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万見
- PDB-5urn: NMR structure of the complex between the PH domain of the Tfb1 su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5urn
タイトルNMR structure of the complex between the PH domain of the Tfb1 subunit from TFIIH and the transactivation domain 1 of p65
要素
  • RNA polymerase II transcription factor B subunit 1
  • Transcription factor p65
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION FACTOR TFIIH / TRANSACTIVATION DOMAIN / NUCLEAR FACTOR KAPPA-B / TRANSCRIPTIONAL ACTIVATION / P62/TFB1 SUBUNIT
機能・相同性
機能・相同性情報


prolactin signaling pathway / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / IkBA variant leads to EDA-ID / positive regulation of Schwann cell differentiation / nucleotide-excision repair factor 3 complex / cellular response to peptidoglycan / Regulated proteolysis of p75NTR ...prolactin signaling pathway / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / IkBA variant leads to EDA-ID / positive regulation of Schwann cell differentiation / nucleotide-excision repair factor 3 complex / cellular response to peptidoglycan / Regulated proteolysis of p75NTR / ankyrin repeat binding / SUMOylation of immune response proteins / CLEC7A/inflammasome pathway / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / postsynapse to nucleus signaling pathway / negative regulation of protein sumoylation / Interleukin-1 processing / defense response to tumor cell / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / cellular response to interleukin-6 / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / actinin binding / response to UV-B / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / signal transduction involved in regulation of gene expression / non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of miRNA metabolic process / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / Regulation of NFE2L2 gene expression / interleukin-1-mediated signaling pathway / NF-kappaB complex / vascular endothelial growth factor signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of amyloid-beta formation / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / response to cobalamin / phosphate ion binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / RNA Polymerase I Promoter Escape / cellular response to lipoteichoic acid / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / response to muramyl dipeptide / TRAF6 mediated NF-kB activation / The NLRP3 inflammasome / Transcriptional Regulation by VENTX / cellular response to interleukin-1 / Dual incision in TC-NER / general transcription initiation factor binding / cellular response to angiotensin / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / canonical NF-kappaB signal transduction / hair follicle development / response to amino acid / neuropeptide signaling pathway / NF-kappaB binding / transcription by RNA polymerase I / cellular defense response / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / response to cAMP / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / response to muscle stretch / antiviral innate immune response / positive regulation of interleukin-12 production / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / CD209 (DC-SIGN) signaling / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / response to cytokine / response to interleukin-1 / negative regulation of miRNA transcription / NF-kB is activated and signals survival / peptide binding / negative regulation of angiogenesis / liver development / response to progesterone / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to ischemia / animal organ morphogenesis / positive regulation of interleukin-8 production / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / response to insulin / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Activation of NF-kappaB in B cells / protein catabolic process
類似検索 - 分子機能
Transcription factor RelA (p65) / TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / BSD domain / BSD domain superfamily / BSD domain / BSD domain profile. / domain in transcription factors and synapse-associated proteins / NF-kappa-B/Dorsal ...Transcription factor RelA (p65) / TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / BSD domain / BSD domain superfamily / BSD domain / BSD domain profile. / domain in transcription factors and synapse-associated proteins / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / p53-like transcription factor, DNA-binding / PH-like domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Roll / Immunoglobulin-like fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 / Transcription factor p65
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lecoq, L. / Omichinski, J.G. / Raiola, L. / Cyr, N. / Chabot, P. / Arseneault, G. / Legault, P.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Structural characterization of interactions between transactivation domain 1 of the p65 subunit of NF-kappa B and transcription regulatory factors.
著者: Lecoq, L. / Raiola, L. / Chabot, P.R. / Cyr, N. / Arseneault, G. / Legault, P. / Omichinski, J.G.
履歴
登録2017年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年3月8日ID: 2N22
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Derived calculations
改定 1.22017年4月5日Group: Database references
改定 1.32017年5月31日Group: Database references
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase II transcription factor B subunit 1
B: Transcription factor p65


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2822
ポリマ－16,2822
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area980 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10330 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 260structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase II transcription factor B subunit 1 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 / TFIIH subunit TFB1 / RNA polymerase ...General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 / TFIIH subunit TFB1 / RNA polymerase II transcription factor B 73 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor B p73 subunit


分子量: 12903.701 Da / 分子数: 1 / 断片: PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN, UNP RESIDUES 2-115 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TFB1, YDR311W, D9740.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32776
#2: タンパク質・ペプチド Transcription factor p65 / Nuclear factor NF-kappa-B p65 subunit / Nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells 3


分子量: 3378.591 Da / 分子数: 1 / 断片: TRANSACTIVATION DOMAIN 1, UNP RESIDUES 521-551 / Mutation: L523Y / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The first GS residues come from a purification TAG. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RELA, NFKB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04206

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
123isotropic32D 1H-13C HSQC aliphatic
133isotropic32D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic13D HBHA(CO)NH
171isotropic13D (H)CCH-TOCSY
181isotropic13D 1H-15N NOESY
193isotropic33D 1H-13C NOESY
1103isotropic33D INTERMOLECULAR NOESY
1111isotropic13D C(CO)NH
1122isotropic12D 1H-15N HSQC
1132isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1142isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1152isotropic13D HNCO
1162isotropic13D HN(CA)CB
1172isotropic13D 1H-15N NOESY
1184isotropic33D 1H-13C NOESY
1194isotropic33D INTERMOLECULAR NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR B SUBUNIT 1, 1.6 mM TRANSCRIPTION FACTOR P65, 90% H2O/10% D2O13C-15N labeled Tfb1 with 2 equivalents of unlabeled p65-TA1.Tfb1-p6590% H2O/10% D2O
solution30.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR B SUBUNIT 1, 1.6 mM TRANSCRIPTION FACTOR P65, 100% D2O13C-15N labeled Tfb1 with 2 equivalents of unlabeled p65-TA1 in D20.Tfb1-p65-D2O100% D2O
solution20.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TRANSCRIPTION FACTOR P65, 1.6 mM RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR B SUBUNIT 1, 90% H2O/10% D2O13C-15N labeled p65-TA1 with 2 equivalents of unlabeled Tfb1.p65-Tfb190% H2O/10% D2O
solution40.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TRANSCRIPTION FACTOR P65, 1.6 mM RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR B SUBUNIT 1, 100% D2O13C-15N labeled p65-TA1 with 2 equivalents of unlabeled Tfb1 in D2O.p65-Tfb1-D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMRNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR B SUBUNIT 1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1.6 mMTRANSCRIPTION FACTOR P65natural abundance1
0.8 mMRNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR B SUBUNIT 1[U-99% 13C; U-99% 15N]3
1.6 mMTRANSCRIPTION FACTOR P65natural abundance3
0.8 mMTRANSCRIPTION FACTOR P65[U-99% 13C; U-99% 15N]2
1.6 mMRNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR B SUBUNIT 1natural abundance2
0.8 mMTRANSCRIPTION FACTOR P65[U-99% 13C; U-99% 15N]4
1.6 mMRNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR B SUBUNIT 1natural abundance4
試料状態イオン強度: 0 mM / Label: Condition1 / pH: 6.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER A. T. ET.AL.精密化
YASARAKRIEGER ET AL精密化
ARIA構造決定
CCPNMR構造決定
VNMR構造決定
NMRPipe構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: SIDECHAINS OPTIMIZATION WITH YASARA
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 260 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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