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- PDB-5uwu: Crystal Structure of SMAD4 NES Peptide in complex with CRM1-Ran-RanBP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uwu
タイトルCrystal Structure of SMAD4 NES Peptide in complex with CRM1-Ran-RanBP1
要素
  • Exportin-1
  • GTP-binding nuclear protein Ran
  • Mothers against decapentaplegic homolog 4
  • Ran-specific GTPase-activating protein 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / HEAT repeat / NES / nuclear export / Karyopherin
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / female gonad morphogenesis / negative regulation of cardiac myofibril assembly / metanephric mesenchyme morphogenesis / nephrogenic mesenchyme morphogenesis / somite rostral/caudal axis specification / atrioventricular valve formation / activin responsive factor complex / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / mesendoderm development ...positive regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / female gonad morphogenesis / negative regulation of cardiac myofibril assembly / metanephric mesenchyme morphogenesis / nephrogenic mesenchyme morphogenesis / somite rostral/caudal axis specification / atrioventricular valve formation / activin responsive factor complex / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / mesendoderm development / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer / SMAD2/3 MH2 Domain Mutants in Cancer / regulation of hair follicle development / sebaceous gland development / filamin binding / SMAD protein complex / positive regulation of luteinizing hormone secretion / formation of anatomical boundary / RUNX2 regulates bone development / epithelial cell migration / regulation of transforming growth factor beta2 production / heteromeric SMAD protein complex / positive regulation of follicle-stimulating hormone secretion / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / endocardial cell differentiation / neuron fate specification / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / response to transforming growth factor beta / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / secondary palate development / brainstem development / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / tRNA re-export from nucleus / left ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / atrioventricular canal development / cardiac conduction system development / RNA nuclear export complex / outflow tract septum morphogenesis / positive regulation of extracellular matrix assembly / pre-miRNA export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / sulfate binding / Germ layer formation at gastrulation / manchette / cellular response to mineralocorticoid stimulus / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / Formation of definitive endoderm / activin receptor signaling pathway / SMAD protein signal transduction / tRNA export from nucleus / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / SUMOylation of SUMOylation proteins / importin-alpha family protein binding / Signaling by Activin / protein localization to kinetochore / Signaling by NODAL / SUMOylation of RNA binding proteins / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / TGFBR3 expression / gastrulation with mouth forming second / protein localization to nucleolus / U4 snRNA binding / SUMOylation of chromatin organization proteins / I-SMAD binding / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / nuclear export / RNA export from nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / endothelial cell activation / GTP metabolic process / tRNA processing in the nucleus / neural crest cell differentiation / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / Cardiogenesis / spindle pole body / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / MicroRNA (miRNA) biogenesis / nuclear import signal receptor activity / DNA metabolic process / adrenal gland development / embryonic digit morphogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / dynein intermediate chain binding / NLS-bearing protein import into nucleus / ventricular septum morphogenesis / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / seminiferous tubule development / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / MAPK6/MAPK4 signaling / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / uterus development / mitotic sister chromatid segregation / R-SMAD binding
類似検索 - 分子機能
MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain ...MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / SMAD-like domain superfamily / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Ran binding domain / Ran binding protein RanBP1-like / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / small GTPase Ran family profile. / Ran GTPase / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain / SMAD/FHA domain superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Exportin-1 / Ran-specific GTPase-activating protein 1 / GTP-binding nuclear protein Ran / Mothers against decapentaplegic homolog 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Fung, H.Y.J. / Chook, Y.M.
資金援助 米国, 香港, 7件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)International Student Research Fellowship 米国
Croucher FoundationPredoc Research Scholarship 香港
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP120352, RP150053 米国
Welch FoundationI-1532 米国
Leukemia & Lymphoma SocietyScholar Award 米国
University of Texas SouthwesternEndowed Scholars Program 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP120352, RP150053 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Nuclear export receptor CRM1 recognizes diverse conformations in nuclear export signals.
著者: Fung, H.Y. / Fu, S.C. / Chook, Y.M.
履歴
登録2017年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年4月24日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding nuclear protein Ran
B: Ran-specific GTPase-activating protein 1
C: Exportin-1
D: Mothers against decapentaplegic homolog 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,64710
ポリマ－162,7884
非ポリマー8586
水9,782543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11070 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area57760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.385, 106.385, 304.222
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1551-

HOH

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / Androgen receptor-associated protein 24 / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein


分子量: 26758.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62826
#2: タンパク質 Ran-specific GTPase-activating protein 1 / Chromosome stability protein 20 / Perinuclear array-localized protein / Ran-binding protein 1 / RANBP1


分子量: 16521.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / プラスミド: pGEX-4T3-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P41920
#3: タンパク質 Exportin-1 / Chromosome region maintenance protein 1 / Karyopherin-124


分子量: 117458.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / プラスミド: pGEX-4T3-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P30822

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質・ペプチド Mothers against decapentaplegic homolog 4


分子量: 2049.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMAD4 / プラスミド: pMAL-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13485*PLUS

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非ポリマー , 5種, 549分子

#5: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.33 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 16% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 6.4, 200 mM ammonium nitrate, 16 mM HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→50 Å / Num. obs: 84661 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 2.24→2.28 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.908 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4176 / CC1/2: 0.662 / Rpim(I) all: 0.406 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4HB2

