PDB-5uxh: Structure of Human POFUT1 in complex with GDP-fucose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uxh

タイトル

Structure of Human POFUT1 in complex with GDP-fucose

要素

GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1

キーワード

TRANSFERASE / GDP-fucose / Notch signaling / POFUT1 / T-ALL

機能・相同性

機能・相同性情報

fucosyltransferase activity / peptide-O-fucosyltransferase / protein O-linked glycosylation via fucose / peptide-O-fucosyltransferase activity / Pre-NOTCH Processing in the Endoplasmic Reticulum / protein O-linked glycosylation via N-acetyl-galactosamine / fucose metabolic process / regulation of Notch signaling pathway / protein O-linked glycosylation / somitogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Xu, X. / McMillan, B. / Blacklow, S.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2017
タイトル: Structure of human POFUT1, its requirement in ligand-independent oncogenic Notch signaling, and functional effects of Dowling-Degos mutations.
著者: McMillan, B.J. / Zimmerman, B. / Egan, E.D. / Lofgren, M. / Xu, X. / Hesser, A. / Blacklow, S.C.

履歴

登録	2017年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uxh.cif.gz	299.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uxh.ent.gz	242 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uxh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uxh_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uxh_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5uxh_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	5uxh_validation.cif.gz	37.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/5uxh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/5uxh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ux6SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ux6-1 3zy6-d 5u22-d 5c1s-1 3zy5-d 4h0n-1 3zy2-d 5ky5-d 4q4d-d 3svl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1

B: GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1

ヘテロ分子

85.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
42.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.230, 133.920, 70.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.13, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1 / Peptide-O-fucosyltransferase 1 / O-FucT-1

分子量: 41872.039 Da / 分子数: 2 / 変異: N160A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POFUT1, FUT12, KIAA0180 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H488, peptide-O-fucosyltransferase

#2: 化合物

ChemComp-GFB / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-BETA-L-FUCOPYRANOSE / GDP-フコ-ス

分子量: 589.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₅N₅O₁₅P₂

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.78 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 16.5% v/v PEG3350, 0.05% w/v octyl-beta-D-glucoside, 0.5% v/v glycerol, and 100 mM sodium citrate pH 5.0. The ligand-bound structure was obtained by soaking crystals for 15 minutes in ...詳細: 16.5% v/v PEG3350, 0.05% w/v octyl-beta-D-glucoside, 0.5% v/v glycerol, and 100 mM sodium citrate pH 5.0. The ligand-bound structure was obtained by soaking crystals for 15 minutes in cryopreservation solution containing 2 mM GDP-Fucose immediately prior to freezing

結晶

マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.78 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 16.5% v/v PEG3350, 0.05% w/v octyl-beta-D-glucoside, 0.5% v/v glycerol, and 100 mM sodium citrate pH 5.0. The ligand-bound structure was obtained by soaking crystals for 15 minutes in ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.41→50 Å / Num. obs: 33916 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 5.28
反射シェル	解像度: 2.41→2.46 Å / 冗長度: 4 % / Num. unique obs: 3207 / CC_1/2: 0.441 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5UX6

5ux6

解像度: 2.41→48.709 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.01

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2924	1694	4.99 %	Random selection
R_work	0.2404	-	-	-
obs	0.243	33916	97.88 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.41→48.709 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5534	0	103	72	5709

