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- PDB-5uxv: Crystal Structure of Anti-anti-sigma factor PhyR I40V/S51C mutant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uxv
タイトルCrystal Structure of Anti-anti-sigma factor PhyR I40V/S51C mutant from Bartonella quintana
要素Sensory transduction regulatory protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Bartonella quintana / anti-anti-sigma factor / sensory transduction regulation / two-component response regulation / alphaproteobacteria / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / phosphorelay signal transduction system / DNA-templated transcription initiation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Sigma2 domain of PhyR / Response regulator PhyR, sigma-like domain / Signal transduction response regulator PhyR-like, alphaproteobacteria / PhyR, sigma-like (SL) domain / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / : / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 ...: / : / Sigma2 domain of PhyR / Response regulator PhyR, sigma-like domain / Signal transduction response regulator PhyR-like, alphaproteobacteria / PhyR, sigma-like (SL) domain / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / : / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sensory transduction regulatory protein / Sensory transduction regulatory protein, Anti-anti-sigma factor PhyR
類似検索 - 構成要素
生物種Bartonella quintana (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Anti-anti-sigma factor PhyR I40V/S51C mutant from Bartonella quintana
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Dranow, D.M. / Fairman, J.W. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensory transduction regulatory protein
B: Sensory transduction regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4304
ポリマ－59,3062
非ポリマー1242
水79344
1
A: Sensory transduction regulatory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6531
ポリマ－29,6531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sensory transduction regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7773
ポリマ－29,6531
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.500, 121.420, 89.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Sensory transduction regulatory protein


分子量: 29653.064 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bartonella quintana (バクテリア)
株: Toulouse / 遺伝子: BQ10980 / プラスミド: BAQUA.17156.A.DG11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3LUV4, UniProt: A0A0M3KKV8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: SYNERGY1(E12): 7.425% MPD, 0.223M AMMONIUM CITRATE/ CITRIC ACID, PH=5.5 , CRYO PROTECTED WITH 20% EG; BAQUA.17156.A.DG11.PD00341 AT 19.88 MG/ML, TRAY 257812H11
PH範囲: 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月12日 / 詳細: BERYLLIUM LENSES
放射モノクロメーター: DIAMOND [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 20022 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 32.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.61
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 3.24 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2666精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QIC

4qic


解像度: 2.6→49.175 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2372 918 4.59 %
Rwork0.194 --
obs0.1961 20018 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.175 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3683 0 8 44 3735
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023775
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4975136
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.672309
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039610
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003667
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.73710.2988990.24942751X-RAY DIFFRACTION100
2.7371-2.90860.31151190.25152715X-RAY DIFFRACTION100
2.9086-3.13310.27651640.23992656X-RAY DIFFRACTION100
3.1331-3.44830.22371460.20362715X-RAY DIFFRACTION100
3.4483-3.94710.22181300.18962712X-RAY DIFFRACTION100
3.9471-4.97220.1777980.15682804X-RAY DIFFRACTION100
4.9722-49.18350.24271620.1682747X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9551-0.26821.71321.1071.22232.4366-0.00090.1878-0.22060.02080.0338-0.1368-0.11920.2385-0.03780.174-0.02260.01240.23520.03010.231911.5434-24.92662.0501
22.5918-0.37480.51192.558-0.14993.41050.00020.405-0.8694-0.0353-0.0897-0.59590.25880.28680.13360.2478-0.08990.00560.4669-0.09080.48625.5257-35.1913-5.108
31.2717-0.3327-0.73992.4562-0.98232.8648-0.11560.6621-0.8958-0.54550.1038-0.9490.2180.58030.05780.3488-0.04130.12590.6845-0.19120.65637.986-36.8813-13.1209
45.9876-3.9682-1.02939.57851.4982.7732-0.0320.15860.0277-0.0642-0.05140.06350.1216-0.30910.08050.2638-0.0334-0.05940.1972-0.00820.1113-16.9011-31.9402-6.5021
53.5418-3.07310.0526.99951.2942.73410.25150.81460.1521-0.8042-0.1140.26570.0549-0.426-0.11120.3785-0.024-0.05860.41060.06590.2246-17.2631-25.7274-14.0451
64.3871-2.3457-1.83983.5706-0.43661.7644-0.0011-0.2051-0.29250.36390.11650.56420.1084-0.2354-0.11480.1835-0.0386-0.03990.3325-0.01490.2541-24.3428-29.5332-2.4735
74.32070.96150.7623.66261.2874.15770.0627-0.16580.22420.0070.04230.2318-0.182-0.2001-0.10330.1840.00770.00180.26450.02250.2408-11.8131-23.9851.8711
87.80890.2643-0.62593.0373.0115.41630.02630.0342-1.247-0.1849-0.0536-0.66950.50120.46060.0770.1731-0.021-0.02540.2808-0.05140.4657-6.9504-37.1903-3.9392
91.014-0.24810.45213.43260.80061.02-0.0290.1272-0.02390.2623-0.0264-0.07810.174-0.10340.05570.2917-0.07810.03370.297-0.03240.19128.7418-2.5259-16.4972
103.35420.92521.24416.051.49975.3767-0.07570.306-0.0129-0.2343-0.12190.3315-0.0206-0.25150.15030.3164-0.0476-0.02820.3201-0.06290.287225.04877.3151-22.3258
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 64 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 65 through 108 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 109 through 135 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 136 through 148 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 149 through 161 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 162 through 183 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 184 through 242 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 243 through 262 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 2 through 183 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 184 through 260 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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