PDB-5ur5: PYR1 bound to the rationally designed agonist 4m

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ur5

タイトル

PYR1 bound to the rationally designed agonist 4m

要素

Abscisic acid receptor PYR1

キーワード

HORMONE RECEPTOR / PYR/PYL/RCAR / PYR1 / agonist

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of response to water deprivation / plant-type vacuole membrane / protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / ubiquitin-like protein ligase binding / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Peterson, F.C. / Vaidya, A. / Jensen, D.R. / Volkman, B.F. / Cutler, S.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: A Rationally Designed Agonist Defines Subfamily IIIA Abscisic Acid Receptors As Critical Targets for Manipulating Transpiration.
著者: Vaidya, A.S. / Peterson, F.C. / Yarmolinsky, D. / Merilo, E. / Verstraeten, I. / Park, S.Y. / Elzinga, D. / Kaundal, A. / Helander, J. / Lozano-Juste, J. / Otani, M. / Wu, K. / Jensen, D.R. / ...

履歴

登録	2017年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ur5.cif.gz	92.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ur5.ent.gz	68.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ur5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/5ur5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/5ur5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ur6C 5ur4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ur6-1 5je0-d 5jdz-d 5je1-d 5fya-d 3s8k-d 4gud-d 2clt-2 2icu-d 1r9g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Abscisic acid receptor PYR1

ヘテロ分子

22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Abscisic acid receptor PYR1

ヘテロ分子

A: Abscisic acid receptor PYR1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.605, 88.220, 112.167
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-203- SO4
2	1	A-205- SO4
3	1	A-205- SO4
4	1	A-347- HOH

#1: タンパク質	Abscisic acid receptor PYR1 / ABI1-binding protein 6 / Protein PYRABACTIN RESISTANCE 1 / Regulatory components of ABA receptor 11 分子量: 20727.404 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-181 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PYR1, ABIP6, RCAR11, At4g17870, T6K21.50 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[pREP4] / 参照: UniProt: O49686
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-8KP / N-(4-cyano-3-ethyl-5-methylphenyl)-1-(4-methylphenyl)methanesulfonamide 分子量: 328.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₀N₂O₂S
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化	温度: 302 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M sodium acetate, 1.5 M ammonium sulfate. Cryoported in well solution plus 20% w/v glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年12月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.93→50 Å / Num. obs: 15572 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 16.51 Å² / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.059 / Χ²: 1.51 / Net I/σ(I): 28

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.93-1.96	6.8	0.135	0.988	0.055	0.146	1.565	99.5
1.96-2	7	0.129	0.991	0.052	0.139	1.612	100
2-2.04	7.1	0.115	0.992	0.046	0.124	1.613	100
2.04-2.08	7	0.109	0.992	0.044	0.118	1.83	100
2.08-2.12	7.2	0.103	0.994	0.041	0.111	1.748	100
2.12-2.17	7.1	0.098	0.994	0.039	0.106	1.766	100
2.17-2.23	7.2	0.092	0.994	0.036	0.099	1.74	100
2.23-2.29	7.2	0.086	0.993	0.034	0.093	1.676	100
2.29-2.36	7.2	0.081	0.996	0.032	0.087	1.629	100
2.36-2.43	7.2	0.078	0.996	0.031	0.083	1.546	100
2.43-2.52	7.2	0.07	0.996	0.028	0.076	1.45	100
2.52-2.62	7.3	0.07	0.996	0.028	0.075	1.494	100
2.62-2.74	7.3	0.064	0.997	0.025	0.069	1.47	100
2.74-2.88	7.3	0.056	0.998	0.022	0.06	1.365	100
2.88-3.06	7.3	0.053	0.998	0.021	0.056	1.318	100
3.06-3.3	7.3	0.048	0.998	0.019	0.052	1.225	100
3.3-3.63	7.3	0.043	0.998	0.017	0.046	1.407	100
3.63-4.16	7.3	0.039	0.998	0.016	0.042	1.269	100
4.16-5.24	7.2	0.038	0.995	0.015	0.041	1.258	100
5.24-50	6.9	0.042	0.998	0.018	0.045	1.293	99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.93 Å	34.67 Å
Translation	1.93 Å	34.67 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-2000	708c	データ収集
HKL-2000	708c	データスケーリング
PHASER	2.5.5	位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL		データ削減
HKL		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PYR1 (PDB ID 5UR4)