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5832
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.865	7957
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.352	3415
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	845
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4096-2.4805	0.43	128	0.3982	2482	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4805-2.5605	0.3876	143	0.3613	2683	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5605-2.652	0.3595	143	0.3405	2728	X-RAY DIFFRACTION	99
2.652-2.7582	0.3807	140	0.3354	2675	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7582-2.8837	0.379	143	0.3192	2704	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8837-3.0357	0.3523	144	0.3056	2729	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0357-3.2259	0.349	141	0.2872	2684	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2259-3.4749	0.2998	143	0.2495	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4749-3.8245	0.2841	142	0.2215	2710	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8245-4.3776	0.2339	141	0.2027	2680	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3776-5.5141	0.2343	144	0.1907	2719	X-RAY DIFFRACTION	98
5.5141-48.7193	0.2845	142	0.205	2709	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8341	0.923	-1.0398	2.4978	-1.4482	3.104	0.1504	-0.3303	-0.1354	0.2194	0.0163	0.105	0.2553	-0.0759	-0.1998	0.4785	-0.0003	0.0057	0.6523	0.1252	0.6531	-17.5764	-50.2526	89.834
2	0.9451	0.8109	-0.1986	4.3501	-1.337	4.16	0.1452	-0.3856	-0.1974	0.0875	-0.1654	-1.0522	-0.2651	0.6512	-0.0132	0.6188	-0.0215	0.0029	0.563	0.1251	0.6397	-6.6705	-49.46	91.1502
3	4.0121	0.7658	0.1746	0.6729	-0.9378	2.0933	-0.4574	-1.2661	-0.0643	0.3144	0.2151	-0.1554	-0.5926	-0.1132	0.0242	0.766	0.0939	-0.0765	0.6245	0.0066	0.6017	-12.8931	-41.0581	90.627
4	2.7661	0.6853	-0.1296	2.8954	-1.4704	4.61	0.0328	-0.8133	-0.1824	0.6949	0.2893	0.0372	0.189	0.2183	-0.035	0.8309	0.1654	0.0175	0.8938	0.0773	0.5641	-15.2675	-49.4143	105.061
5	0.808	0.5397	-0.17	1.5964	-0.8907	2.1916	0.1008	0.3315	-0.8915	-0.7219	-0.3619	-0.3651	0.7575	-0.1737	-0.0047	1.1339	0.2331	0.026	0.7569	0.0934	0.9451	-13.6197	-65.8625	94.5979
6	1.6188	-0.1865	-1.0543	1.6972	-0.6683	3.0655	-0.1107	-0.2543	-0.4244	0.259	-0.0951	0.0621	0.6247	0.0009	0.0872	0.7597	-0.0022	-0.0054	0.6587	0.1028	0.8054	-20.4871	-58.5665	93.7597
7	2.6794	1.1851	-0.4427	1.8563	-1.4995	1.3189	0.1639	0.1112	-0.535	0.5356	0.0966	-0.5162	-0.2151	-0.1308	-0.1513	0.499	0.0929	-0.0607	0.581	-0.0591	0.6457	-9.5198	-35.6999	80.1935
8	3.3316	-0.1295	0.4572	1.6512	0.4497	2.9645	-0.2208	-0.0916	-0.8433	-0.6034	0.247	0.0862	0.6351	0.0383	-0.0319	0.5748	-0.0061	0.0276	0.5587	-0.0849	0.7385	-7.3467	-52.3323	65.7757
9	2.0092	0.3993	-1.7372	1.3528	-0.5859	2.9448	0.0131	-0.1432	-0.2787	0.0778	-0.0622	-0.4333	0.0295	0.1774	0.0919	0.4345	-0.0344	-0.0543	0.454	-0.0409	0.6358	1.1555	-38.4429	65.218
10	2.3256	-0.1203	-2.4714	2.2039	-1.0453	3.2345	-0.2717	0.1152	-0.4547	-0.2235	0.1716	0.2513	0.1897	-0.2996	0.0029	0.4758	-0.0328	-0.0629	0.5587	0.0055	0.6482	-12.4954	-41.6035	68.3749
11	2.9448	1.4886	1.5676	4.4032	1.314	2.7687	-0.1058	-0.2367	0.4473	0.2161	0.01	-0.0004	-0.5138	0.0241	0.0767	0.5974	-0.0075	0.0472	0.5431	-0.0324	0.5148	-10.9434	-3.6556	85.2945
12	4.1646	2.7237	0.1109	2.5212	1.0149	2.4876	-0.4496	0.218	1.0962	0.0642	0.1886	0.1055	-0.9671	0.0658	-0.0738	0.6871	-0.0034	-0.0835	0.4937	0.0463	0.7309	-22.2925	-10.9188	61.9722
13	2.8424	0.5759	2.0992	3.318	1.22	3.0651	-0.3025	0.3596	0.4021	-0.3637	0.104	-0.0821	-0.4075	0.248	0.1503	0.4387	-0.0159	-0.0599	0.4611	0.0424	0.6011	-21.3374	-19.8985	62.0793

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 61 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 62 through 81 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 82 through 101 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 102 through 122 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 123 through 147 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 148 through 202 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 203 through 229 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 230 through 286 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 287 through 356 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 357 through 384 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 28 through 229 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 230 through 264 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 265 through 384 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)