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- PDB-5uui: Crystal Structure of Spin-Labeled T77C TNFa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uui
タイトルCrystal Structure of Spin-Labeled T77C TNFa
要素Tumor necrosis factor
キーワードIMMUNE SYSTEM / T77C / TNFa / TNF alpha / cytokine
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell ...negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / response to macrophage colony-stimulating factor / positive regulation of protein transport / positive regulation of translational initiation by iron / regulation of membrane lipid metabolic process / regulation of endothelial cell apoptotic process / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of protein-containing complex disassembly / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of hair follicle development / response to gold nanoparticle / negative regulation of myelination / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of amyloid-beta clearance / positive regulation of interleukin-18 production / inflammatory response to wounding / death receptor agonist activity / positive regulation of action potential / TNF signaling / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / toll-like receptor 3 signaling pathway / embryonic digestive tract development / negative regulation of D-glucose import / vascular endothelial growth factor production / leukocyte migration involved in inflammatory response / positive regulation of fever generation / response to fructose / positive regulation of neuroinflammatory response / necroptotic signaling pathway / positive regulation of synoviocyte proliferation / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of mononuclear cell migration / positive regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of protein-containing complex disassembly / regulation of establishment of endothelial barrier / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative phosphorylation / cellular response to toxic substance / positive regulation of protein localization to cell surface / positive regulation of osteoclast differentiation / macrophage activation involved in immune response / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / regulation of immunoglobulin production / TNFR1-mediated ceramide production / positive regulation of programmed cell death / negative regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / response to L-glutamate / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of fat cell differentiation / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / TNFR1-induced proapoptotic signaling / negative regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of metabolic process / regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of heart rate / positive regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of viral genome replication / response to isolation stress / regulation of synapse organization / negative regulation of fat cell differentiation / negative regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of JUN kinase activity / Interleukin-10 signaling / positive regulation of MAP kinase activity / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / humoral immune response / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of lipid storage / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of glial cell proliferation / negative regulation of osteoblast differentiation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of synaptic transmission / skeletal muscle contraction
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily ...Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MTN / Tumor necrosis factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Horanyi, P.S. / Dranow, D.M. / Ceska, T.
引用ジャーナル: Biophys. J. / 年: 2017
タイトル: Natural Conformational Sampling of Human TNF alpha Visualized by Double Electron-Electron Resonance.
著者: Carrington, B. / Myers, W.K. / Horanyi, P. / Calmiano, M. / Lawson, A.D.G.
履歴
登録2017年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7242
ポリマ－17,4601
非ポリマー2641
水93752
1
A: Tumor necrosis factor
ヘテロ分子

A: Tumor necrosis factor
ヘテロ分子

A: Tumor necrosis factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1726
ポリマ－52,3793
非ポリマー7933
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area16320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.660, 65.660, 84.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-351-

HOH

21A-352-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor / Cachectin / TNF-alpha / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 2 / TNF-a


分子量: 17459.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MTSL / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNF, TNFA, TNFSF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01375
#2: 化合物 ChemComp-MTN / S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate / MTSL


分子量: 264.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H18NO3S2 / 詳細: MTSL / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.44 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: TNFa (VCID10616, B114005) at 10 mg/ml (in 10 mM HEPES, pH = 7.5, 150 mM NaCl) was mixed with an equal volume of protein solution and a solution containing 24% (w/v) PEG-4000, 0.24 M MgCl2, 0. ...詳細: TNFa (VCID10616, B114005) at 10 mg/ml (in 10 mM HEPES, pH = 7.5, 150 mM NaCl) was mixed with an equal volume of protein solution and a solution containing 24% (w/v) PEG-4000, 0.24 M MgCl2, 0.05% DDM, and 0.1 M HEPES/NaOH, pH=8.5. Crystals were produced by sitting drop vapor diffusion at 16 degrees Celsius. Crystals were then soaked with the same solution supplemented with 10% MTSL for one week and harvested with paraffin oil.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月2日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→32.83 Å / Num. obs: 26091 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.78 % / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 12.71
反射 シェル解像度: 1.4→1.43 Å / 冗長度: 3.02 % / Num. unique obs: 1816 / CC1/2: 0.608 / Rsym value: 0.572 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2356: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1tnf

1tnf


解像度: 1.4→32.83 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 17.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.17 2115 8.2 %
Rwork0.1393 --
obs0.1478 26091 97.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→32.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1018 0 0 52 1070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111051
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2741441
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.184368
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005184
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4005-1.4330.27041450.24961477X-RAY DIFFRACTION83
1.433-1.46870.23381320.23651643X-RAY DIFFRACTION92
1.4687-1.50830.22951380.21351618X-RAY DIFFRACTION92
1.5083-1.55250.19541660.18791600X-RAY DIFFRACTION90
1.5525-1.60250.20061620.18471602X-RAY DIFFRACTION91
1.6025-1.65950.17791720.1831569X-RAY DIFFRACTION90
1.6595-1.72560.20771260.17111652X-RAY DIFFRACTION93
1.7256-1.80370.14921000.17021650X-RAY DIFFRACTION93
1.8037-1.89820.18871380.16211606X-RAY DIFFRACTION91
1.8982-2.01620.191590.15861579X-RAY DIFFRACTION89
2.0162-2.17040.18081500.15741601X-RAY DIFFRACTION90
2.1704-2.38620.19921570.15281565X-RAY DIFFRACTION89
2.3862-2.72530.151160.14181611X-RAY DIFFRACTION91
2.7253-3.41080.15611310.1231574X-RAY DIFFRACTION89
3.4108-10.0030.14311240.09371555X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0587-0.1275-2.14522.9478-0.60384.26390.16530.08230.0414-0.0912-0.0723-0.2793-0.24970.4102-0.11690.046-0.0073-0.02180.1332-0.0380.121250.754757.817815.4305
22.6318-1.31811.2444.37111.85672.2453-0.0872-0.06740.34010.09440.1223-0.2935-0.060.1633-0.01280.0744-0.00880.0010.1205-0.0250.131351.038861.142720.0789
31.29140.2488-0.28551.1344-0.55782.6520.0264-0.0025-0.0899-0.01460.0325-0.11480.130.034-0.070.05810.0003-0.01370.0701-0.01290.098244.326950.58914.6831
42.45080.8623-1.07931.49550.57292.5401-0.06710.069-0.26010.05440.0467-0.21130.2940.04350.14190.10850.0153-0.00520.0781-0.02390.149541.702844.46279.7795
51.18610.2446-0.91622.0677-1.94495.27180.060.0870.0433-0.01410.076-0.018-0.0762-0.1735-0.14670.05540.0021-0.00280.0819-0.0140.081938.085354.11399.4442
61.1214-0.20540.00153.2907-2.89193.18510.0873-0.0754-0.2935-0.0464-0.0583-0.16270.49880.52430.31290.15180.0194-0.05970.15960.01520.147346.484644.464421.2047
70.3875-0.5774-0.26771.27371.48593.66990.055-0.00040.0545-0.10280.0245-0.1077-0.10090.11-0.07020.0397-0.01180.00490.1004-0.01640.102145.552956.82989.2038
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 27 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 38 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 39 through 83 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 112 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 113 through 126 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 127 through 135 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 136 through 157 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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