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- PDB-5uqj: Structure of yeast Usb1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uqj
タイトルStructure of yeast Usb1
要素U6 snRNA phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE / U6 snRNA 3' exonuclease Usb1 2H Phosphoesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(U)-specific exoribonuclease activity, producing 3' uridine cyclic phosphate ends / 2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase activity / U6 snRNA 3'-end processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 3'-5'-RNA exonuclease activity / lyase activity / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
U6 snRNA phosphodiesterase 1 / Uncharacterised conserved protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / U6 snRNA phosphodiesterase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Didychuk, A.L. / Montemayor, E.J. / Butcher, S.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM118131 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Usb1 controls U6 snRNP assembly through evolutionarily divergent cyclic phosphodiesterase activities.
著者: Didychuk, A.L. / Montemayor, E.J. / Carrocci, T.J. / DeLaitsch, A.T. / Lucarelli, S.E. / Westler, W.M. / Brow, D.A. / Hoskins, A.A. / Butcher, S.E.
履歴
登録2017年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U6 snRNA phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5188
ポリマ－25,8871
非ポリマー6317
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: U6 snRNA phosphodiesterase
ヘテロ分子

A: U6 snRNA phosphodiesterase
ヘテロ分子

A: U6 snRNA phosphodiesterase
ヘテロ分子

A: U6 snRNA phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,07332
ポリマ－103,5474
非ポリマー2,52628
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation15_556y,x,-z+11
Buried area9910 Å2
ΔGint-291 kcal/mol
Surface area43150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.850, 157.850, 44.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-305-

SO4

21A-442-

HOH

31A-466-

HOH

41A-468-

HOH

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要素

#1: タンパク質 U6 snRNA phosphodiesterase / U six biogenesis protein 1


分子量: 25886.811 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 71-290 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: USB1, YLR132C, L3127 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) STAR pLysS
参照: UniProt: Q12208, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→49.917 Å / Num. obs: 49463 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 2.23 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1517 / CC1/2: 0.446 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXDE位相決定
RESOLVEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→49.917 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 24.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2245 3798 7.68 %
Rwork0.1865 --
obs0.1895 49463 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.917 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1726 0 35 116 1877
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0181819
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6812467
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.719682
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008315
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7989-1.82170.38481370.3411663X-RAY DIFFRACTION98
1.8217-1.84570.26411380.31281685X-RAY DIFFRACTION97
1.8457-1.87090.2791410.28271650X-RAY DIFFRACTION99
1.8709-1.89770.3321360.27091735X-RAY DIFFRACTION100
1.8977-1.9260.32431430.27011673X-RAY DIFFRACTION97
1.926-1.95610.27091350.2621656X-RAY DIFFRACTION100
1.9561-1.98820.26121420.25591714X-RAY DIFFRACTION100
1.9882-2.02250.28331410.23871678X-RAY DIFFRACTION98
2.0225-2.05920.2931410.2381660X-RAY DIFFRACTION100
2.0592-2.09880.29341430.24061732X-RAY DIFFRACTION100
2.0988-2.14170.2731360.2241642X-RAY DIFFRACTION98
2.1417-2.18830.28361410.21271713X-RAY DIFFRACTION100
2.1883-2.23920.23471430.20691698X-RAY DIFFRACTION99
2.2392-2.29520.24181340.19551681X-RAY DIFFRACTION100
2.2952-2.35720.21811420.19381708X-RAY DIFFRACTION99
2.3572-2.42660.271410.18981695X-RAY DIFFRACTION100
2.4266-2.50490.23781410.19021688X-RAY DIFFRACTION99
2.5049-2.59440.22011410.18891704X-RAY DIFFRACTION100
2.5944-2.69830.25491430.18491675X-RAY DIFFRACTION99
2.6983-2.82110.18791390.18231709X-RAY DIFFRACTION100
2.8211-2.96980.25681410.18321718X-RAY DIFFRACTION100
2.9698-3.15580.22141470.16841689X-RAY DIFFRACTION100
3.1558-3.39940.21981420.1691685X-RAY DIFFRACTION100
3.3994-3.74140.18981480.15011701X-RAY DIFFRACTION100
3.7414-4.28260.1631390.14421681X-RAY DIFFRACTION100
4.2826-5.39460.18451470.14681719X-RAY DIFFRACTION100
5.3946-49.93580.2161360.20211713X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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