PDB-5up3: Structure-Based Design of ASK1 Inhibitors as Potential First-in-C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5up3

タイトル

Structure-Based Design of ASK1 Inhibitors as Potential First-in-Class Agents for Heart Failure

要素

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE / METAL-BINDING / APOPTOSIS / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to reactive nitrogen species / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / protein kinase complex / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / programmed necrotic cell death / endothelial cell apoptotic process / JUN kinase kinase kinase activity / positive regulation of p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Dougan, D.R.

引用

ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2017
タイトル: Structure-Based Design of ASK1 Inhibitors as Potential Agents for Heart Failure.
著者: Lanier, M. / Pickens, J. / Bigi, S.V. / Bradshaw-Pierce, E.L. / Chambers, A. / Cheruvallath, Z.S. / Cole, D. / Dougan, D.R. / Ermolieff, J. / Gibson, T. / Halkowycz, P. / Hirokawa, A. / ...

履歴

登録	2017年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_detector / software / Item: _diffrn_detector.detector / _software.name
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5up3.cif.gz	215 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5up3.ent.gz	175.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5up3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5up3_validation.pdf.gz	1001.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5up3_full_validation.pdf.gz	1006.7 KB	表示
XML形式データ	5up3_validation.xml.gz	19.7 KB	表示
CIF形式データ	5up3_validation.cif.gz	25.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/5up3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/5up3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uorC 5uoxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5v19-1 1m6y-1 4fsh-2 7ayh-d 4z49-1 4bhn-2 5v19-2 2wtv-3 4bib-1 2px6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

ヘテロ分子

61.7 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.790, 78.790, 431.367
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5 / Apoptosis signal-regulating kinase 1 / ASK-1 / MAPK/ERK kinase kinase 5 / MEKK 5 分子量: 30509.900 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 670-940 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K5, ASK1, MAPKKK5, MEKK5 / プラスミド: pEH8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) pLysS 参照: UniProt: Q99683, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物	ChemComp-8GS / 2-{6-[4-(propan-2-yl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl]pyridin-2-yl}-2,3-dihydro-1H-isoindol-1-one 分子量: 319.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₇N₅O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.17 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 7% polyethylene glycol 2000 MME , 0.05M Ammonium Sulphate, 0.05M MES, pH 6.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 18017 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / R_merge(I) obs: 0.177 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.185 / Χ²: 1.021 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 218247

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.95-3	11.3	0.786	865	0.892	0.242	0.823	0.999	100
3-3.06	12.2	0.704	881	0.898	0.209	0.735	1.003	100
3.06-3.11	11.8	0.611	860	0.933	0.184	0.639	0.99	100
3.11-3.18	12.5	0.531	860	0.948	0.155	0.554	0.979	100
3.18-3.25	13.2	0.466	869	0.97	0.133	0.485	1.012	100
3.25-3.32	13.1	0.422	870	0.975	0.12	0.439	1.022	100
3.32-3.41	13.1	0.351	882	0.981	0.1	0.365	1.025	100
3.41-3.5	13	0.316	872	0.977	0.091	0.329	1.053	100
3.5-3.6	12.9	0.285	897	0.982	0.082	0.297	1.031	100
3.6-3.72	11.9	0.208	852	0.978	0.064	0.218	1.076	100
3.72-3.85	12.6	0.249	885	0.983	0.073	0.26	1.026	100
3.85-4	12.3	0.218	901	0.986	0.064	0.227	1.135	100
4-4.19	12.1	0.178	884	0.985	0.053	0.186	1.021	100
4.19-4.41	11	0.157	910	0.99	0.05	0.165	1.03	100
4.41-4.68	11.5	0.14	889	0.992	0.044	0.147	1.011	100
4.68-5.04	12.6	0.134	914	0.994	0.039	0.139	0.995	100
5.04-5.55	12.7	0.142	915	0.992	0.042	0.148	1.023	100
5.55-6.35	12.1	0.14	938	0.989	0.042	0.146	0.993	100
6.35-8	11.1	0.12	988	0.994	0.038	0.126	0.998	100
8-50	9.9	0.088	1085	0.998	0.03	0.093	0.987	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0025	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