4hb2


解像度: 2.24→45.771 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2114 2000 2.4 %
Rwork0.181 --
obs0.1818 83492 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→45.771 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10851 0 52 543 11446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311336
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57515380
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9076902
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391752
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031961
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2405-2.29650.24781180.23374810X-RAY DIFFRACTION83
2.2965-2.35860.25031390.22535661X-RAY DIFFRACTION97
2.3586-2.4280.25711430.21875819X-RAY DIFFRACTION100
2.428-2.50630.2691430.21095800X-RAY DIFFRACTION100
2.5063-2.59590.25261430.20145860X-RAY DIFFRACTION100
2.5959-2.69980.22511420.1965808X-RAY DIFFRACTION100
2.6998-2.82270.22361440.19085862X-RAY DIFFRACTION100
2.8227-2.97150.19651450.19085880X-RAY DIFFRACTION100
2.9715-3.15760.27251440.19475879X-RAY DIFFRACTION100
3.1576-3.40140.20341440.18535918X-RAY DIFFRACTION100
3.4014-3.74350.21341470.17265933X-RAY DIFFRACTION100
3.7435-4.28480.17851470.15275979X-RAY DIFFRACTION100
4.2848-5.39710.16481480.14496036X-RAY DIFFRACTION100
5.3971-45.78050.20211530.18246247X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.662-0.12350.73780.33830.56412.9975-0.06030.05990.0304-0.1280.1134-0.3433-0.2090.23020.07110.1574-0.03450.01570.2647-0.12520.37258.041544.56937.8786
20.5151-0.7502-0.20481.49910.69141.18110.04190.4648-0.1105-0.55420.157-0.4008-0.24650.3359-0.1620.2834-0.09080.13210.3773-0.13710.35667.232946.551425.2075
30.8392-0.7315-0.0483.14450.42451.56410.09210.17460.1059-0.01210.1745-0.6408-0.42530.5262-0.20850.2604-0.11770.07930.3425-0.12280.497211.84153.083138.0876
41.4017-0.3239-0.05380.4943-0.29020.2210.09760.1126-0.33390.01880.0569-0.60590.12440.2119-0.01120.1677-0.0019-0.04470.3028-0.11920.52488.187637.292437.1771
50.8702-0.2466-0.01051.6614-0.82142.25520.04110.0531-0.3747-0.09160.0543-0.2070.27440.0731-0.03390.1430.0367-0.05150.2016-0.06430.3145-1.454134.176938.714
61.5280.1667-0.25471.9311-0.01741.6971-0.0853-0.00540.0061-0.17950.055-0.022-0.0867-0.3441-0.05350.19770.0159-0.01120.2025-0.03520.2745-5.176243.205134.4454
71.3793-0.0925-0.32663.0271-1.38993.09340.01520.1215-0.0491-0.16710.04050.07390.2998-0.1697-0.0810.1495-0.0014-0.02790.2437-0.07130.2152-8.953442.81342.482
81.12660.36140.40671.43390.30481.35170.03520.03350.3754-0.08070.0564-0.0491-0.62720.0563-0.11480.319-0.01630.03710.2365-0.05210.28640.715256.65639.0082
91.4878-0.4029-1.00071.04141.27282.1474-0.06650.4326-0.022-0.22540.2289-0.29570.0505-0.0063-0.0670.8652-0.5930.16381.1504-0.23250.752221.280372.731217.4416
103.02970.6034-0.23972.6335-0.51761.94950.03070.15630.2581-0.18910.3003-0.0925-0.25380.8193-0.15440.5269-0.23930.18390.7272-0.2460.55229.037259.39397.7491
110.0078-0.0186-0.05270.1650.43411.05860.0546-0.2580.0112-0.00960.1314-0.1547-0.5970.3326-0.07260.7146-0.16130.1730.5073-0.08090.5823.382274.531133.0884
122.67180.18081.07741.8086-1.17161.30820.15680.1534-0.53220.01440.1651-0.39050.30340.4297-0.1380.5444-0.09590.14050.5517-0.03810.55311.241354.452514.3259
130.86920.13690.16851.2491-0.4340.2888-0.1562-0.06940.02090.09490.12350.2159-0.61330.32490.11180.7954-0.28180.19150.4079-0.05440.45076.605573.282325.1636
141.11991.11450.05561.71540.50630.3371-0.01770.1006-0.0955-0.23250.1783-0.1037-0.77160.8293-0.01050.5663-0.26650.15230.5601-0.06050.446611.131567.829514.4098
150.82690.77380.25022.57410.56720.1399-0.12710.21590.2533-0.29410.07950.1875-0.86030.3501-0.04570.8216-0.29780.14560.40680.0050.49344.242173.999212.0564
160.6116-0.13140.21.53490.50480.79670.0029-0.1726-0.10.96290.2373-0.79290.52830.3662-0.0330.21480.1982-0.33680.3278-0.10080.59638.201225.476853.5808
171.3889-0.52520.61781.3167-0.4142.32770.01910.04630.080.06850.0182-0.0119-0.1869-0.2394-0.04850.19040.02070.02360.2625-0.05090.1336-26.303454.394648.3283
182.0191-0.8308-0.40151.21830.43671.66570.0105-0.03260.1693-0.13540.14690.0034-0.5074-0.2163-0.12580.3290.08380.05630.30410.05780.1688-26.458355.74614.3951
190.7073-0.61740.71020.9571-1.28912.00030.15290.0736-0.2739-0.1080.08420.20020.15320.0414-0.16330.22540.0088-0.00020.2421-0.07580.3205-8.855317.440914.6949
204.588-0.24820.40834.96710.03894.37250.02320.00860.18210.06180.05590.1663-0.1129-0.049-0.05451.04590.350.12880.5770.09940.8667-33.912277.455926.8898
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 22 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 44 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 45 through 66 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 67 through 91 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 92 through 111 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 112 through 132 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 133 through 148 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 149 through 179 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 180 through 193 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 194 through 216 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 63 through 97 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 98 through 106 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 107 through 133 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 134 through 171 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 172 through 200 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid -1 through 268 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 269 through 569 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 570 through 808 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 809 through 1053 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 141 through 149 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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