5ur4

解像度: 1.93→34.671 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.186	1548	9.99 %	Random selection
R_work	0.1534	13952	-	-
obs	0.1566	15500	99.44 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.09 Å² / B_iso mean: 23.8723 Å² / B_iso min: 2.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.93→34.671 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1402	0	82	142	1626
B_iso mean	-	-	38.48	30.63	-
残基数	-	-	-	-	174

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1504
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.762	2036
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	223
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	253
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.259	898

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9299-1.9922	0.2474	139	0.1755	1222	1361	98
1.9922-2.0634	0.1741	136	0.1485	1240	1376	99
2.0634-2.146	0.2133	149	0.1474	1237	1386	99
2.146-2.2436	0.1971	130	0.1462	1279	1409	99
2.2436-2.3619	0.1837	135	0.157	1244	1379	99
2.3619-2.5098	0.2015	140	0.1562	1266	1406	100
2.5098-2.7035	0.1729	139	0.1588	1267	1406	100
2.7035-2.9755	0.1933	149	0.162	1268	1417	100
2.9755-3.4057	0.1955	142	0.1523	1284	1426	100
3.4057-4.2896	0.1675	137	0.1324	1290	1427	100
4.2896-34.6767	0.1695	152	0.1662	1355	1507	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4192	0.4567	0.5909	5.708	6.5378	7.9187	0.074	-0.1077	0.2365	-0.5067	0.2399	-0.9289	-0.3294	0.3442	-0.2949	0.099	0.0033	0.0367	0.1684	0.0091	0.1887	23.7055	-9.7892	-11.5893
2	2.4482	0.5053	0.7249	2.3689	0.3489	7.9087	0.0204	0.5343	-0.0629	-0.5045	0.0301	-0.0921	0.3799	0.3448	-0.0896	0.1937	0.0099	0.0403	0.2109	0.0056	0.1373	14.6695	-10.6406	-21.5505
3	1.0025	0.1987	0.7763	2.8445	0.7087	2.0431	0.0623	0.0068	-0.1209	0.0502	-0.0246	0.178	0.0815	-0.1432	-0.044	0.063	0.007	0.0306	0.0867	-0.002	0.0708	1.7257	-14.1124	-7.3426
4	6.6554	0.6374	-0.7482	2.0172	0.8286	5.9578	-0.354	-0.3546	-1.4643	0.469	0.3677	0.7919	0.9726	-0.3649	0.0577	0.3066	-0.0506	0.0169	0.1527	0.0905	0.3741	-2.8411	-28.9091	-11.368
5	2.0192	-0.0934	0.2402	1.4867	0.9842	1.4818	0.1141	0.2864	-0.0826	-0.2163	-0.1288	0.192	-0.057	-0.0358	0.0115	0.099	0.007	0.0006	0.1187	-0.0138	0.0905	1.2957	-17.6341	-19.2248
6	7.9456	3.9304	7.7381	5.5425	5.5734	8.2573	-0.1106	-0.2992	0.158	0.2904	-0.0288	-0.083	0.0426	-0.0282	-0.0689	0.1013	0.0386	0.0011	0.163	0.0022	0.1296	17.5063	-11.6756	-5.1833
7	1.3754	-0.3168	0.2236	1.7978	1.0394	2.8209	0.0359	0.2078	0.1369	-0.2514	-0.0689	-0.0271	-0.3145	0.0434	0.0673	0.0869	0.0018	0.0081	0.0891	0.0219	0.1116	7.9643	-6.2698	-14.0687

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 20 )	A	5 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 38 )	A	21 - 38
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 39 through 66 )	A	39 - 66
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 67 through 77 )	A	67 - 77
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 78 through 120 )	A	78 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 121 through 133 )	A	121 - 133
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 134 through 181 )	A	134 - 181

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関連情報:EMDBヘッダ

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