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- PDB-5un5: Frizzled-8 complex with designed surrogate Wnt agonist, crystal form 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5un5
タイトルFrizzled-8 complex with designed surrogate Wnt agonist, crystal form 1
要素
  • Designed Wnt agonist B12
  • Frizzled-8
キーワードSIGNALING PROTEIN/De Novo Protein / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-De Novo Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Signaling by RNF43 mutants / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / Wnt-protein binding / Class B/2 (Secretin family receptors) / neuronal dense core vesicle / canonical Wnt signaling pathway / Regulation of FZD by ubiquitination / PDZ domain binding ...Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Signaling by RNF43 mutants / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / Wnt-protein binding / Class B/2 (Secretin family receptors) / neuronal dense core vesicle / canonical Wnt signaling pathway / Regulation of FZD by ubiquitination / PDZ domain binding / Asymmetric localization of PCP proteins / G protein-coupled receptor activity / neuron differentiation / T cell differentiation in thymus / angiogenesis / signaling receptor binding / ubiquitin protein ligase binding / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Frizzled 8, cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily ...Frizzled 8, cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.994 Å
データ登録者Janda, C.Y. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Surrogate Wnt agonists that phenocopy canonical Wnt and beta-catenin signalling.
著者: Janda, C.Y. / Dang, L.T. / You, C. / Chang, J. / de Lau, W. / Zhong, Z.A. / Yan, K.S. / Marecic, O. / Siepe, D. / Li, X. / Moody, J.D. / Williams, B.O. / Clevers, H. / Piehler, J. / Baker, D. ...著者: Janda, C.Y. / Dang, L.T. / You, C. / Chang, J. / de Lau, W. / Zhong, Z.A. / Yan, K.S. / Marecic, O. / Siepe, D. / Li, X. / Moody, J.D. / Williams, B.O. / Clevers, H. / Piehler, J. / Baker, D. / Kuo, C.J. / Garcia, K.C.
履歴
登録2017年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22017年5月24日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Frizzled-8
A: Frizzled-8
D: Designed Wnt agonist B12
C: Designed Wnt agonist B12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5724
ポリマ－57,5724
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7280 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area22030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.200, 77.510, 81.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Frizzled-8 / hFz8


分子量: 14961.150 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-150 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD8 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H461
#2: タンパク質 Designed Wnt agonist B12


分子量: 13824.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.47 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 42-49% PEG 400, 0.1 M Tris pH 7.8-8.2, 0.2 M NaCl / PH範囲: 7.8-8.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
詳細: the diffraction images at the SBGrid databank, DOI is 10.15785/SBGRID/423
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→41.1523 Å / Num. obs: 10346 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.98→3.05 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / Num. unique obs: 679 / CC1/2: 0.577 / Rsym value: 1.267 / % possible all: 88.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSMarch 30, 2013データ削減
XSCALE2015-08-21データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F0A

4f0a


解像度: 2.994→41.152 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2499 1036 10.02 %
Rwork0.2253 --
obs0.2278 10335 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.994→41.152 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3230 0 0 4 3234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023302
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5334466
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.8642044
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036491
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004577
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9943-3.15210.33861450.32911263X-RAY DIFFRACTION94
3.1521-3.34950.34261410.29021316X-RAY DIFFRACTION100
3.3495-3.6080.30711520.25781332X-RAY DIFFRACTION100
3.608-3.97080.28581480.2371323X-RAY DIFFRACTION100
3.9708-4.54480.21081440.19891363X-RAY DIFFRACTION100
4.5448-5.72350.23381500.21311328X-RAY DIFFRACTION100
5.7235-41.15620.21381560.19851374X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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