解像度: 2.95→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.891 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.876 / WR_factor R_free: 0.2862 / WR_factor R_work: 0.2305 / FOM work R set: 0.7697 / SU B: 38.297 / SU ML: 0.321 / SU R Cruickshank DPI: 1.5977 / SU R_free: 0.4229 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.598 / ESU R Free: 0.423 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2888	913	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2417	-	-	-
obs	0.244	16956	99.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 205.48 Å² / B_iso mean: 79.935 Å² / B_iso min: 29.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.11 Å²	1.06 Å²	0 Å²
2-	-	2.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.95→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3981	0	48	2	4031
B_iso mean	-	-	48.97	46.23	-
残基数	-	-	-	-	501

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	4120
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.303	1.987	5552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.875	5	493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.808	24.649	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.805	15	735
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.417	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	590
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3096

LS精密化シェル

解像度: 2.949→3.025 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.413	75	-
R_work	0.308	1215	-
all	-	1290	-
obs	-	-	99.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5561	0.5062	0.595	0.5556	0.2696	1.8389	-0.0566	0.151	-0.0622	-0.0379	0.1259	0.0455	-0.0627	0.3574	-0.0693	0.3859	-0.1156	0.045	0.3633	-0.0125	0.3556	4.8019	5.9656	23.692
2	0.9971	1.4691	1.4972	2.2149	2.2132	2.2535	-0.7306	0.5472	0.0136	-0.8908	0.7344	0.1039	-1.0388	0.8525	-0.0038	0.9196	-0.6527	0.1331	0.5933	0.025	0.1762	17.1641	21.4194	23.4409
3	1.4294	-0.5868	-2.1947	3.4575	-0.6841	5.1095	0.3238	-0.5412	-0.2652	0.1849	-0.0467	0.8253	-1.5254	1.6161	-0.2771	0.7197	-0.7046	0.2	0.7135	-0.126	0.2765	18.8169	24.4975	31.9193
4	8.558	3.5002	2.4255	1.7266	-0.0163	4.1835	0.0612	-0.0888	0.0478	0.0441	-0.009	0.0258	-0.2121	-0.1592	-0.0522	0.5777	0.1393	0.024	0.2819	0.0107	0.3254	17.6887	66.084	-14.8787
5	0.3044	0.2728	-0.7966	0.2479	-0.7426	2.5447	-0.1226	0.0164	-0.0618	-0.0815	0.0275	-0.065	0.3457	-0.4306	0.0951	0.4606	-0.1101	-0.0574	0.3468	0	0.3629	8.4364	56.6104	-14.9473
6	1.1197	0.5786	1.9012	0.3247	0.9835	3.2307	0.0002	-0.2516	0.0211	-0.119	-0.073	0.0258	-0.039	-0.445	0.0728	0.4767	-0.1048	-0.0412	0.366	0.0331	0.3388	3.299	57.8394	-14.1488
7	0.3189	0.5585	-0.1388	1.3036	-0.4241	2.1222	0.0756	0.0406	0.1101	0.1545	-0.1226	-0.0301	0.212	-0.2331	0.047	0.3789	-0.1626	-0.0552	0.3256	0.0318	0.3863	4.1524	53.4166	3.523
8	3.7153	-0.0072	1.7029	1.9156	-1.1859	1.5478	0.2606	0.1735	-0.0469	-0.0236	-0.0015	0.3509	0.3038	-0.0128	-0.259	0.7491	-0.3652	-0.0405	0.2065	0.0375	0.2335	3.9698	39.6333	2.1826
9	1.0351	-3.3022	0.1483	12.1477	-2.6639	3.9793	0.4863	0.3106	0.0081	-1.5128	-0.6603	0.2759	0.6842	-0.387	0.174	0.7327	-0.0336	0.0527	0.2132	0.0543	0.3905	15.9687	34.4216	8.1824
10	0.4309	0.9538	0.7952	2.1288	1.8892	5.8809	0.5084	-0.2158	0.0351	1.0563	-0.432	0.0699	1.8198	-1.2507	-0.0764	0.9628	-0.6357	-0.0076	0.4849	0.0398	0.0853	-1.0863	41.4192	14.1575

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	670 - 842
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	843 - 876
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	877 - 940
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	671 - 684
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	685 - 731
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	732 - 755
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	756 - 825
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	826 - 876
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	877 - 897
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	898 - 939

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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