-0.0892	-0.7679	0.1798	0.0403	-0.0811	-0.0477	0.0555	0.1985	-0.0678	27.402	47.7259	58.9046
12	2.0368	1.2887	-0.6711	0.8154	-0.4246	0.2211	-0.0275	0.2554	-0.1349	-0.1106	0.1925	-0.0795	0.0771	-0.1152	-0.165	0.0237	-0.0206	-0.0315	0.073	0.0255	-0.0412	38.3439	52.5539	47.3837

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-6 - 7	15 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	8 - 36	29 - 57
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	37 - 78	58 - 99
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	79 - 126	100 - 147
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	127 - 184	148 - 205
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	185 - 261	206 - 282
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	-6 - 7	15 - 28
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	8 - 36	29 - 57
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	37 - 78	58 - 99
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	79 - 126	100 - 147
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	127 - 184	148 - 205
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	185 - 261	206 - 282

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関連情報:EMDBヘッダ

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