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- PDB-5ur9: Enantiomer-Specific Binding of the Potent Antinociceptive Agent S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ur9
タイトルEnantiomer-Specific Binding of the Potent Antinociceptive Agent SBFI-26 to Anandamide transporters FABP5
要素Fatty acid-binding protein, epidermal
キーワードLIPID BINDING PROTEIN/INHIBITOR / inhibitor / LIPID BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of retrograde trans-synaptic signaling by endocanabinoid / lipid transport across blood-brain barrier / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / regulation of sensory perception of pain / phosphatidylcholine biosynthetic process / retinoic acid binding / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin ...regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of retrograde trans-synaptic signaling by endocanabinoid / lipid transport across blood-brain barrier / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / regulation of sensory perception of pain / phosphatidylcholine biosynthetic process / retinoic acid binding / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / Signaling by Retinoic Acid / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / Triglyceride catabolism / epidermis development / long-chain fatty acid transport / fatty acid transport / postsynaptic cytosol / postsynaptic density, intracellular component / secretory granule membrane / fatty acid binding / lipid metabolic process / glucose metabolic process / azurophil granule lumen / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / postsynaptic density / Neutrophil degranulation / synapse / lipid binding / glutamatergic synapse / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8KS / MYRISTIC ACID / Fatty acid-binding protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19800343737 Å
データ登録者Hsu, H.-C. / Li, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)DA035924 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: The Antinociceptive Agent SBFI-26 Binds to Anandamide Transporters FABP5 and FABP7 at Two Different Sites.
著者: Hsu, H.C. / Tong, S. / Zhou, Y. / Elmes, M.W. / Yan, S. / Kaczocha, M. / Deutsch, D.G. / Rizzo, R.C. / Ojima, I. / Li, H.
履歴
登録2017年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.22019年12月11日Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, epidermal
B: Fatty acid-binding protein, epidermal
C: Fatty acid-binding protein, epidermal
D: Fatty acid-binding protein, epidermal
E: Fatty acid-binding protein, epidermal
F: Fatty acid-binding protein, epidermal
G: Fatty acid-binding protein, epidermal
H: Fatty acid-binding protein, epidermal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,95337
ポリマ－123,7428
非ポリマー6,21129
水6,197344
1
A: Fatty acid-binding protein, epidermal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4076
ポリマ－15,4681
非ポリマー9395
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fatty acid-binding protein, epidermal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3115
ポリマ－15,4681
非ポリマー8434
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Fatty acid-binding protein, epidermal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3115
ポリマ－15,4681
非ポリマー8434
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Fatty acid-binding protein, epidermal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3115
ポリマ－15,4681
非ポリマー8434
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Fatty acid-binding protein, epidermal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0824
ポリマ－15,4681
非ポリマー6153
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Fatty acid-binding protein, epidermal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9863
ポリマ－15,4681
非ポリマー5192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Fatty acid-binding protein, epidermal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3215
ポリマ－15,4681
非ポリマー8534
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Fatty acid-binding protein, epidermal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2254
ポリマ－15,4681
非ポリマー7573
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.990, 78.110, 78.830
Angle α, β, γ (deg.)61.660, 69.610, 78.010
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
詳細Monomer as determined by gel filtration

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Fatty acid-binding protein, epidermal / Epidermal-type fatty acid-binding protein / E-FABP / Fatty acid-binding protein 5 / Psoriasis- ...Epidermal-type fatty acid-binding protein / E-FABP / Fatty acid-binding protein 5 / Psoriasis-associated fatty acid-binding protein homolog / PA-FABP


分子量: 15467.732 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01469

-
非ポリマー , 5種, 373分子

#2: 化合物
ChemComp-8KS / (1S,2S,3S,4S)-3-{[(naphthalen-1-yl)oxy]carbonyl}-2,4-diphenylcyclobutane-1-carboxylic acid


分子量: 422.472 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H22O4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID


分子量: 228.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 2% polyethylene glycol 400, and 2.1 M ammonium sulfate 15

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.198→54.94 Å / Num. obs: 63855 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 35.668891815 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.198→2.32 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 8986 / CC1/2: 0.787 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LKP

4lkp


解像度: 2.19800343737→40.7600279886 Å / SU ML: 0.290867111957 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97336789233 / 位相誤差: 25.892558969
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236864061658 3231 5.06156593665 %
Rwork0.196655333535 --
obs0.198676383641 63834 92.4701587669 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.2183468876 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19800343737→40.7600279886 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8466 0 427 344 9237
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007972350018328997
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96925476444212077
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05265834533261371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005692385858091490
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.31857756225336
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.198-2.23080.3447067968041260.2836549296412416X-RAY DIFFRACTION83.5359842261
2.2308-2.26570.3406250158571250.2656028863642536X-RAY DIFFRACTION90.4794287657
2.2657-2.30280.3058430183341450.2509962328382682X-RAY DIFFRACTION92.2048271363
2.3028-2.34250.3065854672691360.2440011026812559X-RAY DIFFRACTION91.9481405664
2.3425-2.38510.2773818803081450.2408851803972666X-RAY DIFFRACTION92.0432220039
2.3851-2.4310.2867754462581420.2221871947862621X-RAY DIFFRACTION92.998990239
2.431-2.48060.3003672765651460.2277286232632627X-RAY DIFFRACTION92.8045515395
2.4806-2.53450.2797745575971460.2142123358542659X-RAY DIFFRACTION93.0039787798
2.5345-2.59350.2380321456841590.2125252124872681X-RAY DIFFRACTION93.8532716457
2.5935-2.65830.2589236131021470.2114224719132647X-RAY DIFFRACTION93.1022992336
2.6583-2.73020.3095337336531350.2149321811782651X-RAY DIFFRACTION93.2396251673
2.7302-2.81050.2889693101151450.2177170744642673X-RAY DIFFRACTION93.3112582781
2.8105-2.90120.2645674024961500.2186992485332659X-RAY DIFFRACTION93.6333333333
2.9012-3.00480.2730146007071330.2193324037272665X-RAY DIFFRACTION93.5160427807
3.0048-3.12510.2727600349241480.2172062786982665X-RAY DIFFRACTION93.5483870968
3.1251-3.26730.2637861872591360.2031872131032660X-RAY DIFFRACTION93.3555926544
3.2673-3.43950.2129432334241200.1861610425382673X-RAY DIFFRACTION93.661971831
3.4395-3.65480.2305825649991500.1811631198032669X-RAY DIFFRACTION93.7167553191
3.6548-3.93680.207358328541440.1850088172442655X-RAY DIFFRACTION93.1757656458
3.9368-4.33260.1968728804921490.1686877381662660X-RAY DIFFRACTION93.6957971981
4.3326-4.95860.1626834576771250.1510893617632667X-RAY DIFFRACTION92.9427430093
4.9586-6.24370.1995088266061290.1759872159352662X-RAY DIFFRACTION92.9094540613
6.2437-40.7670.2157096127451500.19828697732550X-RAY DIFFRACTION90.2406417112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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