PDB-5uth: Crystal structure of thioredoxin reductase from Mycobacterium sme...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uth

タイトル

Crystal structure of thioredoxin reductase from Mycobacterium smegmatis in complex with FAD

要素

Thioredoxin reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Mycobacerium smegmatis / thiredoxin reductase / FAD / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / removal of superoxide radicals / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of thioredoxin reductase from Mycobacterium smegmatis in complex with FAD
著者: Abendroth, J. / Irwin, R.M. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月12日	Group: Other
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uth.cif.gz	143.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uth.ent.gz	108.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uth.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/5uth ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/5uth	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2a87S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5uwy-1 3f8r-2 2a87-d 3f8d-2 2q7v-d 2q0l-d 4jnq-1 1tde-1 3mf4-d 4s12-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MysmA.00058.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thioredoxin reductase

ヘテロ分子

36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thioredoxin reductase

ヘテロ分子

A: Thioredoxin reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.280, 69.280, 153.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-718- HOH
2	1	A-781- HOH
3	1	A-798- HOH

#1: タンパク質	Thioredoxin reductase 分子量: 34578.730 Da / 分子数: 1 / 断片: MysmA.00058.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: trxB, MSMEG_6933, MSMEI_6742 / プラスミド: MysmA.00058.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0R7I9, thioredoxin-disulfide reductase (NADPH)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.1 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: AnatraceTop96 screen, E1: 2M Ammonium sulfate, 100mM BisTris pH 5.5: MysmA.00058.a.B1.PS38133 at 22.8mg/ml + 3mM NADP. Over night soak with 5x drop volume of FAD in reservoir: cryo: 3M ...詳細: AnatraceTop96 screen, E1: 2M Ammonium sulfate, 100mM BisTris pH 5.5: MysmA.00058.a.B1.PS38133 at 22.8mg/ml + 3mM NADP. Over night soak with 5x drop volume of FAD in reservoir: cryo: 3M Ammonium sulfate; tray 248209h3, puck xtp3-5.

結晶

マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.1 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: AnatraceTop96 screen, E1: 2M Ammonium sulfate, 100mM BisTris pH 5.5: MysmA.00058.a.B1.PS38133 at 22.8mg/ml + 3mM NADP. Over night soak with 5x drop volume of FAD in reservoir: cryo: 3M ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月22日

放射

モノクロメーター: Rigaku VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→38.976 Å / Num. obs: 31655 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.399 % / B_iso Wilson estimate: 26.2 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_rim(I) all: 0.062 / Χ²: 1.056 / Net I/σ(I): 24.69

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.95-2	4.398	0.398	3.27	2154	2154	0.937	0.452	93.7
2-2.06	5.497	0.315	4.81		2241	0.966	0.348	98.7
2.06-2.12	7.134	0.276	6.78		2216	0.98	0.298	99.9
2.12-2.18	9.899	0.228	9.61		2135	0.992	0.24	99.9
2.18-2.25	9.856	0.243	11.06		2032	0.992	0.257	97
2.25-2.33	10.121	0.196	13.21		1914	0.996	0.207	94.9
2.33-2.42	10.7	0.148	14.92		1938	0.997	0.156	100
2.42-2.52	10.7	0.131	16.49		1884	0.997	0.137	99.8
2.52-2.63	10.721	0.112	18.9		1806	0.998	0.117	100
2.63-2.76	10.742	0.093	22.35		1742	0.999	0.097	100
2.76-2.91	10.752	0.077	26.83		1660	0.999	0.081	100
2.91-3.08	10.779	0.063	32.64		1554	0.999	0.066	100
3.08-3.3	10.674	0.049	41.99		1486	0.999	0.051	100
3.3-3.56	10.469	0.044	47.55		1368	0.999	0.046	100
3.56-3.9	9.854	0.039	53.48		1285	0.999	0.042	99.7
3.9-4.36	10.231	0.033	59.47		1172	1	0.035	100
4.36-5.03	10.338	0.03	63.09		1033	1	0.031	99.8
5.03-6.17	10.434	0.031	55.85		892	1	0.033	99.9
6.17-8.72	10.072	0.028	59.42		718	1	0.029	100
8.72-50	8.887	0.021	67.18		425	1	0.022	97

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2 Å	38.98 Å
Translation	2 Å	38.98 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2a87 as found by morda

2a87

解像度: 1.95→38.976 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.92

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2019	1937	6.13 %	0
R_work	0.167	-	-	-
obs	0.1691	31595	98.84 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.28 Å² / B_iso mean: 35.5459 Å² / B_iso min: 12.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→38.976 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2258	0	103	301	2662
B_iso mean	-	-	42.63	41.88	-
残基数	-	-	-	-	306

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2440
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.802	3340
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	379
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	467
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.487	1447

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9501-1.9988	0.2673	133	0.2098	1943	2076	94
1.9988-2.0529	0.2261	134	0.1879	2085	2219	98
2.0529-2.1133	0.2365	144	0.185	2106	2250	100
2.1133-2.1815	0.2193	112	0.1763	2112	2224	100
2.1815-2.2594	0.327	123	0.2568	2074	2197	97
2.2594-2.3499	0.2572	131	0.1857	2034	2165	95
2.3499-2.4568	0.2121	158	0.1674	2095	2253	100
2.4568-2.5863	0.2313	121	0.1744	2129	2250	100
2.5863-2.7483	0.1931	131	0.1698	2146	2277	100
2.7483-2.9605	0.2053	131	0.1753	2156	2287	100
2.9605-3.2583	0.2061	184	0.1739	2101	2285	100
3.2583-3.7294	0.2048	139	0.1541	2173	2312	100
3.7294-4.6974	0.151	164	0.126	2173	2337	100
4.6974-38.9838	0.177	132	0.1641	2331	2463	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1974	-0.3867	-0.366	2.3712	1.1052	2.4894	0.0568	-0.0956	0.0492	0.1797	0.0658	-0.1472	-0.0885	0.2377	-0.1338	0.1253	-0.0322	0.0051	0.2193	-0.0228	0.1431	22.7772	9.1791	-13.4229
2	0.9095	-2.2162	1.0295	7.7025	-4.0311	3.1878	-0.0338	-0.1444	-0.0216	0.4868	0.1564	-0.0459	-0.0518	0.1065	-0.1444	0.2246	0.0148	-0.0079	0.2709	-0.0093	0.1938	17.0287	-1.8182	-6.6309
3	0.8626	0.0003	-0.8506	4.0456	-2.5961	4.0061	-0.2937	0.1127	-0.0685	-0.4269	0.4432	0.1508	0.5488	-0.2473	-0.093	0.3427	0.0057	-0.0232	0.3891	0.057	0.2714	17.518	-24.0484	-8.8071
4	0.9407	-0.5185	-0.3223	2.5125	-0.4687	1.7083	0.0155	-0.0575	-0.0514	0.1737	0.0632	0.2746	-0.0798	-0.1693	-0.0927	0.1133	-0.0045	0.0167	0.2256	-0.0002	0.1572	9.8703	2.0944	-15.3944

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 107 )	A	5 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 108 through 128 )	A	108 - 128
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 129 through 231 )	A	129 - 231
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 232 through 310 )	A	232 - 310

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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