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- PDB-5uqm: Clostridium difficile Toxin B (TcdB) glucosyltransferase domain i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uqm
タイトルClostridium difficile Toxin B (TcdB) glucosyltransferase domain in complex with U2F
要素Toxin B
キーワードTRANSFERASE / Glucosyltransferase / toxin / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosyltransferase activity / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...glucosyltransferase activity / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #1780 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1190 / Membrane Localization Domain / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #1780 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1190 / Membrane Localization Domain / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-U2F / Toxin B
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Alvin, J.W. / Lacy, D.B.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Department of Veterans AffairsBX002943 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI095755 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM008320 米国
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2017
タイトル: Clostridium difficile toxin glucosyltransferase domains in complex with a non-hydrolyzable UDP-glucose analogue.
著者: Alvin, J.W. / Lacy, D.B.
履歴
登録2017年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1725
ポリマ－65,3571
非ポリマー8154
水4,864270
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area24950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.910, 61.910, 325.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Toxin B


分子量: 65356.988 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-543 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: toxB, tcdB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR
参照: UniProt: P18177, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-U2F / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-2-DEOXY-2-FLUORO-ALPHA-D-GLUCOSE


分子量: 568.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23FN2O16P2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.53 % / 解説: Short bars.
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES, 0.2 ammonium sulfate, PEG 8k 16-34% / PH範囲: 6-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→53.79 Å / Num. obs: 42362 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.3 % / CC1/2: 0.848 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 23.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BVL

2bvl


解像度: 2.03→42.279 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2278 1999 4.74 %
Rwork0.1967 --
obs0.1981 42208 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→42.279 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4437 0 47 270 4754
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0144582
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2646198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3462778
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072678
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007801
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0301-2.08080.25741340.25682694X-RAY DIFFRACTION95
2.0808-2.13710.25271390.24112813X-RAY DIFFRACTION99
2.1371-2.20.2481410.22932807X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.2710.25771390.21092799X-RAY DIFFRACTION100
2.271-2.35210.24281400.21712838X-RAY DIFFRACTION100
2.3521-2.44630.22141420.21812846X-RAY DIFFRACTION100
2.4463-2.55760.25831410.2142851X-RAY DIFFRACTION100
2.5576-2.69240.26921430.21542872X-RAY DIFFRACTION100
2.6924-2.86110.20711410.21682847X-RAY DIFFRACTION100
2.8611-3.0820.22871450.19852900X-RAY DIFFRACTION100
3.082-3.3920.22371430.19822898X-RAY DIFFRACTION100
3.392-3.88250.22191460.17482931X-RAY DIFFRACTION100
3.8825-4.89040.17451480.15622970X-RAY DIFFRACTION99
4.8904-42.28770.25971570.20043143X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5208-0.1424-0.03792.1525-1.06551.7106-0.2771-0.24020.86980.25880.02880.5994-0.6763-0.6164-0.00120.4380.1736-0.07180.3936-0.14450.6173-16.014924.1819-3.4309
21.16310.2454-0.48220.94910.36351.4960.05660.40160.1889-0.1867-0.1505-0.0788-0.30850.270.07780.1734-0.0871-0.08940.33290.07080.178611.843810.9673-16.3032
32.00231.18320.38621.4576-0.30697.1564-0.00970.2806-0.3756-0.00780.02680.10120.69-0.125-0.02430.29970.07160.05230.3454-0.14260.42668.7283-21.6042-33.2382
42.10920.11690.68492.1760.71082.52010.10070.1475-0.30840.179-0.0503-0.19580.36410.41110.00110.20550.050.00170.30740.00520.274718.6641-14.2299-15.5774
50.979-0.1738-0.57460.839-0.3531.81140.07490.360.1394-0.136-0.1617-0.2151-0.23980.53680.03590.2412-0.09760.0060.63830.09940.309621.982513.8009-33.0425
61.14340.81980.45142.56561.00441.7155-0.01820.1962-0.0598-0.0012-0.15170.25950.1223-0.12750.12570.128-0.01580.00370.2731-0.06560.2262-1.4791-2.4562-20.5904
71.8147-0.7728-0.53881.09640.14371.6429-0.03270.43920.0735-0.0754-0.1390.1968-0.1832-0.10480.19490.1604-0.0075-0.03860.28260.00110.20960.01247.7415-22.9141
80.54080.13610.10234.17713.58633.00890.03830.281-0.1619-0.2954-0.25890.0382-0.03090.04530.2070.27670.02260.02770.5756-0.0810.277415.0026-7.9874-39.8371
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 66 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 67 through 137 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 138 through 196 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 197 through 264 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 265 through 366 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 367 through 455 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 456 through 507 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 508 through 543 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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