PDB-5uya: YfeA from M9 minimal media supplemented with manganese - Zn wavelength

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uya

タイトル

YfeA from M9 minimal media supplemented with manganese - Zn wavelength

要素

Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA

キーワード

METAL TRANSPORT / polyspecific / transition metal / transport

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to iron ion / iron ion transport / periplasmic space / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.719 Å

データ登録者

Radka, C.D. / DeLucas, L.J. / Aller, S.G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of Yersinia pestis virulence factor YfeA reveals two polyspecific metal-binding sites.
著者: Radka, C.D. / DeLucas, L.J. / Wilson, L.S. / Lawrenz, M.B. / Perry, R.D. / Aller, S.G.

履歴

登録	2017年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2017年8月9日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uya.cif.gz	77.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uya.ent.gz	54.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uya.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uya_validation.pdf.gz	434.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uya_full_validation.pdf.gz	436.6 KB	表示
XML形式データ	5uya_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	5uya_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/5uya ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/5uya	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uxsSC 5uxuC 5uy0C 5uy4C 5uy5C 5uybC 5uycC 5uydC 5uyeC 5uyfC 5uygC 5uyhC 5uyvC 5uywC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5uyf-d 5uyg-d 5uyv-d 5uye-d 2osv-2 1k0f-d 5afs-d 5uyc-d 2osv-1 6q1c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA

ヘテロ分子

36.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.793, 52.127, 113.006
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA 分子量: 36048.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: yfeA, YPO2439, y1897, YP_2227 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56952
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.96 % / 解説: tetragonal prism
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.3 詳細: 30% PEG 4000, 20mM Bis-tris propane, 50mM sodium chloride, 0.05% w/v sodium azide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.28215 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月10日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28215 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.719→50 Å / Num. obs: 26994 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 20.66 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 59.1
反射シェル	解像度: 1.719→1.75 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Num. unique obs: 1320 / CC_1/2: 0.965 / R_pim(I) all: 0.154 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000	v712	データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5uxs

5uxs

解像度: 1.719→38.313 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.78

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1922	3763	7.45 %
R_work	0.1645	-	-
obs	0.1665	26936	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.719→38.313 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2153	0	1	293	2447

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2205
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.775	3002
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.04	1331
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	336
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	388

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7191-1.7408	0.2157	132	0.184	1662	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7408-1.7637	0.2499	138	0.1717	1718	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7637-1.7879	0.2398	138	0.1827	1734	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7879-1.8134	0.278	137	0.1902	1753	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8134-1.8405	0.199	139	0.1976	1705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8405-1.8693	0.2693	142	0.1831	1744	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8693-1.8999	0.24	141	0.1916	1757	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8999-1.9327	0.2516	138	0.1969	1683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9327-1.9678	0.2314	145	0.1829	1777	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9678-2.0057	0.2306	138	0.1666	1722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0057-2.0466	0.2079	141	0.1668	1707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0466-2.0911	0.2177	138	0.1646	1782	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0911-2.1397	0.2025	137	0.1631	1689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1397-2.1932	0.2141	143	0.1752	1776	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1932-2.2525	0.1808	137	0.1633	1692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2525-2.3188	0.1891	142	0.161	1751	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3188-2.3936	0.2134	137	0.1734	1750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3936-2.4792	0.2127	138	0.1734	1756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4792-2.5784	0.2171	143	0.1784	1710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5784-2.6957	0.1835	138	0.1662	1722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6957-2.8378	0.2014	142	0.1718	1745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8378-3.0156	0.201	136	0.1771	1748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0156-3.2483	0.2356	142	0.1667	1742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2483-3.575	0.191	135	0.1574	1725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.575-4.0918	0.1409	143	0.1408	1746	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0918-5.1532	0.1452	144	0.1382	1758	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1532-38.3226	0.1543	139	0.1642	1707	X-RAY DIFFRACTION	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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