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- PDB-5utf: Crystal Structure of a Stabilized DS-SOSIP.6mut BG505 gp140 HIV-1... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5utf | |||||||||
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Title | Crystal Structure of a Stabilized DS-SOSIP.6mut BG505 gp140 HIV-1 Env Trimer, Containing Mutations I201C-P433C (DS), L154M, Y177W, N300M, N302M, T320L, I420M in Complex with Human Antibodies PGT122 and 35O22 at 4.3 A | |||||||||
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Function / homology | ![]() positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Pancera, M. / Chuang, G.-Y. / Xu, K. / Kwong, P.D. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Structure-Based Design of a Soluble Prefusion-Closed HIV-1 Env Trimer with Reduced CD4 Affinity and Improved Immunogenicity. Authors: Chuang, G.Y. / Geng, H. / Pancera, M. / Xu, K. / Cheng, C. / Acharya, P. / Chambers, M. / Druz, A. / Tsybovsky, Y. / Wanninger, T.G. / Yang, Y. / Doria-Rose, N.A. / Georgiev, I.S. / Gorman, ...Authors: Chuang, G.Y. / Geng, H. / Pancera, M. / Xu, K. / Cheng, C. / Acharya, P. / Chambers, M. / Druz, A. / Tsybovsky, Y. / Wanninger, T.G. / Yang, Y. / Doria-Rose, N.A. / Georgiev, I.S. / Gorman, J. / Joyce, M.G. / O'Dell, S. / Zhou, T. / McDermott, A.B. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 617.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 516.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5utyC ![]() 4tvpS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Envelope glycoprotein ... , 2 types, 2 molecules GB
#1: Protein | ![]() Mass: 54191.680 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: L154M, Y177W, N300M, N302M, T320L, I420M Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 17146.482 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: I201C-P433C (DS) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Antibody , 4 types, 4 molecules LHDE
#3: Antibody | Mass: 22880.275 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#4: Antibody | Mass: 25434.691 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#5: Antibody | Mass: 26170.533 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#6: Antibody | Mass: 23318.824 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Sugars , 7 types, 21 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#7: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose![]() Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||||||||
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#8: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose![]() Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||||||||
#9: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ![]() Source method: isolated from a genetically manipulated source #10: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ![]() Source method: isolated from a genetically manipulated source #11: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ![]() Source method: isolated from a genetically manipulated source #12: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ![]() Source method: isolated from a genetically manipulated source #13: Sugar | ChemComp-NAG / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.13 Å3/Da / Density % sol: 70.25 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 13.2% PEG 400, 6.6% PEG 8000, 0.1M. Sodium acetate/Acetic acid pH 4.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Mar 21, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 3.5→50 Å / Num. obs: 18609 / % possible obs: 63.2 % / Redundancy: 2.3 % Data reduction details: The overall resolution is 4.3 angstroms, which is the highest resolution for which completeness is greater than 50% with I over sigma(I)greater than 2. DS-SOSIP.6mut ternary ...Data reduction details: The overall resolution is 4.3 angstroms, which is the highest resolution for which completeness is greater than 50% with I over sigma(I)greater than 2. DS-SOSIP.6mut ternary complex crystal diffraction data were assessed for anisotropy with the Diffraction Anisotropy Server (http://services.mbi.ucla.edu/anisoscale/), which indicates the resolution at which F over sigma drops below 3.0 along a, b, and c axes; these were 5.5 angstroms, 5.5 angstroms, 3.5 angstroms, respectively. Because we sought to use as much of the data as possible for refinement, we used the overall resolution described above to define the resolution of the a and b axes, with the resolution limit for the c axis defined by the Diffraction Anisotropy Server. Net I/σ(I): 4.3 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 4TVP Resolution: 3.503→38.982 Å / SU ML: 0.63 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / Phase error: 32.56 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.503→38.982 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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